PDB-1wlc: Congerin II Y16S/T88I double mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1wlc

タイトル

Congerin II Y16S/T88I double mutant

要素

Congerin II

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / galectin / beta-sandwich / thermostability / double-mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

galactoside binding / laminin binding / carbohydrate binding / extracellular space
類似検索 - 分子機能

生物種

Conger myriaster (アナゴ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Shionyu-Mitsuyama, C. / Ito, Y. / Konno, A. / Miwa, Y. / Ogawa, T. / Muramoto, K. / Shirai, T.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: In vitro evolutionary thermostabilization of congerin II: a limited reproduction of natural protein evolution by artificial selection pressure
著者: Shionyu-Mitsuyama, C. / Ito, Y. / Konno, A. / Miwa, Y. / Ogawa, T. / Muramoto, K. / Shirai, T.

履歴

登録	2004年6月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年6月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2015年2月11日	Group: Derived calculations
改定 1.4	2021年11月10日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1wlc.cif.gz	40.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1wlc.ent.gz	28.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1wlc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1wlc_validation.pdf.gz	377.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1wlc_full_validation.pdf.gz	379.6 KB	表示
XML形式データ	1wlc_validation.xml.gz	4.8 KB	表示
CIF形式データ	1wlc_validation.cif.gz	7.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/1wlc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/1wlc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1wldC 1wlwC 1is3 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1wld-1 1is6-1 3w59-2 1wlw-1 1is5-1 6e20-d 4lbq-1 6fky-2 4y22-d 4uu8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Congerin II

ヘテロ分子

15.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Congerin II

ヘテロ分子

A: Congerin II

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.83, 60.83, 79.55
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

#1: タンパク質	Congerin II / Beta-galactoside-binding lectin 2 分子量: 15290.078 Da / 分子数: 1 / 変異: Y16S/T88I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Conger myriaster (アナゴ) / プラスミド: pTV118N / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9YIC2
#2: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID 分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.89 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.8M magnesium sulfate, 0.05M Mes, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年9月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→40 Å / Num. all: 154250 / Num. obs: 10418 / % possible obs: 95.1 % / R_merge(I) obs: 0.058

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
CNS	1.1	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→8 Å

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.223	480	random
R_work	0.182	-	-
obs	-	9452	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1073	0	12	93	1178

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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