PDB-1wkx: Crystal Structure of a Hev b 6.02 Isoallergen

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1wkx

タイトル

Crystal Structure of a Hev b 6.02 Isoallergen

要素

HEVEIN ISOFORM 2

キーワード

ALLERGEN / isoform / lectin / agglutinin-toxin motif

機能・相同性

機能・相同性情報

chitin binding / RNA nuclease activity / defense response to fungus / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能

生物種

Hevea brasiliensis (植物)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Reyes-Lopez, C.A. / Rodriguez-Romero, A.

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Structural and Immunological Characterization of an Isoallergen of Hev b 6.02
著者: Reyes-Lopez, C.A. / Hernandez-Arana, A. / Pedraza-Escalona, M. / Hernandez-Santoyo, A. / Mendoza, G. / Llinas, P. / Orozco-Martinez, S. / Huerta, J. / Rodriguez-Romero, A.

履歴

登録	2004年6月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年7月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1wkx.cif.gz	20.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1wkx.ent.gz	12.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1wkx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1wkx_validation.pdf.gz	397.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1wkx_full_validation.pdf.gz	397.7 KB	表示
XML形式データ	1wkx_validation.xml.gz	4 KB	表示
CIF形式データ	1wkx_validation.cif.gz	5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/1wkx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/1wkx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1q9bS 1hev S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1q9b-d 4wp4-d 1hev-d 6atl-2 6v6t-d 5t3m-d 6px8-d 2idh-1 1lmr-d 4lfs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HEVEIN ISOFORM 2

4.73 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.20, 37.20, 48.79
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 90.0, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-74- HOH

#1: タンパク質・ペプチド	HEVEIN ISOFORM 2 / HEV B 6.02 ISOALLERGEN / HEVEIN ISOLECTIN 2 分子量: 4732.151 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Hevea brasiliensis (植物) / 組織: LATEX / 参照: UniProt: O49860, UniProt: P02877*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.71 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1 詳細: MPD, Tris, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 113 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年5月23日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→16.27 Å / Num. all: 4440 / Num. obs: 4440 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 25.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 25.2
反射シェル	解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 3.48 % / R_merge(I) obs: 0.209 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 90.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
CrystalClear		データ削減
d*TREK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Q9B

1q9b

解像度: 1.7→16.265 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 1.72 / SU ML: 0.057 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.193	465	10.5 %	RANDOM
R_work	0.152	-	-	-
all	0.156	3975	-	-
obs	0.156	3975	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.05 Å²	0.03 Å²	0 Å²
2-	-	0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.08 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.18 Å / Luzzati d res low obs: 8 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→16.265 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	321	0	0	40	361

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.02	332
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	241
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.396	1.93	450
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.088	3	579
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.465	5	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	387
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	60
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.268	0.2	281
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	178
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.125	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.121	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.236	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.115	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.292	1.5	212
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.061	2	332
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.234	3	120
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.784	4.5	118

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.294	36	-
R_work	0.249	262	-
obs	-	298	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0191	-0.0799	-0.3564	1.2944	-0.3442	1.489	-0.011	0.0417	-0.0349	-0.0371	0.0267	0.0325	0.0241	-0.0021	-0.0157	0.0195	-0.0017	-0.0071	0.0337	-0.0044	0.0155	2.9986	16.3217	12.8491
2	1.678	-0.2498	0.7403	0.7514	-0.6419	1.6953	-0.0131	0.0823	-0.056	-0.062	0.0011	-0.0389	0.0677	0.0718	0.012	0.0086	0.0013	0.0087	0.0138	-0.0058	0.0125	3.1632	16.0552	11.7065

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 43
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	44 - 83

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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