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- PDB-1wkv: Crystal structure of O-phosphoserine sulfhydrylase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wkv
タイトルCrystal structure of O-phosphoserine sulfhydrylase
要素cysteine synthase
キーワードTRANSFERASE / Homodimer / Open alpha/beta folding
機能・相同性
機能・相同性情報


O-phosphoserine sulfhydrylase / O-phosphoserine sulfhydrylase activity / cystathionine beta-synthase / cysteine synthase / cystathionine beta-synthase activity / cysteine synthase activity / L-cysteine desulfhydrase activity / cysteine biosynthetic process from serine / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Conserved hypothetical protein from pyrococcus furiosus pfu- 392566-001, ParB domain - #20 / Conserved hypothetical protein from pyrococcus furiosus pfu- 392566-001, ParB domain / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold ...Conserved hypothetical protein from pyrococcus furiosus pfu- 392566-001, ParB domain - #20 / Conserved hypothetical protein from pyrococcus furiosus pfu- 392566-001, ParB domain / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Protein CysO
類似検索 - 構成要素
生物種Aeropyrum pernix (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Oda, Y. / Mino, K. / Ishikawa, K. / Ataka, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Three-dimensional Structure of a New Enzyme, O-Phosphoserine Sulfhydrylase, involved in l-Cysteine Biosynthesis by a Hyperthermophilic Archaeon, Aeropyrum pernix K1, at 2.0A Resolution
著者: Oda, Y. / Mino, K. / Ishikawa, K. / Ataka, M.
履歴
登録2004年6月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cysteine synthase
B: cysteine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,6646
ポリマ－84,0522
非ポリマー6124
水11,422634
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6710 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area26110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.874, 74.874, 275.908
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 cysteine synthase / O-phosphoserine sulfhydrylase


分子量: 42025.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aeropyrum pernix (古細菌) / 株: K1 / 遺伝子: APE1586 / プラスミド: pAPE1586 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)
参照: UniProt: Q9YBL2, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 634 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: pyridoxal 5'-phosphate, 2-mercaptoethanol, cacodylate, sodium acetate, PEG 8000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL40B2 / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月26日 / 詳細: double crystal monochromator, bent-cylinder mirror
放射モノクロメーター: double crystal monochromator, bent-cylinder mirror
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 52917 / Num. obs: 52917 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.278 / Num. unique all: 4386 / Rsym value: 0.278 / % possible all: 82.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→33 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: CCP4 library
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 2163 -random
Rwork0.188 ---
all0.19 52917 --
obs0.19 50639 93.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27.4 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.237 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5834 0 38 634 6506
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.002
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.521
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.24
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.213
LS精密化 シェル解像度: 2→2.08 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.32 136
Rwork0.27 -
obs-3017

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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