PDB-1wi4: Solution structure of the PDZ domain of syntaxin binding protein 4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1wi4

タイトル

Solution structure of the PDZ domain of syntaxin binding protein 4

要素

syntaxin binding protein 4

キーワード

PROTEIN BINDING / syntaxin4-interacting protein / synip / Stxbp4 protein / STRUCTURAL GENOMICS / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of D-glucose transmembrane transport / positive regulation of keratinocyte proliferation / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / syntaxin binding / protein targeting / phagocytic vesicle / cellular response to type II interferon / insulin receptor signaling pathway / protein stabilization / DNA damage response
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

溶液NMR

データ登録者

Endo, H. / Tomizawa, T. / Kigawa, T. / Yoshida, M. / Hayashi, F. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Solution structure of the PDZ domain of syntaxin binding protein 4
著者: Endo, H. / Tomizawa, T. / Kigawa, T. / Yoshida, M. / Hayashi, F. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2004年5月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年6月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1wi4.cif.gz	640 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1wi4.ent.gz	532.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1wi4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/1wi4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/1wi4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2kzv-d 4dip-1 1unp-d 2kgs-d 4dip-2 4dip-9 2rug-d 1a1i-d 4hkh-6 2rpp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: mmt007008668

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (6)

登録構造単位

A: syntaxin binding protein 4

11.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the least restraint violations, target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	syntaxin binding protein 4 / synip 分子量: 11616.158 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: Cell Free Synthesis / 遺伝子: RIKEN cDNA 2700027C09 / プラスミド: P030203-50 / 参照: UniProt: Q9WV89

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 200mM 13C, 15N-labeled protein; 20mM phosphate buffer; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 120 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	2.6	Bruker	collection
NMRPipe	20020405	DELAGLIO	解析
NMRView	5.0.4	Johonson, B. A.	データ解析
KUJIRA	0.899	Kobayashi, N.	データ解析
CYANA	2.0.1	Guentert, P.	構造決定
CYANA	2.0.1	Guentert, P.	精密化

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, target function
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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