ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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CNS | 1.1 | 精密化 | CrystalClear | (MSC/RIGAKU)データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング | SOLVE | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.52→36.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 482173.19 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.209 | 922 | 10.7 % | RANDOM |
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Rwork | 0.148 | - | - | - |
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all | 0.155 | - | - | - |
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obs | 0.148 | 8647 | 99.6 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.6231 Å2 / ksol: 0.328647 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 13.8 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0.39 Å2 | 0 Å2 | -0.23 Å2 |
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2- | - | -1.48 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 1.09 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.18 Å | 0.13 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.11 Å | 0.07 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.52→36.99 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 576 | 0 | 1 | 120 | 697 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.035 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg2.8 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d25.4 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d2.2 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.44 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it2.18 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it2.58 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it3.7 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.52→1.62 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.23 | 147 | 10.3 % |
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Rwork | 0.174 | 1280 | - |
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obs | - | - | 99.9 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAMWATER_PROTIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 3 | ION.PARAMION.TOP | | | | | |
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