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万見
- PDB-1wej: IGG1 FAB FRAGMENT (OF E8 ANTIBODY) COMPLEXED WITH HORSE CYTOCHROM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wej
タイトルIGG1 FAB FRAGMENT (OF E8 ANTIBODY) COMPLEXED WITH HORSE CYTOCHROME C AT 1.8 A RESOLUTION
要素
  • (E8 ANTIBODY) x 2
  • CYTOCHROME C
キーワードCOMPLEX (ANTIBODY/ELECTRON TRANSPORT) / IMMUNOGLOBULIN / IGG1 KAPPA / FAB FRAGMENT / HORSE CYTOCHROME C / COMPLEX (ANTIBODY-ELECTRON TRANSPORT) / COMPLEX (ANTIBODY-ELECTRON TRANSPORT) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome c-heme linkage / cytochrome complex / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / : / immunoglobulin complex / : / mitochondrial intermembrane space / adaptive immune response ...cytochrome c-heme linkage / cytochrome complex / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / : / immunoglobulin complex / : / mitochondrial intermembrane space / adaptive immune response / electron transfer activity / immune response / positive regulation of apoptotic process / lipid binding / heme binding / apoptotic process / extracellular space / identical protein binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / : / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain ...Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / : / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / : / Cytochrome c / Immunoglobulin kappa chain variable 12-41
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Mylvaganam, S.E. / Paterson, Y. / Getzoff, E.D.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Structural basis for the binding of an anti-cytochrome c antibody to its antigen: crystal structures of FabE8-cytochrome c complex to 1.8 A resolution and FabE8 to 2.26 A resolution.
著者: Mylvaganam, S.E. / Paterson, Y. / Getzoff, E.D.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Biochemical Implications from the Variable Gene Sequences of an Anti-Cytochrome C Antibody and Crystallographic Characterization of its Antigen-Binding Fragment in Free and Antigen-Complexed Forms
著者: Mylvaganam, S.E. / Paterson, Y. / Kaiser, K. / Bowdish, K. / Getzoff, E.D.
#2: ジャーナル: J.Immunol. / 年: 1985
タイトル: Monoclonal Antibodies to Horse Cytochrome C Expressing Four Distinct Idiotypes Distribute Among Two Sites on the Native Protein
著者: Carbone, F.R. / Paterson, Y.
履歴
登録1998年3月26日処理サイト: BNL
改定 1.01998年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: E8 ANTIBODY
H: E8 ANTIBODY
F: CYTOCHROME C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9405
ポリマ－59,2583
非ポリマー6822
水11,476637
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6420 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area24230 Å2
手法PISA
2
F: CYTOCHROME C
ヘテロ分子

L: E8 ANTIBODY
H: E8 ANTIBODY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9405
ポリマ－59,2583
非ポリマー6822
水543
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6040 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area24610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.580, 72.540, 94.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 F

#3: タンパク質 CYTOCHROME C / CYT C / ANTIGEN


分子量: 11751.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: OBTAINED FROM SIGMA / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 器官: HEART / 参照: UniProt: P00004

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抗体 , 2種, 2分子 LH

#1: 抗体 E8 ANTIBODY / FAB E8


分子量: 23655.057 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB / 由来タイプ: 天然 / 詳細: E8 ANTIBODY PURIFIED FROM ASCITES / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: P3-X63-AG8.653 / 器官: SPLEEN / 株: BALB/C / 参照: GenBank: 2072141, UniProt: P01635*PLUS
#2: 抗体 E8 ANTIBODY / FAB E8


分子量: 23851.572 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB / 由来タイプ: 天然 / 詳細: E8 ANTIBODY PURIFIED FROM ASCITES / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: P3-X63-AG8.653 / 器官: SPLEEN / 株: BALB-C / 参照: PIR: S49220

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非ポリマー , 3種, 639分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 637 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化pH: 6.4
詳細: 50MM ZINC ACETATE BUFFER, PH 6.4, 25% (W/V) PEG 4000.
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
125 %(w/v)PEG40001reservoir
250 mMzinc acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年1月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 48348 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 18.06 Å2 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 36.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Mean I/σ(I) obs: 12 / Rsym value: 0.282 / % possible all: 99.5
反射
*PLUS
Num. obs: 48334 / Rmerge(I) obs: 0.084
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.5 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.8モデル構築
X-PLOR3.8精密化
X-PLOR3.8位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2.26 A RESOLUTION FABE8 X-RAY STRUCTURE (FREE FAB E8) (MYLVAGANAM ET AL., 1998, JMB, 281, 301-32; PDB ENTRY 1QBL) AND HORSE CYTOCHROME C 1.9 A X-RAY STRUCTURE (BUSHNELL ET. AL., 1990; ...開始モデル: 2.26 A RESOLUTION FABE8 X-RAY STRUCTURE (FREE FAB E8) (MYLVAGANAM ET AL., 1998, JMB, 281, 301-32; PDB ENTRY 1QBL) AND HORSE CYTOCHROME C 1.9 A X-RAY STRUCTURE (BUSHNELL ET. AL., 1990; PDB ENTRY 1HRC).

1qbl

1hrc


解像度: 1.8→10 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 -5 %
Rwork0.2 --
obs0.2 47993 94.1 %
原子変位パラメータBiso mean: 21.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.942 Å2--
2---2.042 Å2-
3---2.07 Å2
Refine analyze
ObsFree
Luzzati d res low20 Å-
Luzzati sigma a0.33 Å0.299 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4166 0 43 637 4846
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.47
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.54
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.88 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree8 -5.1 %
Rwork0.316 5745 -
obs--99.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X.HEMETOPH19X.HEM
X-RAY DIFFRACTION2PARHCSDXB.PROTOPHCSDX.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.199 / Rfactor Rfree: 0.255 / Rfactor Rwork: 0.199
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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