+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1wdx | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Yeast BBC1 SH3 domain, triclinic crystal form | ||||||
![]() | Myosin tail region-interacting protein MTI1 | ||||||
![]() | CONTRACTILE PROTEIN / SH3 domain | ||||||
機能・相同性 | ![]() myosin I binding / actin cortical patch / lamellipodium assembly / cytoskeleton organization / guanyl-nucleotide exchange factor activity / lamellipodium / actin cytoskeleton organization / nucleolus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wilmanns, M. / Consani Textor, L. / Kursula, P. / Kursula, I. / Lehmann, F. / Song, Y.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of Yeast BBC1 SH3 domain, triclinic crystal form 著者: Wilmanns, M. / Consani Textor, L. / Kursula, P. / Kursula, I. / Lehmann, F. / Song, Y.H. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 59.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 45.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 444.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 446.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||
3 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||
4 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 5 - 67 / Label seq-ID: 5 - 67
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7878.516 Da / 分子数: 4 / 断片: SH3 domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.6 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 3.2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 11615 / Num. obs: 11615 / % possible obs: 90.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 18 Å2 / Rsym value: 0.144 / Net I/σ(I): 3.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.4 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2707 / Rsym value: 0.291 / % possible all: 92.5 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: atomic-resolution structure of yeast bbc1 SH3 domain 解像度: 2.5→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.814 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.729 / SU B: 16.625 / SU ML: 0.377 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / ESU R Free: 0.456 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 10.038 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 956 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.561 Å / Total num. of bins used: 20 /
|