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万見
- PDB-1wdc: SCALLOP MYOSIN REGULATORY DOMAIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wdc
タイトルSCALLOP MYOSIN REGULATORY DOMAIN
要素(SCALLOP MYOSIN) x 3
キーワードMUSCLE PROTEIN / MYOSIN / CALCIUM BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


muscle myosin complex / myosin filament / myosin complex / myosin II complex / microfilament motor activity / myofibril / actin filament binding / calmodulin binding / calcium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Myosin, subunit A / Myosin, subunit A / : / EF-hand domain / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like ...Myosin, subunit A / Myosin, subunit A / : / EF-hand domain / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / Kinesin motor domain superfamily / EF-hand / : / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Few Secondary Structures / Irregular / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Myosin essential light chain, striated adductor muscle / Myosin regulatory light chain, striated adductor muscle / Myosin heavy chain, striated muscle
類似検索 - 構成要素
生物種Argopecten irradians (無脊椎動物)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Houdusse, A. / Cohen, C.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Structure of the regulatory domain of scallop myosin at 2 A resolution: implications for regulation.
著者: Houdusse, A. / Cohen, C.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: Structure of the Regulatory Domain of Scallop Myosin at 2.8 A Resolution
著者: Xie, X. / Harrison, D.H. / Schlichting, I. / Sweet, R.M. / Kalabokis, V.N. / Szent-Gyorgyi, A.G. / Cohen, C.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1990
タイトル: Isolation of the Regulatory Domain of Scallop Myosin: Role of the Essential Light Chain in Calcium Binding
著者: Kwon, H. / Goodwin, E.B. / Nyitray, L. / Berliner, E. / O'Neall-Hennessey, E. / Melandri, F.D. / Szent-Gyorgyi, A.G.
履歴
登録1996年1月19日処理サイト: BNL
改定 1.01996年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SCALLOP MYOSIN
B: SCALLOP MYOSIN
C: SCALLOP MYOSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2585
ポリマ－43,1943
非ポリマー642
水2,954164
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7850 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area19130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.650, 87.100, 55.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 SCALLOP MYOSIN


分子量: 7997.623 Da / 分子数: 1 / 断片: PROTEOLYTIC FRAGMENT, REGULATORY DOMAIN / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PH 7.0 / 由来: (天然) Argopecten irradians (無脊椎動物) / 器官: SKELETAL / 組織: SKELETAL MUSCLE / 参照: UniProt: P24733
#2: タンパク質 SCALLOP MYOSIN


分子量: 17560.855 Da / 分子数: 1 / 断片: PROTEOLYTIC FRAGMENT, REGULATORY DOMAIN / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PH 7.0 / 由来: (天然) Argopecten irradians (無脊椎動物) / 器官: SKELETAL / 組織: SKELETAL MUSCLE / 参照: UniProt: P13543
#3: タンパク質 SCALLOP MYOSIN


分子量: 17635.635 Da / 分子数: 1 / 断片: PROTEOLYTIC FRAGMENT, REGULATORY DOMAIN / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PH 7.0 / 由来: (天然) Argopecten irradians (無脊椎動物) / 器官: SKELETAL / 組織: SKELETAL MUSCLE / 参照: UniProt: P07291

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非ポリマー , 3種, 166分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細THE RD FRAGMENT IS A TERNARY COMPLEX OF A PORTION OF HEAVY CHAIN WITH TWO LIGHT CHAINS. CHAIN LABEL ...THE RD FRAGMENT IS A TERNARY COMPLEX OF A PORTION OF HEAVY CHAIN WITH TWO LIGHT CHAINS. CHAIN LABEL A DESIGNATES THE PORTION OF MYOSIN HEAVY CHAIN PRESENT IN THE RD FRAGMENT. CHAIN LABEL B DESIGNATES THE MYOSIN REGULATORY LIGHT CHAIN. CHAIN LABEL C DESIGNATES THE MYOSIN ESSENTIAL LIGHT CHAIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.9 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.0
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Xie, X., (1994) Nature, 368, 306.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
22 mM1dropMgCl2
30.1 mM1dropCaCl2
475 mMHEPES1drop
57-8 %PEG40001drop
614-16 %(w/v)PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年10月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→100 Å / Num. obs: 26715 / % possible obs: 89.2 % / Rmerge(I) obs: 0.061
反射
*PLUS
Num. obs: 26725 / Num. measured all: 104023

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
R-AXISデータ削減
CCP4データ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 2→8 Å / σ(F): 2
詳細: SIDE CHAIN ATOMS OF RESIDUE GLU B 153 ARE NOT SEEN IN THE ELECTRON DENSITY.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 2665 -
Rwork0.194 --
obs0.194 23375 85.86 %
原子変位パラメータBiso mean: 36.52 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2899 0 2 164 3065
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.439
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.13
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d2.428
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_dihedral_angle_d / Dev ideal: 24.135

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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