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- PDB-1wd2: Solution Structure of the C-terminal RING from a RING-IBR-RING (T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wd2
タイトルSolution Structure of the C-terminal RING from a RING-IBR-RING (TRIAD) motif
要素Ariadne-1 protein homolog
キーワードLIGASE / RING / IBR / TRIAD / ZINC FINGER
機能・相同性
機能・相同性情報


PKR/eIFalpha signaling / ubiquitin-like protein transferase activity / Lewy body / RBR-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin conjugating enzyme binding / RSV-host interactions / Cajal body / ubiquitin ligase complex / PKR-mediated signaling / ISG15 antiviral mechanism ...PKR/eIFalpha signaling / ubiquitin-like protein transferase activity / Lewy body / RBR-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin conjugating enzyme binding / RSV-host interactions / Cajal body / ubiquitin ligase complex / PKR-mediated signaling / ISG15 antiviral mechanism / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / nuclear body / protein ubiquitination / ubiquitin protein ligase binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1, UBA-like domain / Ariadne domain / Ariadne domain / IBR domain, a half RING-finger domain / E3 ubiquitin ligase RBR family / IBR domain / In Between Ring fingers / TRIAD supradomain / TRIAD supradomain profile. ...: / E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1, UBA-like domain / Ariadne domain / Ariadne domain / IBR domain, a half RING-finger domain / E3 ubiquitin ligase RBR family / IBR domain / In Between Ring fingers / TRIAD supradomain / TRIAD supradomain profile. / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
データ登録者Capili, A.D. / Edghill, E.L. / Wu, K. / Borden, K.L.B.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Structure of the C-terminal RING Finger from a RING-IBR-RING/TRIAD Motif Reveals a Novel Zinc-binding Domain Distinct from a RING
著者: Capili, A.D. / Edghill, E.L. / Wu, K. / Borden, K.L.B.
履歴
登録2004年5月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ariadne-1 protein homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0682
ポリマ－7,0031
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #6closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Ariadne-1 protein homolog / ARI-1 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2- binding protein 1 / UbcH7-binding protein / UbcM4- ...ARI-1 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2- binding protein 1 / UbcH7-binding protein / UbcM4-interacting protein / HHARI / H7-AP2 / HUSSY-27 / MOP-6


分子量: 7002.953 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal RING / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX4T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9Y4X5, ubiquitin-protein ligase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111HNCA & HN(CO)CA
121HN(CA)CB & HN(CO)CACB
131(H)C(CO)NH-TOCSY
141H(CCO)NH-TOCSY
1523D 15N-separated TOCSY
1623D 15N-separated NOESY
1723D 15N-separated TOCSY
182HNHA
1933D 13C-separated NOESY
11033D 13C-separated (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM RING2, U-15N,13C; 20mM Tris-d11(pH 8.0), 120mM NaCl90% H2O/10% D2O
21mM RING2, U-15N; 20mM Tris-d11(pH 8.0), 120mM NaCl90% H2O/10% D2O
31mM RING2, U-13C; 20mM Tris-d11(pH 8.0), 120mM NaCl100% D2O
試料状態イオン強度: 120mM NaCl / pH: 8 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.5Brukercollection
NMRView3.1.2Johnson, B.A., Blevins, R.データ解析
CNS1.1Brunger, A.T. et al.構造決定
CNS1.1精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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