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- PDB-1wcd: Crystal structure of IBDV T1 virus-like particle reveals a missin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wcd
タイトルCrystal structure of IBDV T1 virus-like particle reveals a missing link in icosahedral viruses evolution
要素MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
キーワードVIRUS / NON-ENVELOPED ICOSAHEDRAL VIRUSES / DOUBLE-STRANDED RNA VIRUS PROTEIN / BIRNAVIRUS / TRANSCRIPTASE MACHINERY / HYDROLASE / MEMBRANE TRANSLOCATION ACTIVITY / EVOLUTION / ICOSAHEDRAL VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


T=13 icosahedral viral capsid / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type peptidase activity / host cell cytoplasm / structural molecule activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
icosahedral virus / Birnavirus VP3, domain 2 / Birnavirus VP3, domain 1 / Birnavirus VP2 protein / Birnavirus VP3 protein / Birnavirus VP4 protease domain / Birnavirus VP2 protein / Birnavirus VP3 protein / Birnavirus VP4 protein / Birnavirus VP4 protease domain profile. ...icosahedral virus / Birnavirus VP3, domain 2 / Birnavirus VP3, domain 1 / Birnavirus VP2 protein / Birnavirus VP3 protein / Birnavirus VP4 protease domain / Birnavirus VP2 protein / Birnavirus VP3 protein / Birnavirus VP4 protein / Birnavirus VP4 protease domain profile. / Jelly Rolls - #20 / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種INFECTIOUS BURSAL DISEASE VIRUS (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Coulibaly, F. / Chevalier, C. / Gutsche, I. / Pous, J. / Bressanelli, S. / Navaza, J. / Delmas, B. / Rey, F.A.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2005
タイトル: The Birnavirus Crystal Structure Reveals Structural Relationships Among Icosahedral Viruses.
著者: Coulibaly, F. / Chevalier, C. / Gutsche, I. / Pous, J. / Navaza, J. / Bressanelli, S. / Delmas, B. / Rey, F.A.
履歴
登録2004年11月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
J: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1921
ポリマ－47,1921
非ポリマー00
水66737
1
J: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,831,52760
ポリマ－2,831,52760
非ポリマー00
水1,08160
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
J: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 236 kDa, 5 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,9615
ポリマ－235,9615
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
J: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 283 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)283,1536
ポリマ－283,1536
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
J: MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2
x 20


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 944 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)943,84220
ポリマ－943,84220
非ポリマー00
水36020
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation19
単位格子
Length a, b, c (Å)258.929, 258.929, 347.186
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.494157, -0.869198, -0.017407), (0.642324, 0.378521, -0.666439), (0.585857, 0.318145, 0.745356)131.44862, 150.71294, -25.47275
3generate(-0.324314, -0.764068, 0.557692), (0.170104, -0.627054, -0.760177), (0.930529, -0.15167, 0.333333)65.84886, 309.16962, 80.49963
4generate(-0.324314, 0.170104, 0.930529), (-0.764068, -0.627054, -0.15167), (0.557692, -0.760177, 0.333333)-106.14265, 256.38829, 171.4669
5generate(0.494157, 0.642324, 0.585857), (-0.869198, 0.378521, 0.318145), (-0.017407, -0.666439, 0.745356)-146.83948, 65.31096, 121.7154
6generate(0.998637, -0.052202), (-0.052202, -0.998637), (-1)7.80388, 298.7815, 173.47825
7generate(0.459952, -0.887773, 0.017407), (-0.667245, -0.33263, 0.666439), (-0.585857, -0.318145, -0.745356)131.20569, 141.41212, 198.951
8generate(-0.332751, -0.730293, 0.596615), (-0.152942, 0.666085, 0.730027), (-0.930529, 0.15167, -0.333333)57.42355, -13.40404, 92.97862
9generate(-0.283985, 0.202606, 0.937178), (0.779956, 0.617319, 0.102887), (-0.557692, 0.760177, -0.333333)-111.57814, 48.2837, 2.01134
10generate(0.538858, 0.621689, 0.56845), (0.842217, -0.411536, -0.348294), (0.017407, 0.666439, -0.745356)-142.24478, 241.22498, 51.76285
11generate(-0.033469, -0.924592, -0.379486), (-0.347242, 0.366803, -0.863064), (0.937178, 0.102887, -0.333333)171.136, 169.51976, 100.27128
12generate(-0.832751, -0.441617, 0.333915), (-0.441617, 0.166085, -0.881697), (0.333915, -0.881697, -0.333333)37.0551, 201.14185, 247.45942
13generate(-0.499546, 0.662898, 0.557692), (-0.628096, 0.166212, -0.760177), (-0.596615, -0.730027, 0.333333)-147.47212, 190.58221, 166.95979
14generate(0.505669, 0.862552, -0.017407), (-0.648971, 0.367009, -0.666439), (-0.56845, 0.348294, 0.745356)-127.43532, 152.43392, -29.97986
15generate(0.79372, -0.118571, -0.596615), (-0.475393, 0.49098, -0.730027), (0.379486, 0.863064, 0.333333)69.47532, 139.41661, -71.19563
16generate(-0.015297, -0.942479, -0.333915), (0.348515, -0.318037, 0.881697), (-0.937178, -0.102887, 0.333333)169.85719, 120.55916, 73.20697
17generate(-0.808562, -0.449685, 0.379486), (0.484487, -0.142805, 0.863064), (-0.333915, 0.881697, 0.333333)34.30837, 95.97954, -73.98117
18generate(-0.466076, 0.653318, 0.596615), (0.653318, -0.20059, 0.730027), (0.596615, 0.730027, -0.333333)-149.41602, 116.15755, 6.51845
19generate(0.538858, 0.842217, 0.017407), (0.621689, -0.411536, 0.666439), (0.56845, -0.348294, -0.745356)-127.41511, 153.20786, 203.4581
20generate(0.817455, -0.14404, -0.557692), (0.433311, -0.484121, 0.760177), (-0.379486, -0.863064, -0.333333)69.90659, 155.9282, 244.67388

-
要素

#1: タンパク質 MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2 / IBDV VP2 SUBVIRAL PARTICLE


分子量: 47192.113 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-441 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) INFECTIOUS BURSAL DISEASE VIRUS (ウイルス)
株: CT / 解説: VACCINE STRAIN (MERIAL) / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P15480
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE MATURE VP2 PROTEIN REPRESENTS RESIDUES 1-441 OF THE IBDV POLYPROTEIN. THIS PROTEIN AS WELL AS ...THE MATURE VP2 PROTEIN REPRESENTS RESIDUES 1-441 OF THE IBDV POLYPROTEIN. THIS PROTEIN AS WELL AS VP3 AND VP4 ARE GENERATED BY PROTEOLYTIC PROCESSING OF THE VIRAL POLYPROTEIN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
解説: MOLECULAR REPLACEMENT STARTING MODEL IS A TRACE OF IPNV VP2. THIS STRUCTURE HAS BEEN SOLVED BY SIR AT 3.4A AND THE MODEL WILL BE DEPOSITED IN THE PDB UPON COMPLETION OF THE REFINEMENT.
結晶化pH: 5
詳細: 100MM SODIUM ACETATE PH 5.0, 30% PEG 400, NACL 100MM

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月23日
放射モノクロメーター: DIAMOND (111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→40 Å / Num. obs: 255310 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 64.203 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 91

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→40 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 10000 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ
詳細: TWINNING OPERATOR K,H,-L TWINNING FRACTION 0.17. ENTRY CONTAINS ZERO OCCUPANCY ATOMS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 7361 2.8 %SHELLS
Rwork0.219 ---
obs0.219 251175 95.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.4436 Å2 / ksol: 0.276645 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 56.025 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.14 Å22.23 Å20 Å2
2---4.14 Å20 Å2
3---8.27 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.51 Å0.49 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3169 0 0 37 3206
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008394
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.53984
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.70022
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8979
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3→3.14 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 8 /
Rfactor反射数
Rfree0.35 907
Rwork0.3095 29281
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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