PDB-1wbd: Crystal structure of E. coli DNA mismatch repair enzyme MutS, E38...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1wbd

タイトル

Crystal structure of E. coli DNA mismatch repair enzyme MutS, E38Q mutant, in complex with a G.T mismatch

要素

5'-D(*AP*CP*TP*GP*GP*TP*GP*CP*TP*TP *GP*GP*CP*AP*GP*CP*T)-3'
5'-D(*AP*GP*CP*TP*GP*CP*CP*AP*GP*GP *CP*AP*CP*CP*AP*GP*TP*G)-3'
DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS

キーワード

DNA-BINDING / ATP-BINDING / DNA BINDING / DNA REPAIR / MISMATCH RECOGNITION

機能・相同性

機能・相同性情報

adenine/cytosine mispair binding / MutS complex / mismatch repair complex / regulation of DNA recombination / mismatched DNA binding / DNA binding, bending / ATP-dependent DNA damage sensor activity / mismatch repair / ADP binding / damaged DNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Natrajan, G. / Georgijevic, D. / Lebbink, J.H.G. / Winterwerp, H.H.K. / de Wind, N. / Sixma, T.K.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2006
タイトル: Dual Role of Muts Glutamate 38 in DNA Mismatch Discrimination and in the Authorization of Repair.
著者: Lebbink, J.H.G. / Georgijevic, D. / Natrajan, G. / Fish, A. / Winterwerp, H.H.K. / Sixma, T.K. / De Wind, N.

履歴

登録	2004年10月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1wbd.cif.gz	333.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1wbd.ent.gz	265.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1wbd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/1wbd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/1wbd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1wb9C 1wbbC 1e3mS 1ng9 1oh5 1oh6 1oh7 1oh8 1w7a S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
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タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS

B: DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS

E: 5'-D(*AP*GP*CP*TP*GP*CP*CP*AP*GP*GP *CP*AP*CP*CP*AP*GP*TP*G)-3'

F: 5'-D(*AP*CP*TP*GP*GP*TP*GP*CP*TP*TP *GP*GP*CP*AP*GP*CP*T)-3'

ヘテロ分子

190 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.620, 92.042, 260.977
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS 分子量: 89603.375 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-800 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PM800 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (BL21) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: P23909

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 EF

#2: DNA鎖	5'-D(APGPCPTPGPCPCPAPGPGP CPAPCPCPAPGPTPG)-3' 分子量: 5526.581 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: G\:T MISMATCH DNA
#3: DNA鎖	5'-D(APCPTPGPGPTPGPCPTPTP GPGPCPAPGPCPT)-3' 分子量: 5234.382 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ*: 合成

-
非ポリマー , 3種, 249分子

#4: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUES CHAINS A AND B, GLU 38 GLN

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.2 %
結晶化	pH: 7.5 詳細: 25 MM HEPES(7.5), 300 MM NACL, 10 MM MGCL2, 14 % PEG 6000., pH 7.50

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.93
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月20日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射	モノクロメーター: DIAMOND (111), GE (220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 85073 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.72 % / B_iso Wilson estimate: 43.64 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 5.75 % / R_merge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 1.78 / % possible all: 92.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E3M

1e3m

解像度: 2.4→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 8.842 / SU ML: 0.199 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.339 / ESU R Free: 0.249 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.259	1644	1.94 %	SAME AS FOR ENTRY 1E3M
R_work	0.212	-	-	-
obs	0.213	82938	99.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.95 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.335 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.673 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.338 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12171	714	28	247	13160

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	13208
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	11957
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.452	2.044	18028
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.856	3	27744
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.327	5	1536
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	2012
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	14150
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	2512
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	2648
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.225	0.2	13547
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	8072
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	326
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.186	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.236	0.2	104
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.108	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.513	1.5	7676
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.987	2	12329
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.651	3	5532
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.766	4.5	5699
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 10 /

	R_factor	反射数
R_free	0.334	122
R_work	0.277	5578

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4228	-0.0606	0.9896	2.1362	-0.1219	3.4628	0.0251	-0.1803	-0.013	-0.041	0.0509	0.0529	-0.1085	-0.0321	-0.076	0.3233	-0.0221	0.0201	0.2341	0.0155	0.294	95.839	81.716	33.88
2	3.0929	0.4919	0.1921	1.7414	0.3393	1.6369	0.1013	0.074	-0.017	-0.073	-0.0337	0.0397	-0.0318	0.0872	-0.0677	0.2181	0.0261	-0.01	0.1141	0.0155	0.2768	121.585	82.937	18.895
3	1.1368	-0.5456	-0.8089	1.0373	0.7519	2.1138	0.0604	-0.2884	-0.1416	0.1352	0.0479	-0.1069	0.1172	0.0879	-0.1083	0.3015	-0.0082	-0.0449	0.2865	0.042	0.3579	135.299	70.595	32.839
4	4.7907	0.5178	-0.9783	0.322	2.2072	3.192	-0.4128	-0.4489	-0.0858	0.2259	0.5853	-0.1726	0.3982	0.514	-0.1725	0.3063	0.0155	-0.0802	0.298	0.081	0.2648	142.993	63.359	32.12
5	3.4707	0.2335	0.1013	3.5577	0.4568	10.6138	-0.0116	0.1062	-0.0523	0.1114	0.1737	-0.0891	0.0208	0.5428	-0.1621	0.3791	0.0286	0.0106	0.2854	-0.0194	0.2587	92.363	75.307	76.865
6	5.2416	-1.0643	-3.721	1.8006	1.0384	3.5762	0.0493	-0.6608	0.3195	0.4338	0.1592	0.049	0.0994	0.2359	-0.2085	0.4712	-0.0189	-0.0621	0.5346	-0.0192	0.3387	126.437	82.861	54.134
7	2.812	-0.0201	-3.3079	-0.0474	-0.3226	2.0617	0.3608	0.0671	0.3564	0.2152	-0.1145	0.1186	-0.353	-0.1919	-0.2463	0.4813	-0.1042	0.0229	0.6299	-0.0748	0.4424	116.394	87.191	54.807
8	0.7434	0.0705	0.2035	0.9861	0.8818	2.5048	0.0595	-0.0909	-0.0629	-0.005	-0.003	-0.0618	0.0603	-0.205	-0.0565	0.2416	-0.0217	0.018	0.0841	0.0113	0.3979	140.52	57.838	5.309
9	2.5575	0.7784	-2.1773	5.2511	-2.6278	7.1561	0.0539	0.0475	-0.7415	0.3414	0.0499	0.0759	1.0271	0.2506	-0.1038	0.4138	0.0355	-0.0518	0.101	0.0076	0.5995	143.949	40.7	5.663
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18	6.0395	-0.3612	-0.5635	0.4564	-0.2052	0.5586	-0.018	-0.0668	-0.1669	0.0008	0.0216	-0.0375	-0.0099	-0.0034	-0.0035	0.269	0.0205	0.0117	0.0396	0.0144	0.2991	110.257	37.593	-6.847
19	0.8285	2.0572	-0.1043	28.5164	1.1746	-0.189	-0.2837	0.1823	0.4947	0.0284	0.4925	0.5152	-0.1173	0.0181	-0.2088	0.3037	0.0086	0.0115	0.2191	0.0109	0.3797	112.138	52.303	-16.42
20	3.6632	1.9063	1.0064	7.9937	3.1121	2.8495	-0.3771	0.2022	0.2248	-0.3555	0.4437	-0.178	-0.1093	0.4439	-0.0666	0.2998	0.0324	0.0267	0.1715	0.0576	0.2735	129.22	57.48	-16.34
21	1.3416	1.3122	-1.3075	1.7496	-1.7825	5.7877	-0.0427	-0.0956	0.0309	0.2127	0.1459	0.3648	0.1998	-0.447	-0.1032	0.4537	-0.0401	0.026	0.4304	0.0084	0.3482	86.709	75.403	51.227

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 115
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	116 - 265
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	266 - 387
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	550 - 567
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	444 - 503
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	388 - 443
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	504 - 549
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	568 - 741
9	X-RAY DIFFRACTION	8	A	1801
10	X-RAY DIFFRACTION	8	A	1802
11	X-RAY DIFFRACTION	9	A	742 - 765
12	X-RAY DIFFRACTION	10	A	766 - 800
13	X-RAY DIFFRACTION	11	B	14 - 115
14	X-RAY DIFFRACTION	12	B	116 - 265
15	X-RAY DIFFRACTION	13	B	266 - 387
16	X-RAY DIFFRACTION	14	B	550 - 567
17	X-RAY DIFFRACTION	15	B	444 - 503
18	X-RAY DIFFRACTION	16	B	388 - 443
19	X-RAY DIFFRACTION	17	B	504 - 549
20	X-RAY DIFFRACTION	18	B	568 - 741
21	X-RAY DIFFRACTION	19	B	742 - 765
22	X-RAY DIFFRACTION	20	B	766 - 800
23	X-RAY DIFFRACTION	21	E	1 - 16
24	X-RAY DIFFRACTION	21	F	15 - 30

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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