PDB-1wbb: Crystal structure of E. coli DNA mismatch repair enzyme MutS, E38...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1wbb

タイトル

Crystal structure of E. coli DNA mismatch repair enzyme MutS, E38A mutant, in complex with a G.T mismatch

要素

5'-D(*AP*CP*TP*GP*GP*TP*GP*CP*TP*TP *GP*GP*CP*AP*GP*CP*T)-3'
5'-D(*AP*GP*CP*TP*GP*CP*CP*AP*GP*GP *CP*AP*CP*CP*AP*GP*TP*G)-3'
DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS

キーワード

DNA-BINDING / ATP-BINDING / DNA BINDING / DNA REPAIR / MISMATCH RECOGNITION

機能・相同性

機能・相同性情報

adenine/cytosine mispair binding / MutS complex / mismatch repair complex / regulation of DNA recombination / mismatched DNA binding / DNA binding, bending / ATP-dependent DNA damage sensor activity / mismatch repair / ADP binding / damaged DNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Natrajan, G. / Georgijevic, D. / Lebbink, J.H.G. / Winterwerp, H.H.K. / de Wind, N. / Sixma, T.K.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2006
タイトル: Dual Role of Muts Glutamate 38 in DNA Mismatch Discrimination and in the Authorization of Repair.
著者: Lebbink, J.H.G. / Georgijevic, D. / Natrajan, G. / Fish, A. / Winterwerp, H.H.K. / Sixma, T.K. / De Wind, N.

履歴

登録	2004年10月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1wbb.cif.gz	332.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1wbb.ent.gz	265.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1wbb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1wbb_validation.pdf.gz	801.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1wbb_full_validation.pdf.gz	823 KB	表示
XML形式データ	1wbb_validation.xml.gz	55.7 KB	表示
CIF形式データ	1wbb_validation.cif.gz	77.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/1wbb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/1wbb	HTTPS FTP

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関連構造データ

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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS

B: DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS

E: 5'-D(*AP*GP*CP*TP*GP*CP*CP*AP*GP*GP *CP*AP*CP*CP*AP*GP*TP*G)-3'

F: 5'-D(*AP*CP*TP*GP*GP*TP*GP*CP*TP*TP *GP*GP*CP*AP*GP*CP*T)-3'

ヘテロ分子

190 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.553, 92.494, 261.264
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS 分子量: 89546.320 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-800 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PM800 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (BL21) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: P23909

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 EF

#2: DNA鎖	5'-D(APGPCPTPGPCPCPAPGPGP CPAPCPCPAPGPTPG)-3' 分子量: 5526.581 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: G\:T MISMATCH DNA
#3: DNA鎖	5'-D(APCPTPGPGPTPGPCPTPTP GPGPCPAPGPCPT)-3' 分子量: 5234.382 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ*: 合成

-
非ポリマー , 3種, 287分子

#4: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUES CHAINS A AND B, GLU 38 ALA

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.2 %
結晶化	pH: 7.5 詳細: 25 MM HEPES(7.5), 300 MM NACL, 10 MM MGCL2, 14 % PEG 6000., pH 7.50

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.93
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月24日 / 詳細: SAGITAL FOCUSSING GE (220) AND MULTILAYER.
放射	モノクロメーター: DIAMOND (111), GE (220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 75289 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.12 % / B_iso Wilson estimate: 53.02 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 9.81
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.06 % / R_merge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 1.48 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E3M

1e3m

解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.898 / SU B: 11.618 / SU ML: 0.246 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.439 / ESU R Free: 0.288 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27	1452	1.9 %	SAME AS FOR ENTRY 1E3M
R_work	0.22	-	-	-
obs	0.221	73763	99.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.08 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.169 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.915 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.746 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12163	714	28	285	13190

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	13200
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	11955
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.225	2.044	18018
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.799	3	27736
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.067	5	1536
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	2012
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	14142
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2512
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.19	0.2	2700
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.216	0.2	13825
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	8174
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	310
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.22	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.216	0.2	112
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.162	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.352	1.5	7676
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.673	2	12327
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.041	3	5524
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.763	4.5	5691
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 10 /

	R_factor	反射数
R_free	0.367	99
R_work	0.309	5238

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3665	-0.6675	0.9725	3.2067	-0.0381	3.4547	0.0773	-0.0629	-0.0237	-0.0397	0.0071	0.1484	-0.0091	-0.0304	-0.0844	0.2392	-0.018	0.0201	0.1741	0.0171	0.1879	95.744	82.316	33.858
2	2.9339	0.5863	-0.7067	1.8845	0.0304	1.4724	0.0642	0.1274	-0.0618	-0.1072	0.0274	0.0791	0.0026	0.1095	-0.0916	0.1475	0.0163	-0.0182	0.099	-0.0014	0.1986	121.35	83.495	18.899
3	1.2821	-0.2093	-1.0058	1.2183	0.9897	2.3782	0.0325	-0.2007	-0.1825	0.1607	0.0853	-0.1436	0.1139	0.0681	-0.1178	0.235	0.0109	-0.036	0.2211	0.0477	0.2827	135.084	71.163	32.805
4	4.5033	-2.9273	-3.4967	3.5696	4.3965	3.7476	-0.4245	-0.2327	-0.1123	0.0998	0.5612	-0.0357	0.4281	0.4678	-0.1367	0.253	0.0346	-0.0605	0.2316	0.0494	0.2101	142.748	64.009	32.087
5	3.728	1.3102	0.5419	4.9995	0.8123	10.2921	-0.1246	0.048	-0.1058	0.082	0.2811	-0.1068	-0.1984	0.4562	-0.1565	0.2824	0.0572	0.014	0.1689	-0.0424	0.1578	92.436	75.751	77.028
6	3.4105	-0.9384	-2.4731	1.8152	1.2425	3.2201	0.0247	-0.7152	0.389	0.4364	0.0976	0.0754	0.0926	0.2331	-0.1224	0.415	-0.0131	-0.0588	0.4838	-0.0196	0.2876	126.277	83.376	54.101
7	1.4752	-0.4072	-2.7779	0.2166	0.3605	1.711	0.2803	0.0107	0.3838	0.1807	-0.0167	0.0608	-0.2209	-0.0972	-0.2635	0.4025	-0.0634	0.0443	0.4969	-0.0762	0.3568	116.276	87.724	54.896
8	1.1173	0.3453	0.5659	1.0802	1.1075	2.5458	0.0464	-0.0947	0.0042	-0.0191	0.0244	-0.0745	0.0249	-0.1126	-0.0708	0.1822	-0.0033	0.0322	0.0742	-0.0016	0.3034	140.276	58.248	5.339
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12	2.2822	0.5958	-0.2087	2.991	0.8773	2.62	-0.0429	0.0232	-0.1743	-0.0519	0.1178	-0.3799	0.2838	0.3601	-0.0749	0.2538	0.023	0.011	0.1797	0.0183	0.218	101.618	27.416	25.963
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15	4.7865	3.3224	-1.0751	8.6492	1.2379	3.4585	-0.0389	-0.134	0.0092	0.0822	-0.136	0.4018	-0.1515	-0.425	0.1749	0.3348	0.0607	-0.0359	0.4056	-0.0289	0.2188	72.28	73.903	61.731
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17	1.1715	-0.749	-0.9158	2.2145	1.7078	1.8474	-0.1485	-0.1855	0.0663	0.6004	-0.0318	0.1732	0.4912	-0.1407	0.1803	0.362	-0.0235	0.0194	0.2595	0.0163	0.2686	73.356	44.822	43.879
18	5.6085	-0.2629	-0.7604	0.238	-0.2048	0.9526	0.0347	0.0153	-0.1503	-0.0308	0.0015	-0.071	-0.0168	0.0182	-0.0362	0.1981	0.0136	0.0109	0.008	0.0266	0.219	110.077	37.831	-6.809
19	2.0978	0.3599	-0.992	27.7252	1.2382	-1.4585	-0.1506	0.1711	0.599	0.2699	0.232	0.302	-0.0291	0.0243	-0.0814	0.2563	0.0304	-0.0133	0.2557	0.0167	0.296	111.971	52.542	-16.381
20	4.4128	2.735	1.1662	7.458	4.4597	4.759	-0.1367	-0.0106	0.295	-0.6158	0.1867	-0.1549	-0.2735	0.2684	-0.05	0.2262	0.0471	0.0335	0.1101	0.0842	0.1778	129.06	57.679	-16.31
21	1.7847	1.0517	-0.7246	2.2977	-1.8376	5.6939	-0.0117	0.0817	0.1088	0.2694	0.1417	0.5831	-0.131	-0.4068	-0.13	0.3759	-0.0675	0.0055	0.3386	0.0097	0.2849	85.296	77.925	51.13

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 115
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	116 - 265
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	266 - 387
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	550 - 567
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	444 - 503
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	388 - 443
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	504 - 549
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	568 - 741
9	X-RAY DIFFRACTION	8	A	1801
10	X-RAY DIFFRACTION	8	A	1802
11	X-RAY DIFFRACTION	9	A	742 - 765
12	X-RAY DIFFRACTION	10	A	766 - 800
13	X-RAY DIFFRACTION	11	B	14 - 115
14	X-RAY DIFFRACTION	12	B	116 - 265
15	X-RAY DIFFRACTION	13	B	266 - 387
16	X-RAY DIFFRACTION	14	B	550 - 567
17	X-RAY DIFFRACTION	15	B	444 - 503
18	X-RAY DIFFRACTION	16	B	388 - 443
19	X-RAY DIFFRACTION	17	B	504 - 549
20	X-RAY DIFFRACTION	18	B	568 - 741
21	X-RAY DIFFRACTION	19	B	742 - 765
22	X-RAY DIFFRACTION	20	B	766 - 800
23	X-RAY DIFFRACTION	21	E	1 - 18
24	X-RAY DIFFRACTION	21	F	14 - 30

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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