PDB-1waz: NMR Structure Determination of the bacterial mercury transporter,...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1waz

タイトル

NMR Structure Determination of the bacterial mercury transporter, MerF, in micelles

要素

MERF

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / PROTEIN STRUCTURE / RESIDUAL DIPOLAR COUPLING / POLYTOPIC MEMBRANE PROTEIN / ANTIBIOTIC RESISTANCE / MERCURY DETOXIFICATION

機能・相同性

bacterial mercury transporter, merf / Mercury ion transport, MerF / Membrane transport protein MerF / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / membrane / MerF

機能・相同性情報

生物種

MORGANELLA MORGANII (バクテリア)

手法

溶液NMR / RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS

データ登録者

Howell, S.C. / Mesleh, M.F. / Opella, S.J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: NMR Structure Determination of a Membrane Protein with Two Transmembrane Helices in Micelles: Merf of the Bacterial Mercury Detoxification System
著者: Howell, S.C. / Mesleh, M.F. / Opella, S.J.

履歴

登録	2004年10月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2005年4月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2019年4月3日	Group: Data collection / Other / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc ...entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.4	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1waz.cif.gz	217.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1waz.ent.gz	180.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1waz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1waz_validation.pdf.gz	339.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1waz_full_validation.pdf.gz	424.9 KB	表示
XML形式データ	1waz_validation.xml.gz	12.7 KB	表示
CIF形式データ	1waz_validation.cif.gz	20 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/1waz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/1waz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4lh9-d 4k59-d 1pd3-1 1ow9-d 7lv2-1 2mts-d 4p6l-d 2en9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MERF

4.95 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	15 / 100	LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル

#1: タンパク質・ペプチド	MERF 分子量: 4945.946 Da / 分子数: 1 / 断片: HELIX-LOOP-HELIX CORE, RESIDUES 24-69 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MORGANELLA MORGANII (バクテリア) プラスミド: PET31B/MERF / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q56446
配列の詳細	FRAGMENT USED IN THIS EXPERIMENT COMPRISES RESIDUES 24-69

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D HNCA
1	2	1	1H15N-HSQC
1	3	1	2D- 1H15N-HMQC-NOESY
1	4	1	1H15N- IPAP-HSQC

NMR実験の詳細

Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING 1H-15N RESIDUAL DIPOLAR COUPLINGS FROM TWO NON-DEGENERATE ORIENTATIONS.

-
試料調製

詳細	内容: 90% WATER/10% D20,500MM SDS, 10MM PHOSPHATE PH6.0, 0.7MM SAMPLE
試料状態	pH: 6 / 圧: 1.0 atm / 温度: 333.0 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
Xplor-NIH	2.9.4	C.D.SCHWIETERS, J.J.KUSZEWSKI, N.TJ	精密化
Xplor-NIH			構造決定

精密化

手法: RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE BIOCHEMISTRY CITATION ABOVE.

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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関連情報:EMDBヘッダ

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