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- PDB-4k59: Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa RsmF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k59
タイトルCrystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa RsmF
要素RNA BINDING PROTEIN RsmF
キーワードRNA BINDING PROTEIN / beta sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of carbohydrate metabolic process / mRNA catabolic process / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Translational regulator CsrA / Translational regulator CsrA / Carbon storage regulator superfamily / Global regulator protein family / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Carbon storage regulator / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Betts, L. / Walton, W.G. / Redinbo, M.R.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: An unusual CsrA family member operates in series with RsmA to amplify posttranscriptional responses in Pseudomonas aeruginosa.
著者: Marden, J.N. / Diaz, M.R. / Walton, W.G. / Gode, C.J. / Betts, L. / Urbanowski, M.L. / Redinbo, M.R. / Yahr, T.L. / Wolfgang, M.C.
履歴
登録2013年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月11日Group: Database references
改定 1.22013年9月25日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA BINDING PROTEIN RsmF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0671
ポリマ－8,0671
非ポリマー00
水28816
1
A: RNA BINDING PROTEIN RsmF

A: RNA BINDING PROTEIN RsmF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1352
ポリマ－16,1352
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555x,x-y,-z1
Buried area2600 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area7150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.451, 41.451, 74.048
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number151
Space group name H-MP3112
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-108-

HOH

21A-113-

HOH

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要素

#1: タンパク質 RNA BINDING PROTEIN RsmF


分子量: 8067.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: PA14_68470 / プラスミド: pMCSG-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold / 参照: UniProt: Q02EI1, UniProt: A0A0H2ZIZ8*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.96 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 30% PEG 4000, 0.2 M Magnesium chloride, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年8月1日 / 詳細: Confocal optics
放射モノクロメーター: Confocal optic / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.22→50 Å / Num. obs: 3743 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 42.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Χ2: 1.468 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.22-2.262.80.3681700.665193.9
2.26-2.33.30.3521990.741197.5
2.3-2.343.60.3021720.8331100
2.34-2.393.90.2491860.881100
2.39-2.4440.2551910.8341100
2.44-2.54.10.2351820.861199.5
2.5-2.564.10.2121880.808199.5
2.56-2.6340.1631810.879199.5
2.63-2.714.10.1511811.001199.5
2.71-2.84.10.1321890.894199.5
2.8-2.94.10.1031791.029198.9
2.9-3.014.20.081961.1051100
3.01-3.154.20.0681911.203199.5
3.15-3.324.20.0531731.459199.4
3.32-3.5240.0491951.855199.5
3.52-3.84.10.0451902.025199.5
3.8-4.183.90.0381911.871198.5
4.18-4.7840.0291861.849197.9
4.78-6.0240.031951.749198.5
6.02-503.60.0392086.478196.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.22→32.302 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.7 / FOM work R set: 0.711 / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 34.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2674 358 9.62 %
Rwork0.2212 --
obs0.2257 3723 98.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 132.22 Å2 / Biso mean: 62.6779 Å2 / Biso min: 27.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.22→32.302 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数506 0 0 16 522
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005509
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.022684
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06782
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00389
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.521199
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.22-2.53930.30241140.24451100121498
2.5393-3.19880.35051230.262411141237100
3.1988-32.30540.23591210.20321151127299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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