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万見
- PDB-1waw: Specificity and affinity of natural product cyclopentapeptide inh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1waw
タイトルSpecificity and affinity of natural product cyclopentapeptide inhibitor Argadin against human chitinase
要素
  • ARGADIN
  • CHITOTRIOSIDASE 1
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HUMAN CHITINASE / ARGADIN / CYCLOPENTAPEPTIDE INHIBITORS / CHITINASE INHIBITORS / GLYCOSIDASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


endochitinase activity / polysaccharide digestion / Digestion of dietary carbohydrate / chitinase / chitinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / response to bacterium ...endochitinase activity / polysaccharide digestion / Digestion of dietary carbohydrate / chitinase / chitinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / response to bacterium / specific granule lumen / tertiary granule lumen / lysosome / immune response / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Chitin-binding domain type 2 / Chitin binding domain / Chitin binding Peritrophin-A domain / Chitin-binding type-2 domain profile. / Chitin binding domain superfamily / Chitinase A; domain 3 - #10 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II ...Chitin-binding domain type 2 / Chitin binding domain / Chitin binding Peritrophin-A domain / Chitin-binding type-2 domain profile. / Chitin binding domain superfamily / Chitinase A; domain 3 - #10 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 18 / Chitinase A; domain 3 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Roll / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Argadin / ISOPROPYL ALCOHOL / Chitotriosidase-1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
CLONOSTACHYS (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Rao, F.V. / Houston, D.R. / Boot, R.G. / Aerts, J.M.F.G. / Hodkinson, M. / Adams, D.J. / Shiomi, K. / Omura, S. / van Aalten, D.M.F.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2005
タイトル: Specificity and Affinity of Natural Product Cyclopentapeptide Inhibitors Against Aspergillus Fumigatus, Human and Bacterial Chitinases
著者: Rao, F.V. / Houston, D.R. / Boot, R.G. / Aerts, J.M.F.G. / Hodkinson, M. / Adams, D.J. / Shiomi, K. / Omura, S. / Van Aalten, D.M.F.
履歴
登録2004年10月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22012年11月30日Group: Other
改定 1.32015年8月5日Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy / Structure summary
改定 2.02019年4月24日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Polymer sequence
カテゴリ: diffrn_source / entity_poly ...diffrn_source / entity_poly / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_conn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12019年5月22日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_ls_cross_valid_method
改定 2.22019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.32019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 3.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 3.12023年12月13日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 10-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 11-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHITOTRIOSIDASE 1
B: ARGADIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5527
ポリマ－50,1202
非ポリマー4325
水6,233346
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)45.293, 47.539, 84.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 CHITOTRIOSIDASE 1 / CHITINASE 1


分子量: 49424.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q13231, chitinase
#2: タンパク質・ペプチド ARGADIN


タイプ: Cyclic peptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 695.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) CLONOSTACHYS (菌類) / 参照: Argadin

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非ポリマー , 4種, 351分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.74 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.811
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月6日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.811 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→25 Å / Num. obs: 35505 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 9.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GUV

1guv


解像度: 1.75→25 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Data cutoff high absF: 10000 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 726 2 %RANDOM
Rwork0.174 ---
obs0.174 35413 99 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.3 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 14.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.122 Å20 Å21.032 Å2
2--0.718 Å20 Å2
3----0.84 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.82 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a-0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2925 0 27 346 3298
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.82
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.311.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.762
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.172
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.072.5
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.068 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.546 64 1.7 %
Rwork0.54 3600 -
obs--60.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ARGADIN_CNS.PARARGADIN_CNS.TOP
X-RAY DIFFRACTION5COMBINED.PARCOMBINED.PAR

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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