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万見
- PDB-1w9m: AS-isolated hybrid cluster protein from Desulfovibrio vulgaris X-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w9m
タイトルAS-isolated hybrid cluster protein from Desulfovibrio vulgaris X-ray structure at 1.35A resolution using iron anomalous signal
要素HYDROXYLAMINE REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / HYBRID CLUSTER PROTEIN / ANAEROBIC / OXIDISED / AS-ISOLATED / DESULFOVIBRIO VULGARIS
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxylamine reductase / hydroxylamine reductase activity / peroxidase activity / response to hydrogen peroxide / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #20 / Hydroxylamine reductase / Prismane, alpha-bundle / Rossmann fold - #2030 / Hydroxylamine reductase/Ni-containing CO dehydrogenase / Prismane/CO dehydrogenase family / Prismane-like, alpha/beta-sandwich / Prismane-like superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Up-down Bundle ...Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #20 / Hydroxylamine reductase / Prismane, alpha-bundle / Rossmann fold - #2030 / Hydroxylamine reductase/Ni-containing CO dehydrogenase / Prismane/CO dehydrogenase family / Prismane-like, alpha/beta-sandwich / Prismane-like superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE-S-O HYBRID CLUSTER / IRON/SULFUR CLUSTER / Hydroxylamine reductase
類似検索 - 構成要素
生物種DESULFOVIBRIO VULGARIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Aragao, D. / Macedo, S. / Mitchell, E.P. / Coelho, D. / Romao, C.V. / Teixeira, M. / Lindley, P.F.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: Structural and Functional Relationships in the Hybrid Cluster Protein Family:Structure of the Anaerobically Purified Hybrid Cluster Protein from Desulfovibrio Vulgaris at 1.35 A Resolution
著者: Aragao, D. / Mitchell, E.P. / Frazao, C.F. / Carrondo, M.A. / Lindley, P.F.
#1: ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2003
タイトル: Reduced Hybrid Cluster Proteins from Desulfovibrio Desulfuricans Atcc 27774 and Desulfovibrio Vulgaris (Hidenborough). X-Ray Structures at High Resolution Using Synchrotron Radiation
著者: Aragao, D. / Macedo, S. / Mitchell, E.P. / Romao, C.V. / Liu, M.Y. / Frazao, C. / Saraiva, L.M. / Xavier, A.V. / Legall, J. / Van Dongen, E.M.A.M. / Hagen, W.R. / Teixeira, M. / Carrondo, M.A. / Lindley, P.F.
履歴
登録2004年10月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年3月6日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年5月22日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_ls_cross_valid_method
改定 1.52023年3月29日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: audit_author / database_2 ...audit_author / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI ..._audit_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.62024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYDROXYLAMINE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7623
ポリマ－60,0751
非ポリマー6872
水14,214789
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)64.270, 66.843, 134.764
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 HYDROXYLAMINE REDUCTASE / HYBRID CLUSTER PROTEIN


分子量: 60074.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CUBANE CLUSTER [4FE-4S] HYBRID CLUSTER [4FE-3S-3O] PERSULPHIDE BOND BETWEEN S7 (HYBRID CLUSTER) AND S OF CYS406
由来: (組換発現) DESULFOVIBRIO VULGARIS (バクテリア)
株: HILDENBOROUGH / プラスミド: PJSP104 / 発現宿主: DESULFOVIBRIO VULGARIS (バクテリア) / 株 (発現宿主): HILDENBOROUGH
参照: UniProt: P31101, 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-FS2 / FE-S-O HYBRID CLUSTER


分子量: 335.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4O3S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 789 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.6 % / 解説: ARP/WARP PROGRAM USED TO BUILD MODEL
結晶化温度: 277 K / pH: 6.5 / 詳細: 25% PEG 4000, 0.1M MES, PH 6.5, T=277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月15日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: DIAMOND (111) CRYSTAL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→67.42 Å / Num. obs: 127993 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 1.35→1.36 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 3.45 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.35→100 Å / Num. parameters: 45607 / Num. restraintsaints: 54284 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 1.6 %
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1774 6422 5.3 %RANDOM
all0.125 121439 --
obs0.1282 -95 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-2
Refine analyzeNum. disordered residues: 11 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 5022.9
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4218 0 17 789 5024
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.027
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0262
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.058
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.069
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.027
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.04
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.085

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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