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万見
- PDB-1w8k: Crystal structure of apical membrane antigen 1 from Plasmodium vivax -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w8k
タイトルCrystal structure of apical membrane antigen 1 from Plasmodium vivax
要素APICAL MEMBRANE ANTIGEN 1
キーワードANTIGEN / PLASMODIUM ANTIGEN / MALARIA VACCINE CANDIDATE
機能・相同性
機能・相同性情報


Apical membrane antigen 1 domain superfamily / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / Hepatocyte Growth Factor / Hepatocyte Growth Factor / 3-Layer(bba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / Apical merozoite antigen 1 / Apical membrane antigen 1
類似検索 - 構成要素
生物種PLASMODIUM VIVAX (マラリア 病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Pizarro, J.C. / Vulliez-Le Normand, B. / Chesne-Seck, M.-L. / Kocken, C.H.M. / Thomas, A.W. / Bentley, G.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure of the Malaria Vaccine Candidate Apical Membrane Antigen 1
著者: Pizarro, J.C. / Vulliez-Le Normand, B. / Chesne-Seck, M.-L. / Collins, C. / Withers-Martinez, C. / Hackett, F. / Blackman, M. / Faber, B. / Remarque, E. / Kocken, C.H.M. / Thomas, A.W. / Bentley, G.A.
履歴
登録2004年9月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: APICAL MEMBRANE ANTIGEN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6662
ポリマ－51,5971
非ポリマー691
水3,837213
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)150.030, 53.760, 60.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.18, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 APICAL MEMBRANE ANTIGEN 1


分子量: 51597.047 Da / 分子数: 1 / 断片: ECTOPLASMIC REGION, RESIDUES 1-445 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PLASMODIUM VIVAX (マラリア 病原虫)
株: SAL I / 発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類) / 参照: UniProt: Q9TY14, UniProt: O61130*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED MUTATION IN CHAIN A, SER 178 TO ASN ENGINEERED MUTATION IN CHAIN A, ASN 226 TO ASP ...ENGINEERED MUTATION IN CHAIN A, SER 178 TO ASN ENGINEERED MUTATION IN CHAIN A, ASN 226 TO ASP ENGINEERED MUTATION IN CHAIN A, ASN 441 TO GLN
Has protein modificationY
配列の詳細SEQUENCE EXPRESSED COMPRISES RESIDUES 1 TO 445. MUTATIONS S136N, N184D AND N399Q HAVE BEEN ...SEQUENCE EXPRESSED COMPRISES RESIDUES 1 TO 445. MUTATIONS S136N, N184D AND N399Q HAVE BEEN INTRODUCED TO ELIMINATE POTENTIAL N-GLYCOSYLATION SITE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化pH: 7
詳細: THE CRYSTALLISATION MIXTURE CONSISTED OF 10-12% (W/V) PEG3350, 100-200MM IMIDAZOLE, PH 7.0, 5-10% (V/V) ISOPROPANOL, AND 1% (V/V) DMF OR 3% (V/V) T-BUTANOL. THE PROTEIN SOLUTION WAS DILUTED ...詳細: THE CRYSTALLISATION MIXTURE CONSISTED OF 10-12% (W/V) PEG3350, 100-200MM IMIDAZOLE, PH 7.0, 5-10% (V/V) ISOPROPANOL, AND 1% (V/V) DMF OR 3% (V/V) T-BUTANOL. THE PROTEIN SOLUTION WAS DILUTED BY 40 - 60% REMARK 280 WITH THE CRYSTALLISATION BUFFER, GIVING A FINAL REMARK 280 CONCENTRATION OF 4-6 MG. ML-1 IN SUSPENDED DROPS OF VOLUME REMARK 280 2 - 3 PERCENT.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 152093 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0003精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→19.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 4.043 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE FOLLOWING SEGMENTS WERE NOT MODELLED A171 TO 176, A204 TO A206, A210 TO A215, A297 TO A334, A403 TO A413, A476 TO A487.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 2070 5.1 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.222 38819 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.65 Å20 Å21.73 Å2
2---1.97 Å20 Å2
3---2.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2932 0 5 213 3150
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0223004
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9261.9424045
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1545355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.424.452155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.13115540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9691521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.2425
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.21342
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.22011
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2280.2206
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1690.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.240.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3842.51869
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4733.52926
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.93541292
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5865.51119
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.361 148
Rwork0.318 2786

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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