PDB-1w7e: NMR Ensemble OF Fasciclin-Like Protein From Rhodobacter sphaeroides

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1w7e

タイトル

NMR Ensemble OF Fasciclin-Like Protein From Rhodobacter sphaeroides

要素

BETA-IG-H3/FASCICLIN

キーワード

CELL ADHESION / FASCICLIN

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular space
類似検索 - 分子機能

生物種

RHODOBACTER SPHAEROIDES (バクテリア)

手法

溶液NMR / CNS 1.2

データ登録者

Moody, R. / Phillips-Jones, M.K. / Williamson, M.P.

引用

ジャーナル: FEBS Open Bio / 年: 2013
タイトル: Structure and Function of a Bacterial Fasciclin I Domain Protein Elucidates Function of Related Cell Adhesion Proteins Such as Tgfbip and Periostin.
著者: Moody, R.G. / Williamson, M.P.

履歴

登録	2004年9月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月19日	Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.2	2014年7月30日	Group: Database references
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1w7e.cif.gz	226.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1w7e.ent.gz	185.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1w7e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1w7e_validation.pdf.gz	346.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1w7e_full_validation.pdf.gz	416.7 KB	表示
XML形式データ	1w7e_validation.xml.gz	22.7 KB	表示
CIF形式データ	1w7e_validation.cif.gz	30.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/1w7e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/1w7e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1w7dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2kkc-d 4hi4-6 5v4y-d 3haw-2 2m5j-d 1hef-d 1yn5-1 2lpk-d 4xkl-1 2bl8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: BETA-IG-H3/FASCICLIN

13.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	6 / 100	6 RANDOMLY CHOSEN FROM 30 LOWEST ENERGY
代表モデル

#1: タンパク質	BETA-IG-H3/FASCICLIN / FASCICLIN-LIKE PROTEIN 分子量: 13848.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) RHODOBACTER SPHAEROIDES (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3IXZ6
配列の詳細	RHODOBACTER SPHAEROIDES GENOME DATABASE

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	HNHA

NMR実験の詳細

Text: SEE PDB ENTRY 1W7D FOR BEST STRUCTURE

-
試料調製

詳細	内容: 90% WATER/10% D2O, 50MM NAPHOS
試料状態	イオン強度: 50 mM / pH: 7 / 圧: 1.0 atm / 温度: 298.0 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS	1.2	BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN	精密化
Felix			構造決定

精密化

手法: CNS 1.2 / ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: 6 RANDOMLY CHOSEN FROM 30 LOWEST ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 6

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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