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- PDB-1w7a: ATP bound MutS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w7a
タイトルATP bound MutS
要素
  • 5'-D(*AP*GP*CP*TP*GP*CP*CP*AP*GP*GP *CP*AP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*TP*CP*AP*GP*CP*GP*TP*CP*CP*TP* AP*T)-3'
  • 5'-D(*AP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*GP*CP*TP *GP*AP*CP*AP*CP*TP*GP*GP*TP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*CP*AP*GP* CP*T)-3'
  • DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS
キーワードDNA BINDING / ABC ATPASE / ALTERNATING ATPASE / ASYMMETRY / ATP-BINDING / DNA REPAIR / DNA-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


adenine/cytosine mispair binding / MutS complex / mismatch repair complex / regulation of DNA recombination / mismatched DNA binding / DNA binding, bending / ATP-dependent DNA damage sensor activity / mismatch repair / ADP binding / damaged DNA binding ...adenine/cytosine mispair binding / MutS complex / mismatch repair complex / regulation of DNA recombination / mismatched DNA binding / DNA binding, bending / ATP-dependent DNA damage sensor activity / mismatch repair / ADP binding / damaged DNA binding / DNA damage response / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3 / MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3 - #10 / MutS, connector domain / DNA repair protein MutS, domain I / DNA mismatch repair protein MutS / DNA mismatch repair protein MutS/MSH / DNA mismatch repair protein MutS-like, N-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, connector domain / DNA mismatch repair protein MutS, clamp / DNA mismatch repair protein MutS, N-terminal ...MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3 / MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3 - #10 / MutS, connector domain / DNA repair protein MutS, domain I / DNA mismatch repair protein MutS / DNA mismatch repair protein MutS/MSH / DNA mismatch repair protein MutS-like, N-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, connector domain / DNA mismatch repair protein MutS, clamp / DNA mismatch repair protein MutS, N-terminal / MutS, connector domain superfamily / MutS domain I / MutS domain II / MutS family domain IV / MutS domain III / DNA mismatch repair MutS family / DNA mismatch repair protein MutS, C-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, core / DNA mismatch repair protein MutS, core domain superfamily / MutS domain V / DNA mismatch repair proteins mutS family signature. / DNA-binding domain of DNA mismatch repair MUTS family / ATPase domain of DNA mismatch repair MUTS family / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / Nucleotidyltransferase; domain 5 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA mismatch repair protein MutS
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Lamers, M.H. / Georgijevic, D. / Lebbink, J. / Winterwerp, H.H.K. / Agianian, B. / de Wind, N. / Sixma, T.K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / : 2004
タイトル: ATP Increases the Affinity between Muts ATPase Domains: Implications for ATP Hydrolysis and Conformational Changes
著者: Lamers, M.H. / Georgijevic, D. / Lebbink, J. / Winterwerp, H.H.K. / Agianian, B. / De Wind, N. / Sixma, T.K.
履歴
登録2004年8月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS
B: DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS
E: 5'-D(*AP*GP*CP*TP*GP*CP*CP*AP*GP*GP *CP*AP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*TP*CP*AP*GP*CP*GP*TP*CP*CP*TP* AP*T)-3'
F: 5'-D(*AP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*GP*CP*TP *GP*AP*CP*AP*CP*TP*GP*GP*TP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*CP*AP*GP* CP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,7127
ポリマ-197,6744
非ポリマー1,0393
4,792266
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)90.636, 93.040, 262.592
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS


分子量: 89604.359 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-800 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: DNA OLIGOMER CONTAINING GT MISMATCH ADENOSINE TRIPHOSPHATE (ATP)
由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PET3D / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P23909

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 EF

#2: DNA鎖 5'-D(*AP*GP*CP*TP*GP*CP*CP*AP*GP*GP *CP*AP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*TP*CP*AP*GP*CP*GP*TP*CP*CP*TP* AP*T)-3'


分子量: 9184.905 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(*AP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*GP*CP*TP *GP*AP*CP*AP*CP*TP*GP*GP*TP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*CP*AP*GP* CP*T)-3'


分子量: 9279.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 3種, 269分子

#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

構成要素の詳細THIS PROTEIN IS INVOLVED IN THE REPAIR OF MISMATCHES IN DNA. IT CARRIES OUT THE MISMATCH RECOGNITION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 0.49 %
結晶化pH: 7.5
詳細: 12-14% PEG6000, 150-300MM NACL, 10 MM MGCL2, 25 MM HEPES PH 7.5, 100 UM ADP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月10日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: DIAMOND (111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 99607 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 1.3 / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E3M
解像度: 2.27→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 11.36 / SU ML: 0.277 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.266 / ESU R Free: 0.212 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 2002 2 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.217 99607 98.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.04 Å20 Å20 Å2
2--1.77 Å20 Å2
3----2.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12242 714 63 266 13285
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02113333
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0212030
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2942.04618199
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.834327913
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.57831549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.073152311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.22034
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214259
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022527
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.152888
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.20.1511914
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.0380.522
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0950.51
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1650.5661
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1730.1521
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2050.1570
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1730.56
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6171.57739
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.185212425
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8435594
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0364.55774
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.27→2.33 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.304 122
Rwork0.306 5807
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1725-0.2297-0.26981.5812-0.15091.93060.07410.0981-0.0690.0110.0473-0.09320.0802-0.0605-0.12140.2032-0.0134-0.02420.2025-0.02160.225239.57910.1133.828
21.9730.3108-0.34051.5438-0.16260.7960.0864-0.025-0.0034-0.12520.04060.00110.0018-0.051-0.12710.1742-0.0355-0.01990.17210.00390.250413.7098.95218.755
30.9864-0.27970.85880.6356-0.74031.71570.0011-0.30270.15810.03510.06020.0873-0.0183-0.1199-0.06130.1876-0.04790.02230.289-0.0310.2726-0.03821.15132.782
43.0784-1.06251.509-3.0822-1.59142.1569-0.2331-0.49730.12110.07010.22560.004-0.3162-0.33380.00740.19490.00660.04540.3612-0.0770.2654-7.76828.25332.148
52.2350.71650.25132.5539-1.46488.4445-0.0815-0.0072-0.00620.03480.24660.0167-0.1768-0.2854-0.16510.33140.0848-0.04380.20190.03370.143642.56716.80777.197
63.9283-0.92743.29571.5182-1.56393.9157-0.1131-0.8652-0.24170.31220.1680.0467-0.0812-0.4798-0.0550.2224-0.02230.04660.52080.0610.14078.8848.80454.082
72.4398-0.05372.5850.24190.28132.22470.20090.0366-0.2090.161-0.00210.01140.3495-0.0198-0.19890.2709-0.1397-0.00230.47740.09990.20218.9294.55454.866
80.76030.1732-0.43750.7621-0.61132.36710.0484-0.07660.0188-0.0062-0.07890.086-0.1440.05850.03050.1869-0.005-0.07680.0977-0.00680.3658-5.33734.2645.252
92.9949-1.7812-0.13480.8826-0.33554.39630.18-0.27180.83070.7755-0.13950.012-0.5748-0.3666-0.04060.30370.048-0.06620.0537-0.03270.6028-8.80951.6396.127
106.1341-0.03591.08942.9171.29562.4398-0.1778-0.21560.3385-0.0140.1620.4409-0.1611-0.02050.01580.19350.10790.040.06060.0350.39221.44760.377-4.937
114.70681.78430.34773.55190.33394.60290.4036-0.6987-0.21120.5782-0.40640.20010.6577-0.56470.00280.4708-0.274-0.04380.32170.02670.247428.74544.65143.738
121.08110.2512-0.08571.8159-0.59921.82640.069-0.07040.105-0.0316-0.03750.167-0.2298-0.2291-0.03140.3210.0016-0.03880.1542-0.05710.253533.44465.57926.043
130.46810.01260.91170.2962-0.06891.47310.0857-0.0488-0.00360.0301-0.05540.0060.10220.0617-0.03020.2643-0.0178-0.02670.1398-0.03140.275947.92252.07313.878
140.1051-0.01880.98550.6263-0.47047.96650.03880.0794-0.1652-0.112-0.08110.09250.16810.57970.04230.23510.0637-0.04440.1643-0.06440.250449.72249.0774.054
152.61481.2512-1.10185.3528-2.55193.1104-0.0588-0.02460.0340.2012-0.188-0.29990.02130.40630.24680.2565-0.0269-0.08090.36310.0750.178562.84918.91262.081
160.9263-0.57571.02891.9614-3.33156.16610.1817-0.08530.08530.099-0.299-0.1056-0.13150.68820.11730.2231-0.0732-0.0750.2216-0.03420.293664.66848.62433.953
170.6312-0.41790.68031.9193-1.37122.34890.054-0.27480.06410.4562-0.1435-0.0776-0.4080.04250.08960.2917-0.1611-0.08530.29380.00470.230261.6248.0544.186
183.73-0.34960.45220.4490.06940.46680.05880.02070.1487-0.0191-0.01760.0546-0.01210.0091-0.04120.24640.0198-0.01890.0702-0.01120.283425.19955.549-6.753
192.49490.16470.03263.8711-0.1975-0.8869-0.0850.1632-0.5135-0.19360.2274-0.56410.0085-0.0358-0.14240.28230.0416-0.06860.1346-0.02880.374723.4440.189-16.533
202.32382.0463-1.24065.2598-3.1783.8166-0.16250.23-0.3281-0.27680.15690.070.0622-0.04740.00560.23550.077-0.07050.1548-0.09490.25786.11434.897-16.272
210.83950.40491.18580.98290.63944.877-0.03740.0382-0.14850.26780.081-0.2854-0.17230.3176-0.04360.2645-0.0273-0.03670.2428-0.01980.267649.93814.68851.271
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 115
2X-RAY DIFFRACTION2A116 - 265
3X-RAY DIFFRACTION3A266 - 387
4X-RAY DIFFRACTION4A550 - 567
5X-RAY DIFFRACTION5A444 - 503
6X-RAY DIFFRACTION6A388 - 443
7X-RAY DIFFRACTION7A504 - 549
8X-RAY DIFFRACTION8A568 - 741
9X-RAY DIFFRACTION9A742 - 765
10X-RAY DIFFRACTION10A766 - 800
11X-RAY DIFFRACTION11B2 - 115
12X-RAY DIFFRACTION12B116 - 265
13X-RAY DIFFRACTION13B266 - 387
14X-RAY DIFFRACTION14B550 - 567
15X-RAY DIFFRACTION15B444 - 503
16X-RAY DIFFRACTION16B388 - 443
17X-RAY DIFFRACTION17B504 - 549
18X-RAY DIFFRACTION18B568 - 741
19X-RAY DIFFRACTION19B742 - 765
20X-RAY DIFFRACTION20B766 - 800
21X-RAY DIFFRACTION21E1 - 18
22X-RAY DIFFRACTION21F14 - 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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