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- PDB-1w73: Binary structure of human DECR solved by SeMet SAD. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w73
タイトルBinary structure of human DECR solved by SeMet SAD.
要素2,4-DIENOYL-COA REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / SHORT CHAIN DEHYDROGENASE / REDUCTASE / SELENOMETHIONINE / SAD / DIENOYL-COA
機能・相同性
機能・相同性情報


2,4-dienoyl-CoA reductase [(3E)-enoyl-CoA-producing] / 2,4-dienoyl-CoA reductase (NADPH) activity / mitochondrial fatty acid beta-oxidation of unsaturated fatty acids / fatty acid beta-oxidation / catalytic complex / NADPH binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / mitochondrial matrix / mitochondrion / nucleoplasm ...2,4-dienoyl-CoA reductase [(3E)-enoyl-CoA-producing] / 2,4-dienoyl-CoA reductase (NADPH) activity / mitochondrial fatty acid beta-oxidation of unsaturated fatty acids / fatty acid beta-oxidation / catalytic complex / NADPH binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / mitochondrial matrix / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2,4-dienoyl-CoA reductase [(3E)-enoyl-CoA-producing], mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Alphey, M.S. / Byres, E. / Hunter, W.N.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structure and Reactivity of Human Mitochondrial 2,4-Dienoyl-Coa Reductase: Enzyme-Ligand Interactions in a Distinctive Short-Chain Reductase Active Site
著者: Alphey, M.S. / Yu, W. / Byres, E. / Li, D. / Hunter, W.N.
履歴
登録2004年8月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2,4-DIENOYL-COA REDUCTASE
B: 2,4-DIENOYL-COA REDUCTASE
C: 2,4-DIENOYL-COA REDUCTASE
D: 2,4-DIENOYL-COA REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,91910
ポリマ－130,7614
非ポリマー3,1586
水9,494527
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)62.948, 131.737, 71.295
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.867767, 0.496932, 0.006203), (0.496961, 0.867604, 0.017109), (0.003121, 0.017929, -0.999834)32.3861, -8.6319, 5.0431
2given(-0.999995, 0.000383, -0.002993), (-0.000317, -0.999761, -0.021848), (-0.003001, -0.021847, 0.999757)31.4596, -11.8316, -0.0933
3given(0.868061, -0.496447, -0.003356), (-0.496453, -0.868062, -0.001355), (-0.002241, 0.002843, -0.999993)-0.86, -3.2922, 5.0787

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要素

#1: タンパク質
2,4-DIENOYL-COA REDUCTASE / 2 / 4-DIENOYL-COA REDUCTASE [NADPH] / 4-ENOYL-COA REDUCTASE [NADPH]


分子量: 32690.238 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / Organelle: MITOCHONDRIA / プラスミド: PLM1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q16698, 2,4-dienoyl-CoA reductase [(2E)-enoyl-CoA-producing]
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 527 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化pH: 7.4 / 詳細: pH 7.40

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9791
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月7日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→70 Å / Num. obs: 67331 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 32.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→70.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 4.795 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.24 / ESU R Free: 0.185 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DISORDERED LOOP (RESIDUES 240 TO 255) HAS BEEN OMITTED IN THE FOUR SUBUNITS. DISORDERED RESIDUES AT THE N- AND C-TERMINI HAVE BEEN OMITTED FROM THE MODEL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 3302 5.16 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.183 61874 96.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.101 Å20 Å20.88 Å2
2---0.952 Å20 Å2
3----2.072 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→70.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8488 0 204 527 9219
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0228925
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2841.98112104
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.73251125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.21403
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026472
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.190.24461
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.26097
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1390.2581
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.230.264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.320.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6351.55607
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2429022
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.24733318
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.594.53082
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.276 200
Rwork0.247 4303

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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