PDB-1w6b: Solution NMR Structure of a Long Neurotoxin from the Venom of the...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1w6b

タイトル

Solution NMR Structure of a Long Neurotoxin from the Venom of the Asian Cobra, 20 Structures

要素

LONG NEUROTOXIN 1

キーワード

TOXIN / VENOM / LONG NEUROTOXIN

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

NAJA OXIANA (コブラ)

手法

溶液NMR / ARIA

データ登録者

Talebzadeh-Farooji, M. / Amininasab, M. / Elmi, M.M. / Naderi-Manesh, H. / Sarbolouki, M.N.

引用

ジャーナル: Eur. J. Biochem. / 年: 2004
タイトル: Solution structure of long neurotoxin NTX-1 from the venom of Naja naja oxiana by 2D-NMR spectroscopy.
著者: Talebzadeh-Farooji, M. / Amininasab, M. / Elmi, M.M. / Naderi-Manesh, H. / Sarbolouki, M.N.

履歴

登録	2004年8月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2004年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年5月9日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / pdbx_nmr_spectrometer / struct Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct.title
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_nmr_software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1w6b.cif.gz	467 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1w6b.ent.gz	395.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1w6b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/1w6b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/1w6b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ntn
類似構造データ	1hji-d 4iye-d 1g6m-d 1cvo-d 2mz6-d 1bxp-d 1nea-d 1ate-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (3) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (3)

登録構造単位

A: LONG NEUROTOXIN 1

8.04 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 900	MININUM ENERGY AND LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル

#1: タンパク質	LONG NEUROTOXIN 1 / NEUROTOXIN I / NTX-1 分子量: 8040.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) NAJA OXIANA (コブラ) / 器官: VENOM GLANDS / 参照: UniProt: P01382
構成要素の詳細	FUNCTION: PRODUCES PERIPHERAL PARALYSIS BY BLOCKING NEUROMUSCULAR TRANSMISSION AT THE POSTSYNAPTIC ...FUNCTION: PRODUCES PERIPHERAL PARALYSIS BY BLOCKING NEUROMUSCULAR TRANSMISSION AT THE POSTSYNAPTIC SITE. BINDS TO MUSCULAR AND NEURONAL (ONLY ALPHA-7 ALPHA-8 ALPHA-9) NICOTINIC ACETYLCHOLINE RECEPTORS
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	TOCSY
1	2	1	COSY
1	3	1	HSQC
1	4	1	NOESY

NMR実験の詳細

Text: NONE

-
試料調製

詳細	内容: 90% WATER/10% D2O
試料状態	pH: 3.2 / 圧: 1.0 atm / 温度: 293.0 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
ARIA	BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS, GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES, PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN	精密化
XEASY		構造決定

精密化

手法: ARIA / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: MININUM ENERGY AND LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 900 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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