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- PDB-1w68: Crystal Structure of Mouse Ribonucleotide Reductase Subunit R2 un... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w68
タイトルCrystal Structure of Mouse Ribonucleotide Reductase Subunit R2 under Oxidizing Conditions. A Fully Occupied Dinuclear Iron Cluster.
要素RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE M2 CHAIN
キーワードREDUCTASE / RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE / DNA REPLICATION / DIIRON OXYGEN PROTEIN / TYROSYL RADICAL / METAL-BINDING / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyribonucleotide metabolic process / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / ribonucleoside diphosphate metabolic process / 2'-deoxyribonucleotide biosynthetic process / ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / protein heterotetramerization / blastocyst development ...deoxyribonucleotide metabolic process / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / ribonucleoside diphosphate metabolic process / 2'-deoxyribonucleotide biosynthetic process / ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / protein heterotetramerization / blastocyst development / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / ferric iron binding / nuclear envelope / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribonucleotide reductase small subunit, acitve site / Ribonucleotide reductase small subunit signature. / Ribonucleotide reductase small subunit / Ribonucleotide reductase small subunit family / Ribonucleotide reductase, small chain / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
MU-OXO-DIIRON / Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit M2
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Karlsen, S. / Strand, K.R. / Kolberg, M. / Rohr, A.K. / Gorbitz, C.H. / Andersson, K.K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Crystal Structural Studies of Changes in the Native Dinuclear Iron Center of Ribonucleotide Reductase Protein R2 from Mouse
著者: Strand, K.R. / Karlsen, S. / Kolberg, M. / Rohr, A.K. / Gorbitz, C.H. / Andersson, K.K.
履歴
登録2004年8月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE M2 CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2772
ポリマ－45,1501
非ポリマー1281
水1,40578
1
A: RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE M2 CHAIN
ヘテロ分子

A: RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE M2 CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,5544
ポリマ－90,2992
非ポリマー2552
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_577x,-y+2,-z+21
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)75.291, 106.523, 91.791
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE M2 CHAIN / RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2 / RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE SMALL CHAIN


分子量: 45149.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PET-3A-M2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS
参照: UniProt: P11157, ribonucleoside-diphosphate reductase
#2: 化合物 ChemComp-FEO / MU-OXO-DIIRON


分子量: 127.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細FUNCTION: PROVIDES THE PRECURSORS NECESSARY FOR DNA SYNTHESIS. CATALYTIC ACTIVITY: 2'- ...FUNCTION: PROVIDES THE PRECURSORS NECESSARY FOR DNA SYNTHESIS. CATALYTIC ACTIVITY: 2'-DEOXYRIBONUCLEOSIDE DIPHOSPHATE + OXIDIZED THIOREDOXIN + H(2)O = RIBONUCLEOSIDE DIPHOSPHATE + REDUCED THIOREDOXIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.13 %
結晶化pH: 6 / 詳細: 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.7, 1.2 M SODIUM CHLORIDE

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM1A / 波長: 0.8728
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8728 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→21.5 Å / Num. obs: 17448 / % possible obs: 87.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 21.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 65.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XSM

1xsm


解像度: 2.2→21.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 974760.97 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 771 4.8 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.214 16096 84.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.4123 Å2 / ksol: 0.370022 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 47.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.47 Å20 Å20 Å2
2---4.84 Å20 Å2
3----8.63 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.27 Å0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→21.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2323 0 3 78 2404
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.67
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.341.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.152
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.192
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.272.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 109 5.1 %
Rwork0.272 2044 -
obs--68.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5FE_O.PARAMFE_O.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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