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万見
- PDB-1w53: Kinase recruitment domain of the stress phosphatase RsbU -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w53
タイトルKinase recruitment domain of the stress phosphatase RsbU
要素PHOSPHOSERINE PHOSPHATASE RSBU
キーワードHYDROLASE / PHOSPHATASE / STRESS / BACILLUS / KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoserine phosphatase / L-phosphoserine phosphatase activity / phosphatase activity / phosphoprotein phosphatase activity
類似検索 - 分子機能
Phosphoserine phosphatase RsbU, N-terminal / Phosphoserine phosphatase RsbU, N-terminal domain / : / KaiA/RbsU domain / KaiA/RbsU helical domain superfamily / Stage II sporulation protein E (SpoIIE) / Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 / Sigma factor PP2C-like phosphatases / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain ...Phosphoserine phosphatase RsbU, N-terminal / Phosphoserine phosphatase RsbU, N-terminal domain / : / KaiA/RbsU domain / KaiA/RbsU helical domain superfamily / Stage II sporulation protein E (SpoIIE) / Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 / Sigma factor PP2C-like phosphatases / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
XENON / Phosphoserine phosphatase RsbU
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Delumeau, O. / Dutta, S. / Brigulla, M. / Kuhnke, G. / Hardwick, S.W. / Voelker, U. / Yudkin, M.D. / Lewis, R.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Functional and Structural Characterization of Rsbu, a Stress Signaling Protein Phosphatase 2C
著者: Delumeau, O. / Dutta, S. / Brigulla, M. / Kuhnke, G. / Hardwicku, S.W. / Voelker, U. / Yudkin, M.D. / Lewis, R.J.
履歴
登録2004年8月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOSERINE PHOSPHATASE RSBU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4024
ポリマ－10,0871
非ポリマー3153
水70339
1
A: PHOSPHOSERINE PHOSPHATASE RSBU
ヘテロ分子

A: PHOSPHOSERINE PHOSPHATASE RSBU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8048
ポリマ－20,1732
非ポリマー6316
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)42.614, 45.303, 77.439
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1087-

XE

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHOSERINE PHOSPHATASE RSBU / RSBU / SIGMA FACTOR SIGB REGULATION PROTEIN


分子量: 10086.598 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-84 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / プラスミド: PET22B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40399
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-XE / XENON / キセノン


分子量: 131.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Xe
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CATALYTIC ACTIVITY: PHOSPHOSERINE + H2O = SERINE + PHOSPHATE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.7 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 12% PEG 6000 100 MM MES.NAOH, PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→31.01 Å / Num. obs: 9645 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.86 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 4.14
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 4.08 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Mean I/σ(I) obs: 3.99 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→28.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 1.784 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 499 4.9 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.199 9638 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.17 Å20 Å20 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3----1.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→28.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数710 0 13 39 762
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.021762
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02714
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6041.9711031
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93331670
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.876589
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2117
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.02804
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0150.02153
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.2174
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2230.2830
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.2430
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2190.228
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1270.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2520.284
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2370.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5331.5439
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2542728
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9233323
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3394.5301
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.65 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.251 23
Rwork0.177 728

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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