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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1w47 | ||||||
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タイトル | P4 protein from Bacteriophage PHI12 in complex with ADP and MN | ||||||
![]() | NTPASE P4 | ||||||
![]() | HYDROLASE / DSRNA VIRUS / PACKAGING ATPASE / HEXAMERIC HELICASE / MOLECULAR MOTOR / NON-HYDROLYSABLE ATP ANALOGUE | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mancini, E.J. / Kainov, D.E. / Grimes, J.M. / Tuma, R. / Bamford, D.H. / Stuart, D.I. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Atomic Snapshots of an RNA Packaging Motor Reveal Conformational Changes Linking ATP Hydrolysis to RNA Translocation 著者: Mancini, E.J. / Kainov, D.E. / Grimes, J.M. / Tuma, R. / Bamford, D.H. / Stuart, D.I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 186.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 147.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 40.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 55.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35150.430 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.2 % 解説: CO-CRYSTALS OF P4-ADP-MN ARE ISOMORPHOUS TO P4-ADP CRYSTALS |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 10% PEG 1500, 100MM SODIUM ACETATE PH 4.8 10 MM ADP 10MM MNCL, PROTEIN CONCENTRATION 10 MG/ML, SITTING DROPS, 22C |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月10日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.74363 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 36738 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 50.316 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 31.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / % possible all: 96 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.5→30 Å / Data cutoff high absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MASK / Bsol: 80 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.759 Å2
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Refine analyze | Luzzati d res low obs: 30 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.6 Å / Total num. of bins used: 8 /
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Xplor file |
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