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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1w44 | ||||||
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タイトル | P4 protein from Bacteriophage PHI12 in complex with ADP | ||||||
要素 | NTPASE P4 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / VIRUS DSRNA / PACKAGING ATPASE / HEXAMERIC HELICASE / MOLECULAR MOTOR / NON-HYDROLYSABLE ATP ANALOGUE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | BACTERIOPHAGE PHI-12 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Mancini, E.J. / Kainov, D.E. / Grimes, J.M. / Tuma, R. / Bamford, D.H. / Stuart, D.I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2004 タイトル: Atomic Snapshots of an RNA Packaging Motor Reveal Conformational Changes Linking ATP Hydrolysis to RNA Translocation 著者: Mancini, E.J. / Kainov, D.E. / Grimes, J.M. / Tuma, R. / Bamford, D.H. / Stuart, D.I. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1w44.cif.gz | 199.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1w44.ent.gz | 159.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1w44.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1w44_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1w44_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1w44_validation.xml.gz | 45 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1w44_validation.cif.gz | 65.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/1w44 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/1w44 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35150.430 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACTERIOPHAGE PHI-12 (ファージ) / プラスミド: PPG27 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q94M05 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.2 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 10% PEG 1500, 100MM SODIUM ACETATE PH 4.8 10MM ADP, PROTEIN CONCENTRATION 10 MG/ML, SITTING DROP, 22C |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.934 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月24日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. obs: 68669 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 24 % / Biso Wilson estimate: 39.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 32 |
反射 シェル | 解像度: 2→20 Å / 冗長度: 15 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 97 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→20 Å / Data cutoff high absF: 10000 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MASK / Bsol: 80 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.5 Å2
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Refine analyze | Luzzati d res low obs: 20 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.09 Å / Total num. of bins used: 8 /
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Xplor file |
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