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万見
- PDB-1w3p: NimA from D. radiodurans with a His71-Pyruvate residue -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w3p
タイトルNimA from D. radiodurans with a His71-Pyruvate residue
要素NIMA-RELATED PROTEIN
キーワードANTIBIOTIC RESISTANCE / DEINOCOCCUS RADIODURANS / 5-NITROIMIDAZOLE RESISTANCE / NIM GENE / CATALYTIC MECHANISM
機能・相同性
機能・相同性情報


Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / PYRUVIC ACID / NimA-related protein
類似検索 - 構成要素
生物種DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Leiros, H.-K.S. / Kozielski-Stuhrmann, S. / Kapp, U. / Terradot, L. / Leonard, G.A. / McSweeney, S.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structural Basis of 5-Nitroimidazole Antibiotic Resistance: The Crystal Structure of Nima from Deinococcus Radiodurans
著者: Leiros, H.-K.S. / Kozielski-Stuhrmann, S. / Kapp, U. / Terradot, L. / Leonard, G.A. / Mcsweeney, S.M.
履歴
登録2004年7月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月2日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12023年12月13日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NIMA-RELATED PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6143
ポリマ－24,4671
非ポリマー1472
水5,278293
1
A: NIMA-RELATED PROTEIN
ヘテロ分子

A: NIMA-RELATED PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2296
ポリマ－48,9342
非ポリマー2944
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)99.940, 38.813, 60.058
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.11, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 NIMA-RELATED PROTEIN / 5-NITROIMIDAZOLE ANTIBIOTIC RESISTANCE PROTEIN


分子量: 24467.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COVALENT LINK BETWEEN HIS71 AND A PYRUVATE ION
由来: (組換発現) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9RW27
#2: 化合物 ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 9530 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0003精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1W3O

1w3o


解像度: 1.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 3.693 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 946 5.1 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.187 17465 93.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.96 Å20 Å21.07 Å2
2--0.24 Å20 Å2
3----0.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1637 0 10 293 1940
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0211672
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021476
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4511.9352276
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8243.0013400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7175202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.66623.01283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.48715252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.5441517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2238
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021887
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02356
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.2289
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1960.21430
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.2778
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.2939
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1780.2195
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1680.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2510.2145
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.150.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1681.51290
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.41121632
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2143776
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0444.5644
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.33 77
Rwork0.291 1321

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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