PDB-1w3e: Ribosomal L30e of Thermococcus celer, P59A mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1w3e

タイトル

Ribosomal L30e of Thermococcus celer, P59A mutant

要素

50S RIBOSOMAL PROTEIN L30E

キーワード

RIBOSOMAL PROTEIN / THERMAL STABLE

機能・相同性

機能・相同性情報

cytosolic large ribosomal subunit / structural constituent of ribosome / translation / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

THERMOCOCCUS CELER (古細菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.77 Å

データ登録者

Ma, H.W. / Lee, C.F. / Allen, M.D. / Bycroft, M. / Wong, K.B.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Role of Proline Residues in Thermostability of T. Celer L30E Protein
著者: Ma, H.W. / Lee, C.F. / Allen, M.D. / Bycroft, M. / Wong, K.B.

履歴

登録	2004年7月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年10月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1w3e.cif.gz	33.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1w3e.ent.gz	21.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1w3e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1w3e_validation.pdf.gz	422.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1w3e_full_validation.pdf.gz	422.7 KB	表示
XML形式データ	1w3e_validation.xml.gz	7 KB	表示
CIF形式データ	1w3e_validation.cif.gz	9.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/1w3e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/1w3e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1h7mS 1go0 1go1 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ra6-d 1w41-d 4occ-2 1w42-d 5trf-4 4owk-5 1crc-1 5c0z-2 1t5k-2 4hbm-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (6) #260 - 2021年8月リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P) 類似性 (2) #10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (2) #121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (2) #266 - 2022年2月オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase) 類似性 (2)

登録構造単位

X: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L30E

11 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	23.194, 53.802, 34.174
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.36, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	50S RIBOSOMAL PROTEIN L30E / RIBOSOMAL L30E / RPL30E / RPL30 分子量: 10955.672 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) THERMOCOCCUS CELER (古細菌) / プラスミド: PET3D / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P29160
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE CHAIN A PRO 59 ALA

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 36 %
結晶化	pH: 7 / 詳細: 10% PEG 6000 0.1M HEPES PH 7.0 20% PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年11月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.77→16.93 Å / Num. obs: 7622 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 24.9
反射シェル	解像度: 1.77→1.86 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Mean I/σ(I) obs: 11.7 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0003	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1H7M

1h7m

解像度: 1.77→32.27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.928 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 2.827 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. SOME ATOMS OF ARG 92 NOT MODELLED BECAUSE NO ELECTRON DENSITY APPARENT AROUND THE RESIDUE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.248	359	4.6 %	RANDOM
R_work	0.19	-	-	-
obs	0.193	7457	99.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.18 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.07 Å²	0 Å²	-0.3 Å²
2-	-	-0.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.77→32.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	747	0	0	87	834

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	753
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	732
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.467	1.979	1014
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.809	3	1691
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.323	5	97
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.841	23.103	29
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.75	15	136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.313	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	117
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	835
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	151
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	131
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.164	0.2	652
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	366
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	463
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.099	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.201	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.118	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.324	1.5	639
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.466	2	770
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.567	3	312
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.607	4.5	244
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.76→1.81 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.324	34
R_work	0.248	536

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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