PDB-1w2w: Crystal structure of yeast Ypr118w, a methylthioribose-1-phosphat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1w2w

タイトル

Crystal structure of yeast Ypr118w, a methylthioribose-1-phosphate isomerase related to regulatory eIF2B subunits

要素

(5-METHYLTHIORIBOSE-1-PHOSPHATE ISOMERASE) x 2

キーワード

ISOMERASE / EIF2B / METHIONINE SALVAGE PATHWAY / TRANSLATION INITIATION / OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

Methionine salvage pathway / S-methyl-5-thioribose-1-phosphate isomerase / S-methyl-5-thioribose-1-phosphate isomerase activity / L-methionine salvage from methylthioadenosine / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Bumann, M. / Djafarzadeh, S. / Oberholzer, A.E. / Bigler, P. / Altmann, M. / Trachsel, H. / Baumann, U.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure of Yeast Ypr118W, a Methylthioribose-1-Phosphate Isomerase Related to Regulatory Eif2B Subunits
著者: Bumann, M. / Djafarzadeh, S. / Oberholzer, A.E. / Bigler, P. / Altmann, M. / Trachsel, H. / Baumann, U.

履歴

登録	2004年7月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2004年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2019年5月8日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_biol / struct_conn Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval ..._exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BD, FD" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1w2w.cif.gz	328 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1w2w.ent.gz	268.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1w2w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/1w2w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/1w2w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3ge3-d 6ixk-d 6i7d-4 3i63-d 5kz8-d 5tdu-d 3eb8-d 1b04-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 5-METHYLTHIORIBOSE-1-PHOSPHATE ISOMERASE

B: 5-METHYLTHIORIBOSE-1-PHOSPHATE ISOMERASE

E: 5-METHYLTHIORIBOSE-1-PHOSPHATE ISOMERASE

F: 5-METHYLTHIORIBOSE-1-PHOSPHATE ISOMERASE

I: 5-METHYLTHIORIBOSE-1-PHOSPHATE ISOMERASE

J: 5-METHYLTHIORIBOSE-1-PHOSPHATE ISOMERASE

M: 5-METHYLTHIORIBOSE-1-PHOSPHATE ISOMERASE

N: 5-METHYLTHIORIBOSE-1-PHOSPHATE ISOMERASE

ヘテロ分子

178 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 5-METHYLTHIORIBOSE-1-PHOSPHATE ISOMERASE

B: 5-METHYLTHIORIBOSE-1-PHOSPHATE ISOMERASE

M: 5-METHYLTHIORIBOSE-1-PHOSPHATE ISOMERASE

N: 5-METHYLTHIORIBOSE-1-PHOSPHATE ISOMERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: 5-METHYLTHIORIBOSE-1-PHOSPHATE ISOMERASE

F: 5-METHYLTHIORIBOSE-1-PHOSPHATE ISOMERASE

I: 5-METHYLTHIORIBOSE-1-PHOSPHATE ISOMERASE

J: 5-METHYLTHIORIBOSE-1-PHOSPHATE ISOMERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.620, 105.450, 263.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	E
3	1	I
1	2	B
2	2	F
3	2	J
4	2	N

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 6

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MSE	MSE	LYS	LYS	A	A	1 - 211	1 - 211
2	1	MSE	MSE	LYS	LYS	E	C	1 - 211	1 - 211
3	1	MSE	MSE	LYS	LYS	I	E	1 - 211	1 - 211
1	2	CYS	CYS	PHE	PHE	B	B	221 - 411	1 - 191
2	2	CYS	CYS	PHE	PHE	F	D	221 - 411	1 - 191
3	2	CYS	CYS	PHE	PHE	J	F	221 - 411	1 - 191
4	2	CYS	CYS	PHE	PHE	N	H	221 - 411	1 - 191

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	5-METHYLTHIORIBOSE-1-PHOSPHATE ISOMERASE 分子量: 23353.072 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 1-211 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) プラスミド: PGEX-6P3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q06489, S-methyl-5-thioribose-1-phosphate isomerase
#2: タンパク質	5-METHYLTHIORIBOSE-1-PHOSPHATE ISOMERASE 分子量: 21031.689 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 221-411 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) プラスミド: PGEX-6P3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q06489, S-methyl-5-thioribose-1-phosphate isomerase
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 922 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.5 %
結晶化	温度: 293 K 詳細: 0.2 M AMMONIUM SULPHATE, 25 % PEG3350, 0.1 M BISTRIS, PH 5.5, 20 DEG C

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9879
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9879 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→40 Å / Num. obs: 169966 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 4.1 / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 1.75→1.87 Å / R_merge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.75→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 1.977 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.198	2208	1.3 %	RANDOM
R_work	0.174	-	-	-
obs	0.174	167734	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.04 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.61 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12408	0	20	922	13350

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	12640
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.218	1.972	17186
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.221	5	1599
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	2063
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	9292
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	6264
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.121	0.2	841
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.466	0.2	106
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.286	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.988	3.5	8003
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.515	3	13060
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.102	4	4637
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.331	5.5	4126
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1625	loose positional	0.36	5
1	2	E	1625	loose positional	0.26	5
1	3	I	1625	loose positional	0.39	5
2	1	B	1479	loose positional	0.34	5
2	2	F	1479	loose positional	0.28	5
2	3	J	1479	loose positional	0.37	5
2	4	N	1479	loose positional	0.31	5
1	1	A	1625	loose thermal	1.93	10
1	2	E	1625	loose thermal	1.82	10
1	3	I	1625	loose thermal	2.85	10
2	1	B	1479	loose thermal	5.07	10
2	2	F	1479	loose thermal	3.46	10
2	3	J	1479	loose thermal	4.6	10
2	4	N	1479	loose thermal	3.89	10

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.79 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.296	150
R_work	0.24	11969

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6727	1.1803	6.5325	4.7342	0.5418	9.3868	-0.1716	0.5159	-0.2156	-0.2146	0.1887	-0.3844	-0.0616	0.622	-0.017	0.1222	-0.012	-0.0169	0.1313	-0.0445	0.1428	25.2476	33.8475	27.2311
2	5.2956	-8.7181	0.9304	8.405	-1.7848	4.2237	-0.2023	0.0019	-0.8332	0.2006	0.0343	0.6931	0.3069	-0.3599	0.1679	0.1193	-0.002	0.0249	0.0629	-0.057	0.2314	33.964	31.7932	-17.4689
3	1.0362	-0.1936	0.0623	0.9658	0.1683	0.7298	0.0007	0.1113	0.04	-0.0838	-0.0144	0.0054	-0.0585	-0.0006	0.0138	0.0208	-0.0068	-0.0012	0.0181	-0.0076	0.0041	6.996	70.3983	-18.5347
4	1.2145	-0.2286	0.5615	1.1284	0.0847	1.2453	-0.0248	-0.06	-0.0123	0.1885	0.0216	-0.0691	0.0221	-0.0196	0.0032	0.0969	0.0154	-0.0139	0.0786	-0.0062	0.0317	52.3071	45.9447	63.8326

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 21
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	22 - 41
3	X-RAY DIFFRACTION	2	E	1 - 21
4	X-RAY DIFFRACTION	2	F	22 - 41
5	X-RAY DIFFRACTION	3	I	1 - 21
6	X-RAY DIFFRACTION	3	J	22 - 411
7	X-RAY DIFFRACTION	4	M	2 - 21
8	X-RAY DIFFRACTION	4	N	22 - 411

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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