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万見
- PDB-1w2u: X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE CATALYTIC DOMAIN OF HUMICOLA GRISE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w2u
タイトルX-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE CATALYTIC DOMAIN OF HUMICOLA GRISEA CEL12A IN COMPLEX WITH A SOAKED THIO CELLOTETRAOSE
要素ENDOGLUCANASE
キーワードHYDROLASE / CELLULASE / CELLULOSE DEGRADATION / ENDOGLUCANASE / GLYCOSYL HYDROLASE / GH FAMILY 12 / HUMICOLA GRISEA CEL12A / LIGAND COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase activity / polysaccharide catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 12 / Glycosyl hydrolase family 12 / Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11/12 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-cellotetraose / Endoglucanase
類似検索 - 構成要素
生物種HUMICOLA GRISEA (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.52 Å
データ登録者Berglund, G.I. / Shaw, A. / Stahlberg, J. / Kenne, L. / Driguez, T.H. / Mitchinson, C. / Sandgren, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal Complex Structures Reveal How Substrate is Bound in the -4 to the +2 Binding Sites of Humicola Grisea Cel12A
著者: Sandgren, M. / Berglund, G.I. / Shaw, A. / Stahlberg, J. / Kenne, L. / Desmet, T. / Mitchinson, C.
履歴
登録2004年7月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年3月11日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other / Polymer sequence
カテゴリ: chem_comp / entity_poly ...chem_comp / entity_poly / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can ..._chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDOGLUCANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8454
ポリマ－25,8891
非ポリマー9573
水4,630257
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)49.345, 49.345, 165.962
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 ENDOGLUCANASE


分子量: 25888.586 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN RESIDUES 31-254 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE CRYSTAL STRUCTURE IS A COMPLEX WITH A SOAKED CELLOPENTAOSE. THE FIFTH GLUCOSE UNIT IS, HOWEVER, NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY
由来: (組換発現) HUMICOLA GRISEA (菌類) / 発現宿主: ASPERGILLUS NIGER (黒麹菌) / 参照: UniProt: Q8NJY3, cellulase
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellotetraose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellotetraose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.6 %
解説: INITIAL MODEL WAS PRODUCED BY RIGID BODY REFINEMENT USING THE APO PROTEIN STRUCTURE PDB ENTRY 1OLR
結晶化pH: 3.1
詳細: CRYSTALS GREW FROM A PROTEIN STOCK SOLUTION CONTAINING 1MG/ML PROTEIN IN 0.05 M BIS TRIS PROPANE AND 0.05 M AMMONIUM ACETATE, PH 8 CRYSTALS WERE CRYOPROTECTED IN UNBUFFERED 50% MME PEG 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→42.26 Å / Num. obs: 32667 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 1.5→1.52 Å / Rmerge(I) obs: 0.316 / Mean I/σ(I) obs: 13.8 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.52→42.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: THE FOLLOWING PROTEIN RESIDUES HAVE BEEN MODELLED IN MULTIPLE CONFORMATIONS: A49 A82 A114 A141 A159 A167 A174 A224. THE FOLLOWING WATERS HAVE BEEN MODELLED IN MULTIPLE CONFORMATIONS:Z1 Z2 Z3 ...詳細: THE FOLLOWING PROTEIN RESIDUES HAVE BEEN MODELLED IN MULTIPLE CONFORMATIONS: A49 A82 A114 A141 A159 A167 A174 A224. THE FOLLOWING WATERS HAVE BEEN MODELLED IN MULTIPLE CONFORMATIONS:Z1 Z2 Z3 Z4 Z5 Z6 Z7 Z8 Z9 Z10. ATOMS WITH MISSING ELECTRON DENSITY ARE ASSIGNED ZERO OCCUPANCY. ATOMS ARE ASSIGNED REDUCED OCCUPANCIES WHEN ELECTRON DENSITY IS WEAK OR ATOMS HAVE PARTIAL OCCUPANCY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.179 1027 3.2 %RANDOM
Rwork0.143 ---
obs0.144 31368 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.29 Å20 Å20 Å2
2--0.29 Å20 Å2
3----0.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.52→42.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1832 0 63 257 2152
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0212015
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021659
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3541.9372758
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.833842
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1165238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2279
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022271
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.02466
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1810.2307
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2790.21941
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1110.2981
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1040.2156
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1740.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3040.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1440.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5951.51145
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.10621844
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.693870
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6164.5911
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.52→1.56 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.178 60
Rwork0.14 2091

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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