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- PDB-1w2q: allergen arah6 from peanut (Arachis hypogaea) -

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IDまたはキーワード:

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w2q
タイトルallergen arah6 from peanut (Arachis hypogaea)
要素CONGLUTIN
キーワードALLERGEN / ALLERGENE
機能・相同性
機能・相同性情報


nutrient reservoir activity / IgE binding
類似検索 - 分子機能
Napin/ 2S seed storage protein/Conglutin / Plant lipid-transfer and hydrophobic proteins / Hydrophobic Seed Protein / Protease inhibitor/seed storage/LTP family / Plant lipid transfer protein / seed storage protein / trypsin-alpha amylase inhibitor domain family / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Conglutin / Conglutin
類似検索 - 構成要素
生物種ARACHIS HYPOGAEA (トウジンマメ)
手法溶液NMR / RESTRAINT MOLECULAR DYNAMICS
データ登録者Lehmann, K. / Schweimer, K. / Roesch, P.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2006
タイトル: Structure and Stability of 2S Albumin-Type Peanut Allergens: Implications for the Severity of Peanut Allergic Reactions.
著者: Lehmann, K. / Schweimer, K. / Reese, G. / Randow, S. / Suhr, M. / Becker, W. / Vieths, S. / Roesch, P.
履歴
登録2004年7月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CONGLUTIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9801
ポリマ－14,9801
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)14 / -LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 CONGLUTIN / ARA H 6


分子量: 14979.747 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 21-144 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ARACHIS HYPOGAEA (トウジンマメ)
組織: SEED / プラスミド: PET32A/ARAH6 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ORIGAMI (DE3) / 参照: UniProt: Q8W251, UniProt: Q647G9*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D-15N NOESY
1213D-13C NOESY
1313D (13C
14115N) HMQC-NOESY-HSQC
1513D HNHA
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING MULTIDIMENSIONAL NMR SPECTROSCOPY ON 13C,15N LABELED ARA H 6

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試料調製

試料状態pH: 7 / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DMXBrukerDMX7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.851BRUNGER精密化
X-PLOR3.8.5.1構造決定
精密化手法: RESTRAINT MOLECULAR DYNAMICS / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
登録したコンフォーマーの数: 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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