PDB-1w29: Lumazine Synthase from Mycobacterium tuberculosis bound to 3-(1,3...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1w29

タイトル

Lumazine Synthase from Mycobacterium tuberculosis bound to 3-(1,3,7- trihydro-9-D-ribityl-2,6,8-purinetrione-7-yl)butane 1-phosphate

要素

6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE

キーワード

TRANSFERASE / RIBOFLAVIN BIOSYNTHESIS / LUMAZINE SYNTHASE / INHIBITOR BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase activity / riboflavin synthase complex / riboflavin biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Morgunova, E. / Meining, W. / Illarionov, B. / Haase, I. / Fischer, M. / Cushman, M. / Bacher, A. / Ladenstein, R.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure of Lumazine Synthase from Mycobacterium Tuberculosis as a Target for Rational Drug Design: Binding Mode of a New Class of Purinetrione Inhibitors(,)
著者: Morgunova, E. / Meining, W. / Illarionov, B. / Haase, I. / Jin, G. / Bacher, A. / Cushman, M. / Fischer, M. / Ladenstein, R.

履歴

登録	2004年7月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2005年3月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2019年4月10日	Group: Data collection / Other / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.4	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1w29.cif.gz	163 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1w29.ent.gz	128.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1w29.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	1w29_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1w29_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	1w29_validation.xml.gz	38.8 KB	表示
CIF形式データ	1w29_validation.cif.gz	52.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/1w29 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/1w29	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1w19C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2c9d-d 1w19-1 2c9b-d 2vi5-d 2g85-1 1ztb-2 6eaf-d 4baj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE

B: 6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE

C: 6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE

D: 6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE

E: 6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE

ヘテロ分子

85.1 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE

B: 6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE

C: 6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE

D: 6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE

E: 6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE

ヘテロ分子

A: 6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE

B: 6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE

C: 6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE

D: 6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE

E: 6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
170 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	131.370, 80.758, 85.965
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 120.18, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質	6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE / RIBOFLAVIN SYNTHASE BETA CHAIN 分子量: 16387.559 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) プラスミド: PNCO-MT-LS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant (発現宿主): XL1-BLUE 参照: UniProt: P71685, UniProt: P9WHE9*PLUS, riboflavin synthase

#1: タンパク質

6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE / RIBOFLAVIN SYNTHASE BETA CHAIN

分子量: 16387.559 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
プラスミド: PNCO-MT-LS / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant (発現宿主): XL1-BLUE
参照: UniProt: P71685, UniProt: P9WHE9*PLUS, riboflavin synthase

-
非ポリマー , 6種, 492分子

#2: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#3: 化合物	ChemComp-TS1 / 4-{2,6,8-TRIOXO-9-[(2R,3S,4R)-2,3,4,5-TETRAHYDROXYPENTYL]-1,2,3,6,8,9-HEXAHYDRO-7H-PURIN-7-YL}BUTYL DIHYDROGEN PHOSPHATE 分子量: 454.326 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₃N₄O₁₁P
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物	ChemComp-TS0 / 4-{2,6,8-TRIOXO-9-[(2S,3R,4R)-2,3,4,5-TETRAHYDROXYPENTYL]-1,2,3,6,8,9-HEXAHYDRO-7H-PURIN-7-YL}BUTYL DIHYDROGEN PHOSPHATE 分子量: 454.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₃N₄O₁₁P
#6: 化合物	ChemComp-D1D / (4S,5S)-1,2-DITHIANE-4,5-DIOL / 1,2-ジチアン-4β,5α-ジオ-ル分子量: 152.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₈O₂S₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 469 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化	pH: 7 詳細: ADA BUFFER PH 6.4, 3.5M POTASSIUM ACETATE,0.5 M DTT,10%MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.85
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年12月6日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: TRIANGULAR MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.85 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→25 Å / Num. obs: 33906 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 8.4
反射シェル	解像度: 2.3→2.33 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / % possible all: 94.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→25.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.864 / SU B: 8.552 / SU ML: 0.205 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.345 / ESU R Free: 0.272 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.268	1697	5 %	RANDOM
R_work	0.174	-	-	-
obs	0.178	32208	97.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.5 Å²	0 Å²	-1.42 Å²
2-	-	0.83 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→25.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5283	0	187	469	5939

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.021	5518
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	5192
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.901	1.992	7543
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.051	3	11975
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.356	5	726
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	943
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	6167
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1001
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.269	0.2	1366
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.241	0.2	6258
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.092	0.2	3572
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.231	0.2	335
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.359	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.346	0.2	149
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.309	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.778	1.5	3632
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.41	2	5796
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.31	3	1886
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.733	4.5	1747
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.315	120
R_work	0.227	2073

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1076	0.2873	-0.5584	1.4126	-0.0897	2.7117	-0.0199	0.1586	-0.1182	-0.1397	0.0432	0.092	0.0511	-0.1032	-0.0233	0.0483	0.0002	-0.0288	0.0566	-0.0445	0.052	-25.1238	-12.9381	13.2254
2	107.598	-13.2887	-210.7279	178.6082	-82.9224	282.9017	-0.1056	1.5991	0.1837	-0.4459	1.336	4.2583	-1.8548	-6.691	-1.2304	0.1885	0.0146	0.007	0.2131	0.0159	0.1998	-35.412	-2.9571	7.5578
3	1.3801	-0.2983	-0.251	1.0457	0.096	2.2178	0.0066	0.157	0.1994	-0.0854	-0.0173	0.0674	-0.2095	-0.0476	0.0108	0.1088	0.0334	-0.0269	0.0764	0.0592	0.0788	-26.4363	10.9926	12.5405
4	206.44	116.9862	232.5811	162.1584	-30.508	286.9192	1.2857	1.3779	-4.653	-0.1506	0.3055	0.366	5.9989	-5.1072	-1.5912	0.2094	-0.0378	-0.0415	0.1963	0.0017	0.2043	-22.8306	26.841	16.9287
5	2.5137	-0.2809	-0.7135	1.2573	0.3825	2.6438	0.0523	0.0932	0.3408	-0.0963	-0.0079	-0.1212	-0.3352	0.0949	-0.0444	0.1324	-0.0474	-0.0186	0.0696	0.0513	0.1372	-7.4525	20.0119	24.5632
6	1.9215	-0.0452	-0.4994	1.8549	0.1677	2.3339	-0.0005	-0.0197	0.0044	-0.0097	0.0061	-0.2063	-0.0628	0.1893	-0.0056	0.0338	-0.0326	-0.021	0.0677	0.0102	0.0857	5.5139	1.2236	32.9081
7	225.0369	131.9838	113.2988	176.6039	-129.5635	153.1876	-0.1762	6.0305	0.6507	-3.4972	1.4136	2.3821	1.7601	1.7505	-1.2374	0.1984	-0.008	-0.014	0.2141	0.0065	0.1896	8.5861	-13.9511	37.1865
8	1.8182	-0.2315	-0.3132	1.4199	-0.3301	2.7693	0.0194	0.063	-0.2139	-0.04	-0.0464	-0.0866	0.1389	0.1946	0.027	0.0282	0.013	0.004	0.032	-0.0264	0.1057	-5.4203	-19.1554	25.847
9	160.5825	149.0856	3.6619	139.7194	165.3524	230.9223	0.0887	-0.6551	-2.7326	2.6402	-1.4996	0.268	5.6364	-1.3924	1.4109	0.2113	-0.0194	0.012	0.1903	-0.0074	0.1962	-17.0851	-27.3077	19.7909
10	524.3267	299.9079	-194.3018	480.8067	-76.245	293.0791	-1.1934	2.0443	2.4168	4.533	1.6786	0.3127	2.3241	1.0686	-0.4852	0.237	-0.0064	-0.0073	0.2462	0.0049	0.2118	7.0902	-27.2275	34.9667
11	14.9047	2.1002	-8.3715	-12.8598	-25.0273	2.1947	0.4907	-0.2233	0.2564	-0.8743	-0.0083	-0.5449	-0.3033	0.3827	-0.4824	0.2573	-0.1333	0.0409	0.1926	-0.0201	0.1224	-22.8134	1.2386	5.3151
12	16.8445	-2.7251	6.7763	-0.6514	-0.6774	-9.2895	-0.8326	0.1666	-0.2129	0.1462	0.2652	-0.164	0.3845	0.0076	0.5674	0.221	-0.0582	0.0651	0.1851	0.0085	0.1396	-11.4881	18.0078	12.5865
13	-22.765	5.1242	15.8361	1.6493	8.4654	-4.5317	0.4178	-0.6335	-0.0615	0.1079	0.381	-0.3713	0.6684	0.9566	-0.7989	0.1548	0.029	0.0399	0.2467	0.0687	0.2242	5.6251	9.983	23.4559
14	-6.8852	-8.9529	6.9342	-3.7653	-2.431	-17.7839	-0.291	0.1061	-0.8971	-0.4592	-0.2787	0.3492	-0.2078	-0.5836	0.5697	0.2149	-0.1052	0.0625	0.2057	0.0257	0.0712	4.6236	-11.7469	22.7728
15	-16.1593	16.4213	-0.6641	2.7191	1.9543	-7.3623	0.2688	0.4896	0.4851	-0.2834	-0.1916	-0.1281	0.3667	-0.3899	-0.0772	0.1284	0.0781	-0.0187	0.3379	0.0406	0.1154	-13.0909	-17.1634	11.3689

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	15 - 160
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	633
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	15 - 160
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	633
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	15 - 160
6	X-RAY DIFFRACTION	6	D	15 - 160
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	633
8	X-RAY DIFFRACTION	8	E	15 - 160
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	1161
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	1165
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	1162
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	1162
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	1161
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	1162
15	X-RAY DIFFRACTION	15	E	1162

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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