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万見
- PDB-1w0v: Crystal Structure Of HLA-B*2705 Complexed With the self-Peptide T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w0v
タイトルCrystal Structure Of HLA-B*2705 Complexed With the self-Peptide TIS from EGF-response factor 1
要素
  • BETA-2-MICROGLOBULIN
  • BUTYRATE RESPONSE FACTOR 2
  • HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC / MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX / HLA- B*2705 / MHC I
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mitotic cell cycle phase transition / regulation of B cell differentiation / somatic stem cell division / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / negative regulation of stem cell differentiation / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding ...negative regulation of mitotic cell cycle phase transition / regulation of B cell differentiation / somatic stem cell division / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / negative regulation of stem cell differentiation / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / definitive hemopoiesis / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / cellular response to glucocorticoid stimulus / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / negative regulation of fat cell differentiation / mRNA catabolic process / TAP binding / hemopoiesis / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / somatic stem cell population maintenance / detection of bacterium / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / ERK1 and ERK2 cascade / regulation of mRNA stability / cellular response to epidermal growth factor stimulus / secretory granule membrane / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / regulation of erythrocyte differentiation / HFE-transferrin receptor complex / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / defense response / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / response to wounding / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / Interferon alpha/beta signaling / Modulation by Mtb of host immune system / cellular response to tumor necrosis factor / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuron projection development / protein-folding chaperone binding / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / adaptive immune response / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / endoplasmic reticulum lumen / ribonucleoprotein complex / Amyloid fiber formation / signaling receptor binding / Golgi membrane / innate immune response
類似検索 - 分子機能
Tis11B-like protein, N-terminal / Tis11B like protein, N terminus / RNA-binding protein ZFP36-like / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus ...Tis11B-like protein, N-terminal / Tis11B like protein, N terminus / RNA-binding protein ZFP36-like / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / mRNA decay activator protein ZFP36L2 / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Hulsmeyer, M. / Fiorillo, M.T. / Bettosini, F. / Sorrentino, R. / Saenger, W. / Ziegler, A. / Uchanska-Ziegler, B.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Thermodynamic and Structural Equivalence of Two Hla-B27 Subtypes Complexed with a Self-Peptide
著者: Hulsmeyer, M. / Welfle, K. / Pohlmann, T. / Misselwitz, R. / Alexiev, U. / Welfle, H. / Saenger, W. / Uchanska-Ziegler, B. / Ziegler, A.
#1: ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2004
タイトル: Dual, Hla-B27 Subtype-Dependent Conformation of a Self-Peptide
著者: Hulsmeyer, M. / Fiorillo, M.T. / Bettosini, F. / Sorrentino, R. / Saenger, W. / Ziegler, A. / Uchanska-Ziegler, B.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Thermodynamic and Structural Analysis of Peptide- and Allele-Dependent Properties of Two Hla-B27 Subtypes Exhibiting Differential Disease Association
著者: Hillig, R.C. / Hulsmeyer, M. / Saenger, W. / Welfle, K. / Misselwitz, R. / Welfle, H. / Kozerski, C. / Volz, A. / Uchanska-Ziegler, B. / Ziegler, A.
履歴
登録2004年6月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN
B: BETA-2-MICROGLOBULIN
C: BUTYRATE RESPONSE FACTOR 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1525
ポリマ－44,9683
非ポリマー1842
水7,566420
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)50.861, 82.488, 109.421
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN / B27 ALPHA CHAIN PRECURSOR / MHC CLASS I ANTIGEN B*27


分子量: 31928.160 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN, RESIDUES 25-300 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P03989, UniProt: P01889*PLUS
#2: タンパク質 BETA-2-MICROGLOBULIN / HDCMA22P


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド BUTYRATE RESPONSE FACTOR 2 / EGF-RESPONSE FACTOR 2 / ERF-2 / TIS11D PROTEIN


分子量: 1160.436 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 479-487 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P47974
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細BETA-2-MICROGLOBULIN IS THE BETA-CHAIN OF MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX CLASS I MOLECULES. ...BETA-2-MICROGLOBULIN IS THE BETA-CHAIN OF MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX CLASS I MOLECULES. BUTYRATE RESPONSE FACTOR 2 REGULATORY PROTEIN INVOLVED IN REGULATING THE RESPONSE TO GROWTH FACTORS.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化pH: 8 / 詳細: 18% PEG8000, 0.1M TRIS PH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.886
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年9月12日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.886 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→29.6 Å / Num. obs: 20780 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.27→2.35 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 88.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
HKLデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JGE

1jge


解像度: 2.27→65.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / SU B: 6.119 / SU ML: 0.156 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.362 / ESU R Free: 0.248 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 1063 5.1 %RANDOM
Rwork0.184 ---
obs0.187 19717 94.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6 Å20 Å20 Å2
2---0.18 Å20 Å2
3---0.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→65.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3171 0 12 420 3603
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0213294
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022844
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.381.9334469
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82236620
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6865382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2458
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023678
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02717
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.190.2564
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2510.23360
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.21931
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.2286
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1880.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3130.274
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1520.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5991.51930
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.11723124
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.83931364
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0244.51345
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.27→2.33 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.331 72
Rwork0.201 1292
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3773-0.02210.04320.12010.01090.03790.00940.02480.0064-0.0035-0.00570.00150.0007-0.0012-0.00370.0227-0.00010.00180.0179-0.00080.005421.072513.216823.6395
20.01770.0173-0.12410.0630.10110.96030.00830.006-0.00710.0135-0.0128-0.0071-0.0223-0.00180.00450.01890.0048-0.00390.0195-0.00270.0118-0.066415.496252.265
30.43370.2018-0.14870.316-0.14270.3928-0.0075-0.0127-0.02140.00810.0034-0.0062-0.0013-0.00830.00410.02140.00740.00360.002700.011510.3201-2.161743.7608
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 180
2X-RAY DIFFRACTION1C1 - 9
3X-RAY DIFFRACTION2A181 - 276
4X-RAY DIFFRACTION3B1 - 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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