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万見
- PDB-1w0c: Inhibition of Leishmania major pteridine reductase (PTR1) by 2,4,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w0c
タイトルInhibition of Leishmania major pteridine reductase (PTR1) by 2,4,6-triaminoquinazoline; structure of the NADP ternary complex.
要素PTERIDINE REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / ENZYME INHIBITOR / PTERIN / SHORT-CHAIN REDUCTASE / LEISHMANIA / METHOTREXATE / TRYPANOSOMA / NADP / METHOTREXATE RESISTANCE
機能・相同性
機能・相同性情報


pteridine reductase / 6,7-dihydropteridine reductase activity / pteridine reductase activity / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / response to methotrexate / oxidoreductase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pteridine reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2,4,6-TRIAMINOQUINAZOLINE / Pteridine reductase 1
類似検索 - 構成要素
生物種LEISHMANIA MAJOR (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Mcluskey, K. / Gibellini, F. / Carvalho, P. / Avery, M. / Hunter, W.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Inhibition of Leishmania Major Pteridine Reductase by 2,4,6-Triaminoquinazoline: Structure of the Nadph Ternary Complex
著者: Mcluskey, K. / Gibellini, F. / Carvalho, P. / Avery, M. / Hunter, W.
履歴
登録2004年6月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PTERIDINE REDUCTASE
B: PTERIDINE REDUCTASE
C: PTERIDINE REDUCTASE
D: PTERIDINE REDUCTASE
E: PTERIDINE REDUCTASE
F: PTERIDINE REDUCTASE
G: PTERIDINE REDUCTASE
H: PTERIDINE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)268,70025
ポリマ－261,1768
非ポリマー7,52417
水20,1231117
1
A: PTERIDINE REDUCTASE
B: PTERIDINE REDUCTASE
C: PTERIDINE REDUCTASE
D: PTERIDINE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,43713
ポリマ－130,5884
非ポリマー3,8509
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
E: PTERIDINE REDUCTASE
F: PTERIDINE REDUCTASE
G: PTERIDINE REDUCTASE
H: PTERIDINE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,26212
ポリマ－130,5884
非ポリマー3,6748
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)95.851, 102.945, 146.707
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.32, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-1, 0.00046, 0.00029), (0.00046, 1, -0.00287), (-0.00029, -0.00287, -1)
ベクター: 1.50039, 0.00254, 1.50101)

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要素

#1: タンパク質
PTERIDINE REDUCTASE / H REGION METHOTREXATE RESISTANCE PROTEIN


分子量: 32646.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CONTAINS INHIBITOR TAQ
由来: (組換発現) LEISHMANIA MAJOR (大形リーシュマニア)
株: B834 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q01782, pteridine reductase
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-TAQ / 2,4,6-TRIAMINOQUINAZOLINE


分子量: 175.191 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H9N5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細5,6,7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN + 2NADP+ => BIOPTERIN + 2NADPH.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化pH: 5.4
詳細: 11-14% PEG 5000, 100 MM NAAC PH 5.5 AND 40-140 MM CAAC.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月15日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL, SI(111) OR SI(311)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→30 Å / Num. obs: 59475 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.406 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 85.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E92

1e92


解像度: 2.6→30 Å / SU B: 15.271 / SU ML: 0.331 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 2.3 / ESU R Free: 0.455
詳細: THE C-CENTRED ORTHORHOMBIC SPACE GROUP C222 WAS ALSO CONSIDERED BUT THE DATA DID NOT SCALE IN THIS SPACE GROUP.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.337 4162 5 %RANDOM
Rwork0.267 ---
obs-83228 91 %-
原子変位パラメータBiso mean: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.56 Å20 Å20.256 Å2
2---0.327 Å20 Å2
3---1.048 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15840 0 501 1117 17458

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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