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万見
- PDB-1vzo: The structure of the N-terminal kinase domain of MSK1 reveals a n... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vzo
タイトルThe structure of the N-terminal kinase domain of MSK1 reveals a novel autoinhibitory conformation for a dual kinase protein
要素RIBOSOMAL PROTEIN S6 KINASE ALPHA 5
キーワードTRANSFERASE / PROTEIN KINASE / PHOSPHORYLATION / SERINE/THREONINE PROTEIN KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of CREB transcription factor activity / CREB phosphorylation / TORC1 signaling / regulation of postsynapse organization / interleukin-1-mediated signaling pathway / negative regulation of cytokine production / ERK/MAPK targets / Recycling pathway of L1 / NCAM signaling for neurite out-growth / CD209 (DC-SIGN) signaling ...positive regulation of CREB transcription factor activity / CREB phosphorylation / TORC1 signaling / regulation of postsynapse organization / interleukin-1-mediated signaling pathway / negative regulation of cytokine production / ERK/MAPK targets / Recycling pathway of L1 / NCAM signaling for neurite out-growth / CD209 (DC-SIGN) signaling / post-translational protein modification / axon guidance / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / protein tyrosine kinase activity / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / inflammatory response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S6 kinase II / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 ...Ribosomal protein S6 kinase II / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Ribosomal protein S6 kinase alpha-5
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Smith, K.J. / Carter, P.S. / Bridges, A. / Horrocks, P. / Lewis, C. / Pettman, G. / Clarke, A. / Brown, M. / Hughes, J. / Wilkinson, M. ...Smith, K.J. / Carter, P.S. / Bridges, A. / Horrocks, P. / Lewis, C. / Pettman, G. / Clarke, A. / Brown, M. / Hughes, J. / Wilkinson, M. / Bax, B. / Reith, A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: The Structure of Msk1 Reveals a Novel Autoinhibitory Conformation for a Dual Kinase Protein
著者: Smith, K.J. / Carter, P.S. / Bridges, A. / Horrocks, P. / Lewis, C. / Pettman, G. / Clarke, A. / Brown, M. / Hughes, J. / Wilkinson, M. / Bax, B. / Reith, A.
履歴
登録2004年5月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBOSOMAL PROTEIN S6 KINASE ALPHA 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0893
ポリマ－39,9141
非ポリマー1742
水3,279182
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)66.629, 73.772, 89.118
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN S6 KINASE ALPHA 5 / NUCLEAR MITOGEN-AND-STRESS-ACTIVATED KINASE-1 / MSK1 / RSK-LIKE PROTEIN KINASE / 90 KDA RIBOSOMAL ...NUCLEAR MITOGEN-AND-STRESS-ACTIVATED KINASE-1 / MSK1 / RSK-LIKE PROTEIN KINASE / 90 KDA RIBOSOMAL PROTEIN S6 KINASE 5 / RLSK


分子量: 39914.375 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL KINASE DOMAIN, RESIDUES 1-350 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: A COVALENT B-MERCAPTOETHANOL ADDUCT INCLUDED ON CYSTINE A 304
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: BACMID / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O75582, EC: 2.7.1.37
#2: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細SERINE/THREONINE KINASE THAT MAY PLAY A ROLE IN MEDIATING THE GROWTH-FACTOR AND STRESS INDUCED ...SERINE/THREONINE KINASE THAT MAY PLAY A ROLE IN MEDIATING THE GROWTH-FACTOR AND STRESS INDUCED ACTIVATION OF THE TRANSCRIPTION FACTOR CREB. ESSENTIAL ROLE IN THE CONTROL OF RELA TRANSCRIPTIONAL ACTIVITY IN RESPONSE TO TNF. ENGINEERED MUTATION SER 212 ASP, CHAIN A
配列の詳細SERINE 212 MUTATED TO ASPARTIC ACID

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.17 %
解説: SOME DATA WERE EXCLUDED BECAUSE OF ICE-RINGS WHICH AFFECTED REFINEMENT
結晶化pH: 9.5 / 詳細: 2.0M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M TRIS PH8.5, pH 9.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.9326
検出器日付: 2001年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9326 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→25 Å / Num. obs: 34183 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 23.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.307 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ATP

1atp


解像度: 1.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 3.01 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 3400 10 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs-30768 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.53 Å20 Å20 Å2
2--0.5 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2532 0 9 182 2723
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0212632
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4091.9653556
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.515324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2405
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021934
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.21073
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2040.2178
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2170.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0950.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.29731609
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.97362594
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.54661023
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.9338962
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.286 291
Rwork0.238 2624

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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