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万見
- PDB-1vzi: Structure of superoxide reductase bound to ferrocyanide and activ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vzi
タイトルStructure of superoxide reductase bound to ferrocyanide and active site expansion upon X-ray induced photoreduction
要素DESULFOFERRODOXIN
キーワードOXIDOREDUCTASE / FERROCYANIDE / MICROSPECTROPHOTOMETRY / REDOX STATES / PHOTOREDUCTION / DINUCLEAR IRON CLUSTER / ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide reductase / superoxide reductase activity / removal of superoxide radicals / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Desulphoferrodoxin, N-terminal domain / Desulfoferrodoxin / Desulfoferrodoxin, N-terminal domain / Desulfoferrodoxin, N-terminal domain superfamily / Desulfoferrodoxin, N-terminal domain / : / SOR catalytic domain / Desulfoferrodoxin, ferrous iron-binding domain / Desulfoferrodoxin, ferrous iron-binding domain superfamily / Desulfoferrodoxin ...Desulphoferrodoxin, N-terminal domain / Desulfoferrodoxin / Desulfoferrodoxin, N-terminal domain / Desulfoferrodoxin, N-terminal domain superfamily / Desulfoferrodoxin, N-terminal domain / : / SOR catalytic domain / Desulfoferrodoxin, ferrous iron-binding domain / Desulfoferrodoxin, ferrous iron-binding domain superfamily / Desulfoferrodoxin / Rubrerythrin, domain 2 / Single Sheet / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Desulfoferrodoxin
類似検索 - 構成要素
生物種DESULFOVIBRIO BAARSII (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Adam, V. / Royant, A. / Niviere, V. / Molina-Heredia, F.P. / Bourgeois, D.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: Structure of superoxide reductase bound to ferrocyanide and active site expansion upon X-ray-induced photo-reduction.
著者: Adam, V. / Royant, A. / Niviere, V. / Molina-Heredia, F.P. / Bourgeois, D.
履歴
登録2004年5月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月2日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年2月28日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.42019年5月22日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_ls_cross_valid_method
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DESULFOFERRODOXIN
B: DESULFOFERRODOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,68212
ポリマ－28,2372
非ポリマー44510
水9,332518
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)123.608, 123.608, 73.016
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2063-

HOH

21A-2109-

HOH

31A-2219-

HOH

41B-2121-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 DESULFOFERRODOXIN / SUPEROXIDE REDUCTASE / DFX / SOR


分子量: 14118.362 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DESULFOVIBRIO BAARSII (バクテリア)
プラスミド: PMLE47A / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) / 参照: UniProt: Q46495, superoxide reductase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 518 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細NON-HEME IRON PROTEIN. CATALYSES SUPEROXIDE ANION + 2 H(+) = H(2)O(2). COFACTOR: BINDS 1 ...NON-HEME IRON PROTEIN. CATALYSES SUPEROXIDE ANION + 2 H(+) = H(2)O(2). COFACTOR: BINDS 1 DESULFOFERRODOXIN-LIKE FES(4) SITE AND 1 ENGINEERED MUTATION GLU 47 TO ALA, CHAINS A AND B

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 %
結晶化pH: 8 / 詳細: 18% PEG 4000, 100 MM TRIS PH 8.0, 100 MM CACL2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.923
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月23日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DIAMOND 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→45 Å / Num. obs: 93621 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェルRmerge(I) obs: 0.41 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.15→45 Å / Num. parameters: 22352 / Num. restraintsaints: 0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF). CHLORIDE ION IN ACTIVE SITE II (MONOMER B) IS MODELED IN DUAL CONFORMATIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
all0.1427 98585 --
obs--99.1 %-
Rfree---RANDOM
Refine analyzeNum. disordered residues: 1 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 2480.25
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1956 0 10 518 2484
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.034
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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