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万見
- PDB-1vyj: Structural and biochemical studies of human PCNA complexes provid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vyj
タイトルStructural and biochemical studies of human PCNA complexes provide the basis for association with CDK/cyclin and rationale for inhibitor design
要素
  • PROLIFERATING CELL NUCLEAR ANTIGEN
  • SMALL PEPTIDE SAVLQKKITDYFHPKK
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA / REPLICATION / PROCESSIVITY / ONCOGENE / DNA-BINDING PROTEIN / DNA REPLICATION / DNA-BINDING SYSTEMIC LUPUS ERYTHEMATOSUS
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of deoxyribonuclease activity / dinucleotide insertion or deletion binding / PCNA-p21 complex / mitotic telomere maintenance via semi-conservative replication / purine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / MutLalpha complex binding / positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity / nuclear lamina / Polymerase switching / Telomere C-strand (Lagging Strand) Synthesis ...positive regulation of deoxyribonuclease activity / dinucleotide insertion or deletion binding / PCNA-p21 complex / mitotic telomere maintenance via semi-conservative replication / purine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / MutLalpha complex binding / positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity / nuclear lamina / Polymerase switching / Telomere C-strand (Lagging Strand) Synthesis / Processive synthesis on the lagging strand / PCNA complex / Removal of the Flap Intermediate / Processive synthesis on the C-strand of the telomere / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / replisome / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / response to L-glutamate / histone acetyltransferase binding / leading strand elongation / DNA polymerase processivity factor activity / G1/S-Specific Transcription / response to dexamethasone / replication fork processing / nuclear replication fork / SUMOylation of DNA replication proteins / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / estrous cycle / mismatch repair / translesion synthesis / response to cadmium ion / DNA polymerase binding / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / epithelial cell differentiation / base-excision repair, gap-filling / positive regulation of DNA repair / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / Translesion synthesis by POLI / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / positive regulation of DNA replication / male germ cell nucleus / replication fork / nuclear estrogen receptor binding / liver regeneration / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Termination of translesion DNA synthesis / Translesion Synthesis by POLH / HDR through Homologous Recombination (HRR) / Dual Incision in GG-NER / receptor tyrosine kinase binding / cellular response to hydrogen peroxide / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / cellular response to UV / cellular response to xenobiotic stimulus / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / response to estradiol / heart development / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / nuclear body / centrosome / chromatin binding / protein-containing complex binding / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain ...Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / : / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Proliferating cell nuclear antigen
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kontopidis, G. / Wu, S. / Zheleva, D. / Taylor, P. / Mcinnes, C. / Lane, D. / Fischer, P. / Walkinshaw, M.D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: Structural and Biochemical Studies of Human Proliferating Cell Nuclear Antigen Complexes Provide a Rationale for Cyclin Association and Inhibitor Design
著者: Kontopidis, G. / Wu, S. / Zheleva, D. / Taylor, P. / Mcinnes, C. / Lane, D. / Fischer, P. / Walkinshaw, M.D.
履歴
登録2004年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROLIFERATING CELL NUCLEAR ANTIGEN
B: SMALL PEPTIDE SAVLQKKITDYFHPKK
C: PROLIFERATING CELL NUCLEAR ANTIGEN
D: SMALL PEPTIDE SAVLQKKITDYFHPKK
E: PROLIFERATING CELL NUCLEAR ANTIGEN
F: SMALL PEPTIDE SAVLQKKITDYFHPKK
G: PROLIFERATING CELL NUCLEAR ANTIGEN
H: SMALL PEPTIDE SAVLQKKITDYFHPKK
I: PROLIFERATING CELL NUCLEAR ANTIGEN
J: SMALL PEPTIDE SAVLQKKITDYFHPKK
K: PROLIFERATING CELL NUCLEAR ANTIGEN
L: SMALL PEPTIDE SAVLQKKITDYFHPKK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,22412
ポリマ－184,22412
非ポリマー00
水5,765320
1
A: PROLIFERATING CELL NUCLEAR ANTIGEN
B: SMALL PEPTIDE SAVLQKKITDYFHPKK
C: PROLIFERATING CELL NUCLEAR ANTIGEN
D: SMALL PEPTIDE SAVLQKKITDYFHPKK
E: PROLIFERATING CELL NUCLEAR ANTIGEN
F: SMALL PEPTIDE SAVLQKKITDYFHPKK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,1126
ポリマ－92,1126
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
G: PROLIFERATING CELL NUCLEAR ANTIGEN
H: SMALL PEPTIDE SAVLQKKITDYFHPKK
I: PROLIFERATING CELL NUCLEAR ANTIGEN
J: SMALL PEPTIDE SAVLQKKITDYFHPKK
K: PROLIFERATING CELL NUCLEAR ANTIGEN
L: SMALL PEPTIDE SAVLQKKITDYFHPKK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,1126
ポリマ－92,1126
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)119.101, 119.101, 305.817
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質
PROLIFERATING CELL NUCLEAR ANTIGEN / PCNA / CYCLIN


分子量: 28795.752 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P12004
#2: タンパク質・ペプチド
SMALL PEPTIDE SAVLQKKITDYFHPKK


分子量: 1908.266 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THIS PROTEIN IS AN AUXILIARY PROTEIN OF DNA POLYMERASE DELTA IS INVOLVED IN THE CONTROL OF ...THIS PROTEIN IS AN AUXILIARY PROTEIN OF DNA POLYMERASE DELTA IS INVOLVED IN THE CONTROL OF EUKARYOTIC DNA REPLICATION BY INCREASING THE POLYMERASE'S PROCESSIBILITY DURING ELONGATION OF THE LEADING STRAND.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.7 %
結晶化pH: 8 / 詳細: 2.7M AS, HEPES PH8, pH 8.00

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.8456
検出器日付: 2001年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8456 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 62908 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AXC

1axc


解像度: 2.8→14 Å / SU B: 13.2 / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.647 / ESU R Free: 0.338
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 1917 3.1 %RANDOM
Rwork0.17644 ---
obs0.17897 60068 99.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 54.299 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12712 0 0 320 13032

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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