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- PDB-1vyh: PAF-AH Holoenzyme: Lis1/Alfa2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vyh
タイトルPAF-AH Holoenzyme: Lis1/Alfa2
要素
  • PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB ALPHA SUBUNIT
  • PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB BETA SUBUNIT
キーワードHYDROLASE / LISSENCEPHALY / ACETYLHYDROLASE / PLATELET ACTIVACTING FACTOR / REGULATOR OF CYTOPLASMIC DYNEIN / CELL DIVISION / MITOSIS / NEUROGENESIS / CYTOSKELETON
機能・相同性
機能・相同性情報


platelet-activating factor acetyltransferase activity / microtubule cytoskeleton organization involved in establishment of planar polarity / ameboidal-type cell migration / establishment of planar polarity of embryonic epithelium / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase complex / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / corpus callosum morphogenesis / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase / maintenance of centrosome location / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase activity ...platelet-activating factor acetyltransferase activity / microtubule cytoskeleton organization involved in establishment of planar polarity / ameboidal-type cell migration / establishment of planar polarity of embryonic epithelium / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase complex / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / corpus callosum morphogenesis / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase / maintenance of centrosome location / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase activity / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / radial glia-guided pyramidal neuron migration / acrosome assembly / central region of growth cone / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / cerebral cortex neuron differentiation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / positive regulation of cellular component organization / establishment of centrosome localization / microtubule sliding / positive regulation of cytokine-mediated signaling pathway / RHO GTPases Activate Formins / positive regulation of embryonic development / Separation of Sister Chromatids / microtubule organizing center organization / interneuron migration / layer formation in cerebral cortex / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / astral microtubule / auditory receptor cell development / nuclear membrane disassembly / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / cortical microtubule organization / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / reelin-mediated signaling pathway / myeloid leukocyte migration / osteoclast development / stereocilium / brain morphogenesis / vesicle transport along microtubule / regulation of postsynapse organization / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / retrograde axonal transport / kinesin complex / negative regulation of JNK cascade / Neutrophil degranulation / microtubule associated complex / motile cilium / neuromuscular process controlling balance / stem cell division / nuclear migration / cell leading edge / dynein intermediate chain binding / transmission of nerve impulse / dynein complex binding / establishment of mitotic spindle orientation / protein secretion / positive regulation of macroautophagy / cochlea development / neuroblast proliferation / positive regulation of axon extension / lipid catabolic process / JNK cascade / axon cytoplasm / positive regulation of mitotic cell cycle / regulation of microtubule cytoskeleton organization / adult locomotory behavior / hippocampus development / phosphoprotein binding / establishment of localization in cell / cerebral cortex development / brain development / modulation of chemical synaptic transmission / kinetochore / lipid metabolic process / microtubule cytoskeleton organization / Schaffer collateral - CA1 synapse / fibrillar center / neuron migration / nuclear envelope / cell migration / negative regulation of neuron projection development / microtubule cytoskeleton / actin cytoskeleton organization / secretory granule lumen / cell cortex / spermatogenesis / nuclear membrane / microtubule binding / vesicle / chemical synaptic transmission / ficolin-1-rich granule lumen / learning or memory / protein heterodimerization activity
類似検索 - 分子機能
LisH / : / : / PAC1 LisH domain / Dynein regulator LIS1 / LIS1, N-terminal / SGNH hydrolase / SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / Lissencephaly type-1-like homology motif ...LisH / : / : / PAC1 LisH domain / Dynein regulator LIS1 / LIS1, N-terminal / SGNH hydrolase / SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / Lissencephaly type-1-like homology motif / SGNH hydrolase superfamily / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Platelet-activating factor acetylhydrolase IB subunit beta / Platelet-activating factor acetylhydrolase IB subunit alpha2 / Platelet-activating factor acetylhydrolase IB subunit alpha2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Tarricone, C. / Perrina, F. / Monzani, S. / Massimiliano, L. / Knapp, S. / Tsai, L.-H. / Derewenda, Z.S. / Musacchio, A.
引用ジャーナル: Neuron / 年: 2004
タイトル: Coupling Paf Signaling to Dynein Regulation: Structure of Lis1 in Complex with Paf-Acetylhydrolase.
著者: Tarricone, C. / Perrina, F. / Monzani, S. / Massimiliano, L. / Kim, M.H. / Derewenda, Z.S. / Knapp, S. / Tsai, L.-H. / Musacchio, A.
履歴
登録2004年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB BETA SUBUNIT
B: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB BETA SUBUNIT
C: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB ALPHA SUBUNIT
D: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB ALPHA SUBUNIT
E: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB BETA SUBUNIT
F: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB BETA SUBUNIT
G: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB ALPHA SUBUNIT
H: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB ALPHA SUBUNIT
I: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB BETA SUBUNIT
J: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB BETA SUBUNIT
K: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB ALPHA SUBUNIT
L: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB ALPHA SUBUNIT
M: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB BETA SUBUNIT
N: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB BETA SUBUNIT
O: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB ALPHA SUBUNIT
P: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB ALPHA SUBUNIT
Q: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB BETA SUBUNIT
R: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB BETA SUBUNIT
S: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB ALPHA SUBUNIT
T: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB ALPHA SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)723,86420
ポリマ－723,86420
非ポリマー00
水00
1
A: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB BETA SUBUNIT
B: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB BETA SUBUNIT
C: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB ALPHA SUBUNIT
D: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB ALPHA SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,7734
ポリマ－144,7734
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
E: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB BETA SUBUNIT
F: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB BETA SUBUNIT
G: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB ALPHA SUBUNIT
H: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB ALPHA SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,7734
ポリマ－144,7734
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
I: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB BETA SUBUNIT
J: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB BETA SUBUNIT
K: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB ALPHA SUBUNIT
L: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB ALPHA SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,7734
ポリマ－144,7734
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
M: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB BETA SUBUNIT
N: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB BETA SUBUNIT
O: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB ALPHA SUBUNIT
P: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB ALPHA SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,7734
ポリマ－144,7734
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
5
Q: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB BETA SUBUNIT
R: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB BETA SUBUNIT
S: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB ALPHA SUBUNIT
T: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB ALPHA SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,7734
ポリマ－144,7734
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)205.770, 101.220, 246.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB BETA SUBUNIT / PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE / PAF ACETYLHYDROLASE 30 KDA SUBUNIT / PAF-AH 30 KDA ...PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE / PAF ACETYLHYDROLASE 30 KDA SUBUNIT / PAF-AH 30 KDA SUBUNIT / PAF-AH BETA SUBUNIT / PAFAH BETA SUBUNIT


分子量: 25600.264 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX6P1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q29459, UniProt: P68402*PLUS, 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase
#2: タンパク質
PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB ALPHA SUBUNIT / PAF ACETYLHYDROLASE 45 KDA SUBUNIT / PAF-AH 45 KDA SUBUNIT / PAF-AH ALPHA / PAFAH ALPHA / ...PAF ACETYLHYDROLASE 45 KDA SUBUNIT / PAF-AH 45 KDA SUBUNIT / PAF-AH ALPHA / PAFAH ALPHA / LISSENCEPHALY-1 PROTEIN / LIS-1 / PAF-AH 45 KD SUBUNIT


分子量: 46786.133 Da / 分子数: 10 / Fragment: C-TERM BETA-PROPELLER, RESIDUES 1-229 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 器官: BRAIN / プラスミド: PFASTBAC-HTB
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P63005
構成要素の詳細CATALYTIC ACTIVITY: 2-ACETYL-1-ALKYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE + THE CATALYTIC ACTIVITY OF THE ...CATALYTIC ACTIVITY: 2-ACETYL-1-ALKYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE + THE CATALYTIC ACTIVITY OF THE ENZYME RESIDES IN THE BETA AND GAMMA SUBUNITS, WHEREAS THE ALPHA SUBUNIT HAS REGULATORY ACTIVITY. SUBUNIT: CYTOSOLIC PAF-AH IB IS FORMED OF THREE SUBUNITS OF 45 KDA (ALPHA), 30 KDA (BETA) AND 29 KDA (GAMMA). THE CATALYTIC ACTIVITY OF THE ENZYME RESIDES IN THE BETA AND GAMMA SUBUNITS, WHEREAS THE ALPHA SUBUNIT HAS REGULATORY ACTIVITY. TRIMER FORMATION IS NOT ESSENTIAL FOR THE CATALYTIC ACTIVITY. INTERACTS WITH DYNEIN AND DYNACTIN. INTERACTS WITH RSN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.92 % / 解説: 10 TRANSLATIONS WERE PERFORMED ON THE SAME CRYSTAL
結晶化pH: 8.5 / 詳細: 16% PEG8K 0.2M KSCN, pH 8.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9756
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9756 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.391→30 Å / Num. obs: 139752 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.096
反射 シェル解像度: 3.39→3.52 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FXW

1fxw


解像度: 3.4→200 Å / SU B: 31.44 / SU ML: 0.523 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.608
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.307 5399 4 %RANDOM
Rwork0.264 ---
obs0.265 129042 96.97 %-
原子変位パラメータBiso mean: 17.425 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.28 Å20 Å2-2.58 Å2
2--3.25 Å20 Å2
3----1.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→200 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数41590 0 0 0 41590

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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