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万見
- PDB-1vvd: C-TERMINAL HALF OF VACCINIA VIRUS COMPLEMENT CONTROL PROTEIN, NMR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vvd
タイトルC-TERMINAL HALF OF VACCINIA VIRUS COMPLEMENT CONTROL PROTEIN, NMR, 21 STRUCTURES
要素VACCINIA VIRUS COMPLEMENT CONTROL PROTEIN
キーワードCOMPLEMENT INHIBITOR / COMPLEMENT MODULE / SCR / SUSHI DOMAIN / MODULE PAIR
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host complement activation / negative regulation of complement activation / complement binding / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Complement control protein C3/B5 / : / Complement Module, domain 1 / Complement Module; domain 1 / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement control protein C3
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccinia virus (ウイルス)
手法溶液NMR / SIMULATE ANNEALING
データ登録者Wiles, A. / Campbell, I.D. / Barlow, P.N.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: NMR studies of a viral protein that mimics the regulators of complement activation.
著者: Wiles, A.P. / Shaw, G. / Bright, J. / Perczel, A. / Campbell, I.D. / Barlow, P.N.
履歴
登録1997年6月25日処理サイト: BNL
改定 1.01997年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VACCINIA VIRUS COMPLEMENT CONTROL PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8021
ポリマ－12,8021
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 50< 2 NOE VIOLATIONS > 0.5 A; NO DIHEDRAL ANGLE VIOLATIONS > 5 DEGREES
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 VACCINIA VIRUS COMPLEMENT CONTROL PROTEIN / SP35 / VCP / VACCINIA VIRUS SP35


分子量: 12802.139 Da / 分子数: 1 / 断片: MODULES 3 AND 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vaccinia virus (ウイルス) / 属: Orthopoxvirus / 遺伝子: C21L / プラスミド: PPIC9 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / Variant (発現宿主): HIS4 / 参照: UniProt: P68638
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N
1211H-NOESY HSQC
13115N
1411H-TOCSY HSQC
151DQF-COSY
161NOESY
171HOHAHA

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試料調製

試料状態pH: 4 / 温度: 310 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: HOME BUILT/GE home built / 製造業者: HOME BUILT/GE / モデル: home built / 磁場強度: 750 MHz

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.84モデル構築
X-PLOR3.84精密化
X-PLOR3.84位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.84BRUNGER精密化
X-PLOR構造決定
精密化手法: SIMULATE ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: < 2 NOE VIOLATIONS > 0.5 A; NO DIHEDRAL ANGLE VIOLATIONS > 5 DEGREES
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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