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- PDB-1vtq: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF YEAST T-RNA-ASP. I. STRUCTURE DETE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vtq
タイトルTHREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF YEAST T-RNA-ASP. I. STRUCTURE DETERMINATION
要素T-RNA-ASP
キーワードRNA / T-RNA / SINGLE STRAND / LOOPS
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Comarmond, M.B. / Giege, R. / Thierry, J.C. / Moras, D. / Fischer, J.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1986
タイトル: Three-Dimensional Structure of Yeast T-RNA-ASP. I. Structure Determination
著者: Comarmond, M.B. / Giege, R. / Thierry, J.C. / Moras, D. / Fischer, J.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1986
タイトル: Anticodon-Anticodon Interaction Induces Conformational Changes in T-RNA. Yeast T-RNA-ASP II, a Model for T-RNA-M-RNA Recognition
著者: Moras, D. / Dock, A.-C. / Dumas, P. / Westhof, E. / Romby, P. / Ebel, J.-P. / Giege, R.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1985
タイトル: Crystallographic Refinement of Yeast Aspartic Acid Transfer RNA
著者: Westhof, E. / Dumas, P. / Moras, D.
#3: ジャーナル: Biochimie / 年: 1985
タイトル: Crystal Structure of Yeast T-RNA-ASP. Atomic Coordinates
著者: Dumas, P. / Ebel, J.P. / Giege, R. / Moras, D. / Thierry, J.C. / Westhof, E.
#4: ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 1983
タイトル: Loop Stereochemistry and Dynamics in Transfer RNA
著者: Westhof, E. / Dumas, P. / Moras, D.
#5: ジャーナル: Nature / 年: 1980
タイトル: Crystal Structure of Yeast T-RNA-ASP
著者: Moras, D. / Comarmond, M.B. / Fischer, J. / Weiss, R. / Thierry, J.C. / Ebel, J.P. / Giege, R.
#6: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1977
タイトル: Yeast Transfer RNA-ASP. A New High-Resolution X-Ray Diffracting Crystal Form of a Transfer RNA
著者: Giege, R. / Moras, D. / Thierry, J.C.
履歴
登録1985年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月30日Group: Data collection / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.pdbx_description / _entity.src_method
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-RNA-ASP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1811
ポリマ－24,1811
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.300, 68.000, 149.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: RNA鎖 T-RNA-ASP


分子量: 24181.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.18 %

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データ収集

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア名称: NUCLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 3→10 Å / σ(F): 2
詳細: TWO NON-ISOMORPHOUS INDEPENDENT CRYSTAL FORMS, REFERRED TO AS A FORM AND B FORM, HAVE BEEN GROWN AND SOLVED INDEPENDENTLY. THE COORDINATES PRESENTED IN THIS ENTRY ARE FOR THE B FORM.
Rfactor反射数
obs0.235 4585
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1602 0 0 1602

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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