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万見
- PDB-1vto: 1.9 A RESOLUTION REFINED STRUCTURE OF TBP RECOGNIZING THE MINOR G... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vto
タイトル1.9 A RESOLUTION REFINED STRUCTURE OF TBP RECOGNIZING THE MINOR GROOVE OF TATAAAAG
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*C)-3')
  • TATA BINDING PROTEIN
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / DOUBLE HELIX / KINKED / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-templated transcription initiation / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
TATA-Binding Protein / TATA-box binding protein, eukaryotic / TATA-Binding Protein / TATA-box binding protein / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / TBP domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / TATA-box-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
Synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kim, J.L. / Burley, S.K.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1994
タイトル: 1.9 A Resolution Refined Structure of TBP Recognizing the Minor Groove of TATAAAAG
著者: Kim, J.L. / Burley, S.K.
履歴
登録1996年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月3日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年3月13日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_nat / pdbx_entity_src_syn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*C)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*A)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*C)-3')
A: TATA BINDING PROTEIN
B: TATA BINDING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8546
ポリマ－59,8546
非ポリマー00
水9,386521
1
C: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*C)-3')
A: TATA BINDING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9273
ポリマ－29,9273
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area12650 Å2
手法PISA
2
E: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*A)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*C)-3')
B: TATA BINDING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9273
ポリマ－29,9273
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4410 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area12870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.000, 147.000, 57.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.50, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*A)-3')


分子量: 4337.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*C)-3')


分子量: 4221.751 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質 TATA BINDING PROTEIN / TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID-1 / TATA-BOX FACTOR 1 / TBP-1


分子量: 21367.279 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
生物種: THALIANA / 参照: UniProt: P28147
#4: 水 ChemComp-HOH / water / TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID-1 / TATA-BOX FACTOR 1 / TBP-1


分子量: 18.015 Da / 分子数: 521 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.16 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.2 / 詳細: pH 6.20, VAPOR DIFFUSION, temperature 277.00K
溶液の組成
ID濃度名称Crystal-ID詳細Sol-IDVolume (Å3)
12 WATER1311
25 DTT1614
38 GLYCEROL1917
411 MES112110
514 KCL115113
617 NH4 ACETATE118116
720 WATER121219
823 DTT124222
926 GLYCEROL127225
1029 MES130228

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.88→20 Å / Num. obs: 51793 / % possible obs: 93.2 % / Rsym value: 5.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.9→6 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 --random
Rwork0.194 ---
obs0.194 49515 94.4 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2956 1134 0 521 4611
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.57
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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