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- PDB-1vtb: THE HEXAGONAL CRYSTAL STRUCTURE OF THE A-DNA OCTAMER D(GTGTACAC) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vtb
タイトルTHE HEXAGONAL CRYSTAL STRUCTURE OF THE A-DNA OCTAMER D(GTGTACAC) AND ITS COMPARISON WITH THE TETRAGONAL STRUCTURE CORRELATED VARIATIONS IN HELICAL PARAMETERS
要素DNA (5'-D(*GP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*C)-3')
キーワードDNA / A-DNA / DOUBLE HELIX
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Jain, S.C. / Zon, G. / Sundaralingam, M.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991
タイトル: The Hexagonal Crystal Structure of the A-DNA Octamer d(GTGTACAC) and Its Comparison with the Tetragonal Structure Correlated Variations in Helical Parameters
著者: Jain, S.C. / Zon, G. / Sundaralingam, M.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1989
タイトル: Effect of Crystal Packing Environment on Conformation of the DNA Duplex
著者: Jain, S. / Sundaralingam, M.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1989
タイトル: Base Only Binding of Spermine in the Deep Groove of the A-DNA Octamer d(GTGTACAC)
著者: Jain, S. / Zon, G. / Sundaralingam, M.
履歴
登録1991年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,4271
ポリマ－2,4271
非ポリマー00
水90150
1
A: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*C)-3')

A: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,8532
ポリマ－4,8532
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/61
Buried area740 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area3070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.400, 32.400, 79.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*C)-3')


分子量: 2426.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.29 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, temperature 278.00K
溶液の組成
ID濃度名称Crystal-ID詳細Sol-IDVolume (Å3)
12WATER1311
25MPD1614
38MGCL21917
411SPERMINE112110
514WATER115213
617MPD118216

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極
検出器タイプ: ARNDT-WONACOTT / 検出器: OSCILLATION CAMERA
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射最高解像度: 2 Å / Num. all: 8156 / Num. obs: 1683 / Observed criterion σ(I): 1.5

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解析

ソフトウェア名称: NUCLSQ / 分類: 精密化
精密化最高解像度: 2 Å / σ(I): 1.5 /
Rfactor反射数
obs0.127 1561
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 161 0 50 211

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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