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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vtb | ||||||||||||||||||
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タイトル | THE HEXAGONAL CRYSTAL STRUCTURE OF THE A-DNA OCTAMER D(GTGTACAC) AND ITS COMPARISON WITH THE TETRAGONAL STRUCTURE CORRELATED VARIATIONS IN HELICAL PARAMETERS | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / A-DNA / DOUBLE HELIX | 機能・相同性 | DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | データ登録者 | Jain, S.C. / Zon, G. / Sundaralingam, M. | 引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991 タイトル: The Hexagonal Crystal Structure of the A-DNA Octamer d(GTGTACAC) and Its Comparison with the Tetragonal Structure Correlated Variations in Helical Parameters 著者: Jain, S.C. / Zon, G. / Sundaralingam, M. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1989 タイトル: Effect of Crystal Packing Environment on Conformation of the DNA Duplex 著者: Jain, S. / Sundaralingam, M. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1989 タイトル: Base Only Binding of Spermine in the Deep Groove of the A-DNA Octamer d(GTGTACAC) 著者: Jain, S. / Zon, G. / Sundaralingam, M. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vtb.cif.gz | 14.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1vtb.ent.gz | 8.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vtb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1vtb_validation.pdf.gz | 312.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1vtb_full_validation.pdf.gz | 315.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1vtb_validation.xml.gz | 1.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1vtb_validation.cif.gz | 2.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/1vtb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/1vtb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2426.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.29 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, temperature 278.00K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
放射光源 | 由来: 回転陽極 |
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検出器 | タイプ: ARNDT-WONACOTT / 検出器: OSCILLATION CAMERA |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2 Å / Num. all: 8156 / Num. obs: 1683 / Observed criterion σ(I): 1.5 |
-解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | 最高解像度: 2 Å / σ(I): 1.5 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2 Å
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