+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vt8 | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of D(GGGCGCCC)-hexagonal form | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / A-DNA / DOUBLE HELIX | 機能・相同性 | DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 1.9 Å | データ登録者 | Shakked, Z. / Guerstein-Guzikevich, G. / Eisenstein, M. / Frolow, F. / Rabinovich, D. | 引用 | ジャーナル: Nature / 年: 1989 | タイトル: The conformation of the DNA double helix in the crystal is dependent on its environment. 著者: Shakked, Z. / Guerstein-Guzikevich, G. / Eisenstein, M. / Frolow, F. / Rabinovich, D. 履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vt8.cif.gz | 19.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1vt8.ent.gz | 12.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vt8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/1vt8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/1vt8 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2428.593 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.57 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 292 K 詳細: MPD, Sodium Cacodylate, spermine, MgCl2, temperature 292K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 |
検出器 | タイプ: RIGAKU AFC-5 / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 2827 / Observed criterion σ(F): 2 |
-解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 最高解像度: 1.9 Å / σ(F): 1.9 /
| ||||||||||||
Refine Biso |
| ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.9 Å
|