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- PDB-1vt5: THE CRYSTAL STRUCTURE OF D(CCCCGGGG): A NEW A-FORM VARIANT WITH A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vt5
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF D(CCCCGGGG): A NEW A-FORM VARIANT WITH AN EXTENDED BACKBONE CONFORMATION
要素DNA (5'-D(*CP*CP*CP*CP*GP*GP*GP*G)-3')
キーワードDNA / A-DNA / DOUBLE HELIX
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Haran, T.E. / Shakked, Z. / Wang, A.H.-J. / Rich, A.
引用
ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 1987
タイトル: The crystal structure of d(CCCCGGGG): a new A-form variant with an extended backbone conformation.
著者: Haran, T.E. / Shakked, Z. / Wang, A.H. / Rich, A.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1982
タイトル: Molecular structure of the octamer d(G-G-C-C-G-G-C-C): modified A-DNA.
著者: Wang, A.H. / Fujii, S. / van Boom, J.H. / Rich, A.
履歴
登録1988年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*CP*GP*GP*GP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,4291
ポリマ－2,4291
非ポリマー00
水00
1
A: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*CP*GP*GP*GP*G)-3')

A: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*CP*GP*GP*GP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,8572
ポリマ－4,8572
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area860 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area3110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.360, 43.360, 24.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*CP*CP*GP*GP*GP*G)-3')


分子量: 2428.593 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHESIZED DNA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.81 %
結晶化pH: 7 / 詳細: MPD, Sodium Cacodylate, spermine, MgCl2, pH 7.00
溶液の組成
ID濃度名称Crystal-ID詳細Sol-IDVolume (Å3)
12WATER1311
25MPD1614
38NA CACODYLATE1917
411SPERMINE112110
514MGCL2115113
617WATER118216
720MPD121219

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12881
21
放射光源
由来ID波長
SEALED TUBE11.5418
回転陽極21.5418
検出器
タイプID検出器
NICOLET P31DIFFRACTOMETER
SIEMENS-NICOLET2AREA DETECTOR
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
21
反射最高解像度: 2.25 Å

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解析

ソフトウェア名称: CORELS / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.25→8 Å
詳細: REFERENCE 2 REPORTED A CELL OF 42.10, 42.10, 25.10 WITH SPACE GROUP OF P 43 21 2. THIS HAS SINCE BEEN CHANGED TO THE PRESENT CELL.
Rfactor反射数
Rwork0.24 -
obs0.24 1018
Refine Biso クラス: ALL ATOMS / 詳細: TR / Treatment: isotropic
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 161 0 0 161

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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