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万見
- PDB-1vst: Symmetric Sulfolobus solfataricus uracil phosphoribosyltransferas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vst
タイトルSymmetric Sulfolobus solfataricus uracil phosphoribosyltransferase with bound PRPP and GTP
要素Uracil phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / uracil / phosphoribosyltransferase / allosteric regulation / Sulfolobus solfataricus / PRPP / GTP / Glycosyltransferase / Magnesium
機能・相同性
機能・相同性情報


uracil salvage / uracil phosphoribosyltransferase / uracil phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / UMP salvage / GMP salvage / IMP salvage / GTP binding ...uracil salvage / uracil phosphoribosyltransferase / uracil phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / UMP salvage / GMP salvage / IMP salvage / GTP binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Uracil phosphoribosyltransferase, archaea / Uracil phosphoribosyl transferase / Uracil phosphoribosyltransferase / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chem-PRP / Uracil phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kadziola, A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural and kinetic studies of the allosteric transition in Sulfolobus solfataricus uracil phosphoribosyltransferase: Permanent activation by engineering of the C-terminus
著者: Christoffersen, S. / Kadziola, A. / Johansson, E. / Rasmussen, M. / Willemoes, M. / Jensen, K.F.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Allosteric regulation and communication between subunits in uracil phosphoribosyltransferase from Sulfolobus solfataricus.
著者: Arent, S. / Harris, P. / Jensen, K.F. / Larsen, S.
履歴
登録2009年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / diffrn_source ...chem_comp / diffrn_source / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uracil phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1174
ポリマ－24,1791
非ポリマー9383
水18010
1
A: Uracil phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子

A: Uracil phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子

A: Uracil phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子

A: Uracil phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,46816
ポリマ－96,7174
非ポリマー3,75012
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+4/31
crystal symmetry operation10_666-y+1,-x+1,-z+4/31
Buried area17040 Å2
ΔGint-160 kcal/mol
Surface area31060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.2, 122.2, 62.2
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

MG

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要素

#1: タンパク質 Uracil phosphoribosyltransferase / UMP pyrophosphorylase / UPRTase


分子量: 24179.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: SSO0231, upp / プラスミド: pLFS2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NF1830 / 参照: UniProt: Q980Q4, uracil phosphoribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 糖 ChemComp-PRP / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose / ALPHA-PHOSPHORIBOSYLPYROPHOSPHORIC ACID / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-alpha-D-ribose / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-D-ribose / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-ribose / PRPP


タイプ: D-saccharide / 分子量: 390.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H13O14P3
識別子タイププログラム
a-D-Ribf1PO35PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% PEG8000, 0.1M sodium-cacodylate, pH6.5, 200mM magnesium-chloride, 10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月22日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→25 Å / Num. all: 7102 / Num. obs: 7102 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.152 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Rmerge(I) obs: 0.418 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345dtbデータ収集
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XTV

1xtv


解像度: 2.8→25 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: R-free / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 334 -RANDOM
Rwork0.226 ---
all-7102 --
obs-7102 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3 Å27.21 Å20 Å2
2--0.3 Å20 Å2
3----0.59 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1695 0 55 10 1760
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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