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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vsg | |||||||||
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タイトル | 2.9 ANGSTROMS RESOLUTION STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF A VARIANT SURFACE GLYCOPROTEIN FROM TRYPANOSOMA BRUCEI | |||||||||
![]() | VARIANT SURFACE GLYCOPROTEIN MITAT 1.2 | |||||||||
![]() | GLYCOPROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() | |||||||||
![]() | Freymann, D. / Down, J. / Wiley, D.C. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: 2.9 A resolution structure of the N-terminal domain of a variant surface glycoprotein from Trypanosoma brucei. 著者: Freymann, D. / Down, J. / Carrington, M. / Roditi, I. / Turner, M. / Wiley, D. #1: ![]() タイトル: Two Variant Surface Gylcoproteins of Trypanosoma Brucei of Different Sequence Classes Have Similar 6 Angstroms Resolution X-Ray Structures 著者: Metcalf, P. / Blum, M. / Freymann, D. / Turner, M. / Wiley, D.C. #2: ![]() タイトル: 6 Angstroms-Resolution X-Ray Structure of a Variable Surface Glycoprotein from Trypanosoma Brucei 著者: Freymann, D.M. / Metcalf, P. / Turner, M. / Wiley, D.C. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 140.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 114.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 533.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 551.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUES ASN 183 - ASP 184, THR 265 - ALA 266, LYS 285 -GLU 289, AND ASP 328 - ASN 329 IN BOTH THE A CHAIN AND B CHAIN ARE POORLY DEFINED IN THE ELECTRON DENSITY MAP. | ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.06906, 0.19176, 0.97901), ベクター: 詳細 | THE TRANSFORMATION PRESENTED ON THE *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *B* WHEN APPLIED TO CHAIN *A*. | |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38844.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: P26332 #2: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #3: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.81 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.9 Å / Num. obs: 24767 / Num. measured all: 56659 / Rmerge(I) obs: 0.087 |
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解析
ソフトウェア | 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.22 / 最高解像度: 2.9 Å 詳細: RESIDUES ASN 183 - ASP 184, THR 265 - ALA 266, LYS 285 -GLU 289, AND ASP 328 - ASN 329 IN BOTH THE A CHAIN AND B CHAIN ARE POORLY DEFINED IN THE ELECTRON DENSITY MAP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.9 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.9 Å / Rfactor obs: 0.22 / 最低解像度: 7 Å / Num. reflection obs: 5510 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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