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万見
- PDB-1vrn: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER BLASTOCHLORIS VIRIDIS (ATCC) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vrn
タイトルPHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER BLASTOCHLORIS VIRIDIS (ATCC)
要素
  • (Reaction center protein ...) x 3
  • Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
キーワードPHOTOSYNTHESIS / INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN / UBIQUINONE / SECONDARY QUINONE (QB)
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / : / photosynthesis / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic Reaction Center, subunit C; domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit C, domain 2 / Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Multiheme cytochrome c family profile. ...Photosynthetic Reaction Center, subunit C; domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit C, domain 2 / Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Multiheme cytochrome c family profile. / Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 / Photosystem II protein D1-like / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / Multiheme cytochrome superfamily / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Few Secondary Structures / Irregular / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIOCHLOROPHYLL B / BACTERIOPHEOPHYTIN B / : / HEME C / MENAQUINONE-9 / 15-cis-1,2-dihydroneurosporene / UBIQUINONE-7 / Reaction center protein H chain / Reaction center protein L chain / Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Blastochloris viridis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Baxter, R.H.G. / Seagle, B.-L. / Norris, J.R.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Cryogenic structure of the photosynthetic reaction center of Blastochloris viridis in the light and dark.
著者: Baxter, R.H. / Seagle, B.L. / Ponomarenko, N. / Norris, J.R.
#1: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2004
タイトル: Specific radiation damage illustrates light-induced structural changes in the photosynthetic reaction center
著者: Baxter, R.H.G. / Seagle, B.-L. / Ponomarenko, N. / Norris, J.R.
履歴
登録2005年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2005年3月22日ID: 1TXW
改定 1.02005年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 2.02021年3月3日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12023年8月23日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_chiral
Item: _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config ..._chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
H: Reaction center protein H chain
L: Reaction center protein L chain
M: Reaction center protein M chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,04331
ポリマ－132,0674
非ポリマー11,97627
水9,764542
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area50820 Å2
ΔGint-449 kcal/mol
Surface area41810 Å2
手法PISA
2
C: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
H: Reaction center protein H chain
L: Reaction center protein L chain
M: Reaction center protein M chain
ヘテロ分子

C: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
H: Reaction center protein H chain
L: Reaction center protein L chain
M: Reaction center protein M chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)288,08762
ポリマ－264,1348
非ポリマー23,95254
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area106940 Å2
ΔGint-937 kcal/mol
Surface area79700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)219.400, 219.400, 112.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Cell settingtetragonal
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-1541-

HOH

21H-1542-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 C

#1: タンパク質 Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit / Cytochrome c558/c559


分子量: 37108.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Blastochloris viridis (バクテリア) / 参照: UniProt: P07173

-
Reaction center protein ... , 3種, 3分子 HLM

#2: タンパク質 Reaction center protein H chain / Photosynthetic reaction center H subunit


分子量: 28557.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Blastochloris viridis (バクテリア) / 参照: UniProt: P06008
#3: タンパク質 Reaction center protein L chain / Photosynthetic reaction center L subunit


分子量: 30469.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Blastochloris viridis (バクテリア) / 参照: UniProt: P06009
#4: タンパク質 Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center M subunit


分子量: 35932.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Blastochloris viridis (バクテリア) / 参照: UniProt: P06010

-
非ポリマー , 10種, 569分子

#5: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物
ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#8: 化合物
ChemComp-BCB / BACTERIOCHLOROPHYLL B


分子量: 909.488 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O6
#9: 化合物 ChemComp-BPB / BACTERIOPHEOPHYTIN B / (7R,7α)-31-オキソ-7-ヒドロ-81-デヒドロ-132(以下略)


分子量: 887.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O6
#10: 化合物 ChemComp-UQ7 / UBIQUINONE-7 / ユビキノンQ7


分子量: 658.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H66O4
#11: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#12: 化合物 ChemComp-MQ9 / MENAQUINONE-9


分子量: 785.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C56H80O2
#13: 化合物 ChemComp-NS5 / 15-cis-1,2-dihydroneurosporene / 15,15′-cis-1,2-ジヒドロノイロスポレン


分子量: 540.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H60
#14: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 542 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.5 %
結晶化温度: 296 K / pH: 6
詳細: ammonium sulfate, ldao, 1,2,3-heptanetriol, sodium phosphate, triethylammonium phosphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K, pH 6.00

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月13日 / 詳細: CONICAL SI MIRROR (RH COATING)
放射モノクロメーター: GE (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→19.18 Å / Num. obs: 139391 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 22.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.197 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Rsym value: 0.197 / % possible all: 53.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS1.1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS1.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1R2C

1r2c


解像度: 2.2→19.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 3456185.66 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: RESOLUTION-DEPENDENT WEIGHTING OTHER REFINEMENT REMARKS: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 6079 5.1 %RANDOM
Rwork0.191 ---
obs0.1911 119591 86.2 %-
all-139343 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 65.6726 Å2 / ksol: 0.420909 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.75 Å20 Å20 Å2
2--1.75 Å20 Å2
3----3.51 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.23 Å
Luzzati d res low-20.15 Å
Luzzati sigma a0.1 Å-0.04 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9347 0 844 542 10733
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.22
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.621.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.232
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.52
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.162.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 442 5.6 %
Rwork0.198 7430 -
obs--57.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN2.TOP
X-RAY DIFFRACTION2COFACTORS.PARAMCOFACTORS.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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