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万見
- PDB-1vrm: Crystal structure of the apbe protein (tm1553) from thermotoga ma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vrm
タイトルCrystal structure of the apbe protein (tm1553) from thermotoga maritima msb8 at 1.58 A resolution
要素hypothetical protein TM1553
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


FAD:protein FMN transferase / transferase activity / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
T-fold / ApbE-like superfamily / T-fold / ApbE-like domains / Flavin transferase ApbE / ApbE family / ApbE-like superfamily / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / : / FAD:protein FMN transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of the ApbE protein (TM1553) from Thermotoga maritima at 1.58 A resolution.
著者: Han, G.W. / Sri Krishna, S. / Schwarzenbacher, R. / McMullan, D. / Ginalski, K. / Elsliger, M.A. / Brittain, S.M. / Abdubek, P. / Agarwalla, S. / Ambing, E. / Astakhova, T. / Axelrod, H. / ...著者: Han, G.W. / Sri Krishna, S. / Schwarzenbacher, R. / McMullan, D. / Ginalski, K. / Elsliger, M.A. / Brittain, S.M. / Abdubek, P. / Agarwalla, S. / Ambing, E. / Astakhova, T. / Axelrod, H. / Canaves, J.M. / Chiu, H.J. / DiDonato, M. / Grzechnik, S.K. / Hale, J. / Hampton, E. / Haugen, J. / Jaroszewski, L. / Jin, K.K. / Klock, H.E. / Knuth, M.W. / Koesema, E. / Kreusch, A. / Kuhn, P. / Miller, M.D. / Morse, A.T. / Moy, K. / Nigoghossian, E. / Oommachen, S. / Ouyang, J. / Paulsen, J. / Quijano, K. / Reyes, R. / Rife, C. / Spraggon, G. / Stevens, R.C. / van den Bedem, H. / Velasquez, J. / Wang, X. / West, B. / White, A. / Wolf, G. / Xu, Q. / Hodgson, K.O. / Wooley, J. / Deacon, A.M. / Godzik, A. / Lesley, S.A. / Wilson, I.A.
履歴
登録2005年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999 SEQUENCE THE CONSTRUCT EXPRESSED COMPRISED AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG [MGSDKIHHHHHH] FOLLOWED ... SEQUENCE THE CONSTRUCT EXPRESSED COMPRISED AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG [MGSDKIHHHHHH] FOLLOWED BY RESIDUES 40-352 OF THE PREDICTED TM1553 GENE PRODUCT. IN ORDER TO REMOVE A PREDICTED TRANSMEMBRANE HELIX, THE FIRST 39 RESIDUES WERE NOT INCLUDED IN THE CONSTRUCT.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein TM1553
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2575
ポリマ－36,9031
非ポリマー3554
水7,206400
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.742, 76.946, 86.587
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 hypothetical protein TM1553


分子量: 36902.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: MSB8 / 遺伝子: TM1553 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 15644301, UniProt: Q9X1N9*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.76 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 5
詳細: 10.0% MPD, 0.1M Citrate pH 5.0, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.97950,1.00003
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月22日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
21.000031
反射解像度: 1.5→20.61 Å / Num. obs: 51395 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsRsym value
1.58-1.6273.51.70.7030.928170.703
1.62-1.6784.81.90.592131810.592
1.67-1.7193.82.10.4941.334490.494
1.71-1.7797.82.60.421.435170.42
1.77-1.8299.13.10.3272.134560.327
1.82-1.8999.93.40.2712.533870.271
1.89-1.961003.60.219132770.219
1.96-2.041003.60.1594.431510.159
2.04-2.131003.60.1374.330420.137
2.13-2.231003.60.1126.328940.112
2.23-2.361003.60.1052.727810.105
2.36-2.51003.60.0957.525980.095
2.5-2.671003.60.0838.224910.083
2.67-2.881003.60.0739.423170.073
2.88-3.1699.93.60.06510.121250.065
3.16-3.5399.83.60.0561119290.056
3.53-4.0899.63.60.04912.917190.049
4.08-599.33.50.04314.314650.043
5-7.07993.40.05810.811590.058
7.07-20.61943.10.0511.56400.05

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT1.6データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.58→20.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 1.375 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.076
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. THE ADDITIONAL DENSITY IN THE POCKET NEAR HIS 276 HAS BEEN MODELED AS AN UNL, UNKNOWN LIGAND. RESIDUES WHICH INTERACT WITH THE UNL ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. THE ADDITIONAL DENSITY IN THE POCKET NEAR HIS 276 HAS BEEN MODELED AS AN UNL, UNKNOWN LIGAND. RESIDUES WHICH INTERACT WITH THE UNL (INCLUDING ALA-259, THR-260, SER-261, HIS-276 AND ASP-303) ARE CONSERVED IN PSI-BLAST RESULT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.191 2622 5.1 %RANDOM
Rwork0.157 ---
all0.159 ---
obs-48704 95.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.296 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→20.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2413 0 39 400 2852
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222528
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022352
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5641.9623434
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88735442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6615309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.87223.661112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.6415425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.0041516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2388
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022786
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02529
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2430.2519
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1840.22420
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1870.21281
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.21527
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1770.2319
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1150.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2940.278
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1550.234
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.87231652
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6043637
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.20652504
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.54981095
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.32711929
LS精密化 シェル解像度: 1.58→1.621 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 144 -
Rwork0.255 2654 -
obs--71.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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