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万見
- PDB-1vre: SOLUTION STRUCTURE OF COMPONENT IV GLYCERA DIBRANCHIATA MONOMERIC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vre
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF COMPONENT IV GLYCERA DIBRANCHIATA MONOMERIC HEMOGLOBIN-CO
要素PROTEIN (GLOBIN, MONOMERIC COMPONENT M-IV)
キーワードHEME PROTEIN / GLOBIN / OXYGEN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Myoglobin-like, M family globin domain / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON MONOXIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Globin, monomeric component M-IV
類似検索 - 構成要素
生物種Glycera dibranchiata (無脊椎動物)
手法溶液NMR / HYBRID DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING
データ登録者Volkman, B.F. / Alam, S.L. / Satterlee, J.D. / Markley, J.L.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Solution structure and backbone dynamics of component IV Glycera dibranchiata monomeric hemoglobin-CO.
著者: Volkman, B.F. / Alam, S.L. / Satterlee, J.D. / Markley, J.L.
#1: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 1998
タイトル: Detailed NMR Analysis of the Heme-Protein Interactions in Component IV Glycera Dibranchiata Monomeric Hemoglobin-CO
著者: Alam, S.L. / Volkman, B.F. / Markley, J.L. / Satterlee, J.D.
履歴
登録1999年3月25日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02019年11月13日Group: Atomic model / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_struct_assembly ...atom_site / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id
改定 2.12023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (GLOBIN, MONOMERIC COMPONENT M-IV)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6943
ポリマ－15,0491
非ポリマー6442
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1260 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area7060 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)29 / 50NO NOE VIOLATIONS GREATER THAN 0.2 ANGSTROM, NO DIHEDRAL RESTRAINT VIOLATIONS GREATER THAN 2 DEGREES.
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (GLOBIN, MONOMERIC COMPONENT M-IV) / GHM4


分子量: 15049.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Glycera dibranchiata (無脊椎動物)
組織: BLOOD / 解説: RECOMBINANT PROTEIN WAS PRODUCED IN E. COLI / Cell: ERYTHROCYTE / プラスミド: PET9D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15447
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル


分子量: 28.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: NOEY & QUANTITATIVE J-CORRELATION
NMR実験の詳細Text: 3D 15N NOESY-HSQC; 3D 13C NOESY-HSQC; 4D 13C/15N NOESY-HSQC; 3D HNHB; 3D HNCOHB; 2D JCC; 2D JNC; 3D HNHA; 2D LRCC

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試料調製

詳細内容: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 100 mM KCL / pH: 5 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX499.841
Bruker DMXBrukerDMX500.132
Bruker DMXBrukerDMX600.133
Bruker DMXBrukerDMX750.134

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.843BRUNGER精密化
X-PLOR3.843構造決定
精密化手法: HYBRID DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINED ITERATIVELY WITH X-PLOR AND PERL SCRIPTS WRITTEN IN-HOUSE AS DESCRIBED IN JRNL CITATION ABOVE
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: NO NOE VIOLATIONS GREATER THAN 0.2 ANGSTROM, NO DIHEDRAL RESTRAINT VIOLATIONS GREATER THAN 2 DEGREES.
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 29

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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