PDB-1vre: SOLUTION STRUCTURE OF COMPONENT IV GLYCERA DIBRANCHIATA MONOMERIC...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1vre

タイトル

SOLUTION STRUCTURE OF COMPONENT IV GLYCERA DIBRANCHIATA MONOMERIC HEMOGLOBIN-CO

要素

PROTEIN (GLOBIN, MONOMERIC COMPONENT M-IV)

キーワード

HEME PROTEIN / GLOBIN / OXYGEN TRANSPORT

機能・相同性

機能・相同性情報

oxygen carrier activity / oxygen binding / response to hypoxia / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Glycera dibranchiata (無脊椎動物)

手法

溶液NMR / HYBRID DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING

データ登録者

Volkman, B.F. / Alam, S.L. / Satterlee, J.D. / Markley, J.L.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Solution structure and backbone dynamics of component IV Glycera dibranchiata monomeric hemoglobin-CO.
著者: Volkman, B.F. / Alam, S.L. / Satterlee, J.D. / Markley, J.L.

履歴

登録	1999年3月25日	登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	1999年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年10月16日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2019年11月13日	Group: Atomic model / Derived calculations カテゴリ: atom_site / pdbx_struct_assembly ...atom_site / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id
改定 2.1	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1vre.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1vre.ent.gz	1016.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1vre.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1vre_validation.pdf.gz	475.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1vre_full_validation.pdf.gz	737.1 KB	表示
XML形式データ	1vre_validation.xml.gz	136.9 KB	表示
CIF形式データ	1vre_validation.cif.gz	162.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/1vre ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/1vre	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1vrfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1m8t-1 5ysk-2 6al3-4 4qag-1 1pod-d 1b0b-d 1vrf-d 3h58-d 3mlm-2 5g3n-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (3) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (2) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (3) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (2) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (1) #5 - 2000年5月シトクロムc酸化酵素 (Cytochrome c Oxidase) 類似性 (1) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (3)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (2)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (3)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (2)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (1)
#5 - 2000年5月
シトクロムc酸化酵素 (Cytochrome c Oxidase)
類似性 (1)
#82 - 2006年10月
シトクロムp450 (Cytochrome p450)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: PROTEIN (GLOBIN, MONOMERIC COMPONENT M-IV)

ヘテロ分子

15.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	29 / 50	NO NOE VIOLATIONS GREATER THAN 0.2 ANGSTROM, NO DIHEDRAL RESTRAINT VIOLATIONS GREATER THAN 2 DEGREES.
代表モデル

#1: タンパク質	PROTEIN (GLOBIN, MONOMERIC COMPONENT M-IV) / GHM4 分子量: 15049.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Glycera dibranchiata (無脊椎動物) 組織: BLOOD / 解説: RECOMBINANT PROTEIN WAS PRODUCED IN E. COLI / Cell: ERYTHROCYTE / プラスミド: PET9D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15447
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル分子量: 28.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO

-
実験

実験	手法: 溶液NMR
NMR実験	タイプ: NOEY & QUANTITATIVE J-CORRELATION
NMR実験の詳細	Text: 3D 15N NOESY-HSQC; 3D 13C NOESY-HSQC; 4D 13C/15N NOESY-HSQC; 3D HNHB; 3D HNCOHB; 2D JCC; 2D JNC; 3D HNHA; 2D LRCC

-
試料調製

詳細	内容: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 100 mM KCL / pH: 5 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DMX	Bruker	DMX	499.84	1
Bruker DMX	Bruker	DMX	500.13	2
Bruker DMX	Bruker	DMX	600.13	3
Bruker DMX	Bruker	DMX	750.13	4

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.843	BRUNGER	精密化
X-PLOR	3.843		構造決定

精密化

手法: HYBRID DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINED ITERATIVELY WITH X-PLOR AND PERL SCRIPTS WRITTEN IN-HOUSE AS DESCRIBED IN JRNL CITATION ABOVE

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: NO NOE VIOLATIONS GREATER THAN 0.2 ANGSTROM, NO DIHEDRAL RESTRAINT VIOLATIONS GREATER THAN 2 DEGREES.
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 29

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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