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- PDB-1vq3: Crystal structure of Phosphoribosylformylglycinamidine synthase, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vq3
タイトルCrystal structure of Phosphoribosylformylglycinamidine synthase, purS subunit (EC 6.3.5.3) (TM1244) from Thermotoga maritima at 1.90 A resolution
要素Phosphoribosylformylglycinamidine synthase, purS subunit
キーワードLIGASE / TM1244 / phosphoribosylformylglycinamidine synthase / purs subunit (EC 6.3.5.3) / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoribosylformylglycinamidine synthase / phosphoribosylformylglycinamidine synthase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mth169; Chain: A , / Phosphoribosylformylglycinamidine synthase subunit PurS / Phosphoribosylformylglycinamidine synthase subunit PurS / Phosphoribosylformylglycinamidine (FGAM) synthase / Phosphoribosylformylglycinamidine synthase subunit PurS-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphoribosylformylglycinamidine synthase subunit PurS
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of phosphoribosylformyl-glycinamidine synthase II, PurS subunit (TM1244) from Thermotoga maritima at 1.90 A resolution.
著者: Mathews, I.I. / Krishna, S.S. / Schwarzenbacher, R. / McMullan, D. / Jaroszewski, L. / Miller, M.D. / Abdubek, P. / Agarwalla, S. / Ambing, E. / Axelrod, H.L. / Canaves, J.M. / Carlton, D. / ...著者: Mathews, I.I. / Krishna, S.S. / Schwarzenbacher, R. / McMullan, D. / Jaroszewski, L. / Miller, M.D. / Abdubek, P. / Agarwalla, S. / Ambing, E. / Axelrod, H.L. / Canaves, J.M. / Carlton, D. / Chiu, H.J. / Clayton, T. / DiDonato, M. / Duan, L. / Elsliger, M.A. / Grzechnik, S.K. / Hale, J. / Hampton, E. / Haugen, J. / Jin, K.K. / Klock, H.E. / Koesema, E. / Kovarik, J.S. / Kreusch, A. / Kuhn, P. / Levin, I. / Morse, A.T. / Nigoghossian, E. / Okach, L. / Oommachen, S. / Paulsen, J. / Quijano, K. / Reyes, R. / Rife, C.L. / Spraggon, G. / Stevens, R.C. / van den Bedem, H. / White, A. / Wolf, G. / Xu, Q. / Hodgson, K.O. / Wooley, J. / Deacon, A.M. / Godzik, A. / Lesley, S.A. / Wilson, I.A.
履歴
登録2004年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
Remark 999 SEQUENCE CLONING ARTIFACT: THIS GENE USES AN ALTERNATE INITIATION CODON THAT RESULTS IN A LEUCINE ... SEQUENCE CLONING ARTIFACT: THIS GENE USES AN ALTERNATE INITIATION CODON THAT RESULTS IN A LEUCINE AT POSITION 1 WHEN EXPRESSED AS A FUSION WITH THE PURIFICATION TAG

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoribosylformylglycinamidine synthase, purS subunit
B: Phosphoribosylformylglycinamidine synthase, purS subunit
C: Phosphoribosylformylglycinamidine synthase, purS subunit
D: Phosphoribosylformylglycinamidine synthase, purS subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3994
ポリマ－44,3994
非ポリマー00
水5,423301
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: Phosphoribosylformylglycinamidine synthase, purS subunit
D: Phosphoribosylformylglycinamidine synthase, purS subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2002
ポリマ－22,2002
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2780 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area10490 Å2
手法PISA
3
A: Phosphoribosylformylglycinamidine synthase, purS subunit
B: Phosphoribosylformylglycinamidine synthase, purS subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2002
ポリマ－22,2002
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2850 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area10390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.270, 73.433, 92.567
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 4 - 82 / Label seq-ID: 16 - 94

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

-
要素

#1: タンパク質
Phosphoribosylformylglycinamidine synthase, purS subunit


分子量: 11099.803 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: MSB8 / 遺伝子: TM1244 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9X0X1, phosphoribosylformylglycinamidine synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.84 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
詳細: 20.0% Glycerol, 24.0% PEG-1500,, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9865
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月13日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9865 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→49.31 Å / Num. obs: 29272 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 33.83 Å2 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 1434 / Rsym value: 0.467 / % possible all: 62.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA4.2)データスケーリング
REFMAC5.2.0001精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1T4A

1t4a


解像度: 1.9→49.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 6.272 / SU ML: 0.099 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2345 957 3.3 %RANDOM
Rwork0.17783 ---
obs0.1799 28282 91.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.155 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.87 Å20 Å20 Å2
2--1.7 Å20 Å2
3----0.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→49.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2789 0 0 301 3090
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0212837
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022696
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5531.9753822
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79636264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7395337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.18423.786140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.9815550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1711526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2429
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023080
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02542
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.2460
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1850.22622
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.21820
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.2212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2530.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3070.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1630.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.76531846
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0323686
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.17852777
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.44681200
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.142111045
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1222 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.70.5
2Bmedium positional0.670.5
3Cmedium positional0.60.5
4Dmedium positional0.630.5
1Amedium thermal1.522
2Bmedium thermal1.712
3Cmedium thermal1.552
4Dmedium thermal1.482
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 22 1.54 %
Rwork0.229 1406 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0209-0.0234-0.13860.0165-0.03290.5202-0.0262-0.01610.01480.00830.0081-0.0026-0.0149-0.01040.01820.0012-0.00070.0055-0.03910.0131-0.015441.89289.147218.8705
20.8055-0.10050.03930.05040.09480.55280.0240.016-0.040.0049-0.00330.01320.0604-0.0143-0.0208-0.0048-0.0054-0.0052-0.03390.0076-0.009128.4752-3.093-2.6562
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 1 - 82 / Label seq-ID: 13 - 94

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
32CC
42DD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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