PDB-1vph: CRYSTAL STRUCTURE OF a YbjQ-like protein of unknown function (SSO...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1vph

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF a YbjQ-like protein of unknown function (SSO2532) FROM SULFOLOBUS SOLFATARICUS P2 AT 1.76 A RESOLUTION

要素

hypothetical protein SSO2532

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / YBJQ-LIKE FOLD / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI

機能・相同性

機能・相同性情報

YjbQ-like / Uncharacterised protein family UPF0047, YjbQ / YjbQ-like superfamily / Uncharacterised protein family UPF0047 / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Sulfolobus solfataricus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.764 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of hypothetical protein (13815834) from Sulfolobus solfataricus at 1.76 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2004年11月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月4日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_database_related ...database_2 / pdbx_database_related / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_related.db_name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年9月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1vph.cif.gz	188.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1vph.ent.gz	148.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1vph.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1vph_validation.pdf.gz	503.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1vph_full_validation.pdf.gz	511.7 KB	表示
XML形式データ	1vph_validation.xml.gz	34.6 KB	表示
CIF形式データ	1vph_validation.cif.gz	48.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/1vph ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/1vph	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1vmfS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2o8a-1 2y3y-1 1h13-d 6kbc-d 2o8a-2 6xrk-1 5k71-1 2b4f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 358101

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: hypothetical protein SSO2532

B: hypothetical protein SSO2532

C: hypothetical protein SSO2532

D: hypothetical protein SSO2532

E: hypothetical protein SSO2532

F: hypothetical protein SSO2532

ヘテロ分子

104 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: hypothetical protein SSO2532

B: hypothetical protein SSO2532

C: hypothetical protein SSO2532

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: hypothetical protein SSO2532

E: hypothetical protein SSO2532

F: hypothetical protein SSO2532

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.860, 92.180, 114.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	ILE	ILE	2	A	A	2 - 82	14 - 94
2	1	LYS	LYS	ILE	ILE	2	B	B	2 - 82	14 - 94
3	1	LYS	LYS	ILE	ILE	2	C	C	2 - 82	14 - 94
4	1	LYS	LYS	ILE	ILE	2	D	D	2 - 82	14 - 94
5	1	LYS	LYS	ILE	ILE	2	E	E	2 - 82	14 - 94
6	1	LYS	LYS	ILE	ILE	2	F	F	2 - 82	14 - 94
7	2	ASP	ASP	ASP	ASP	6	A	A	83	95
8	2	ASP	ASP	ASP	ASP	6	B	B	83	95
9	2	ASP	ASP	ASP	ASP	6	C	C	83	95
10	2	ASP	ASP	ASP	ASP	6	D	D	83	95
11	2	ASP	ASP	ASP	ASP	6	E	E	83	95
12	2	ASP	ASP	ASP	ASP	6	F	F	83	95
13	3	ASP	ASP	PRO	PRO	2	A	A	84 - 124	96 - 136
14	3	ASP	ASP	PRO	PRO	2	B	B	84 - 124	96 - 136
15	3	ASP	ASP	PRO	PRO	2	C	C	84 - 124	96 - 136
16	3	ASP	ASP	PRO	PRO	2	D	D	84 - 124	96 - 136
17	3	ASP	ASP	PRO	PRO	2	E	E	84 - 124	96 - 136
18	3	ASP	ASP	PRO	PRO	2	F	F	84 - 124	96 - 136
19	4	ARG	ARG	ARG	ARG	3	A	A	125	137
20	4	ARG	ARG	ARG	ARG	3	B	B	125	137
21	4	ARG	ARG	ARG	ARG	3	C	C	125	137
22	4	ARG	ARG	ARG	ARG	3	D	D	125	137
23	4	ARG	ARG	ARG	ARG	3	E	E	125	137
24	4	ARG	ARG	ARG	ARG	3	F	F	125	137
25	5	SER	SER	GLY	GLY	2	A	A	126 - 136	138 - 148
26	5	SER	SER	GLY	GLY	2	B	B	126 - 136	138 - 148
27	5	SER	SER	GLY	GLY	2	C	C	126 - 136	138 - 148
28	5	SER	SER	GLY	GLY	2	D	D	126 - 136	138 - 148
29	5	SER	SER	GLY	GLY	2	E	E	126 - 136	138 - 148
30	5	SER	SER	GLY	GLY	2	F	F	126 - 136	138 - 148

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	hypothetical protein SSO2532 分子量: 17057.352 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97VS8

-
非ポリマー , 5種, 303分子

#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.76 %
結晶化	温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 7.5 詳細: 10.0% iso-Propanol, 20.0% PEG-4000, 0.1M HEPES pH7.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.979245
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月18日
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979245 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.764→28.68 Å / Num. obs: 75897 / % possible obs: 90.9 % / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 31.06 Å² / R_sym value: 0.062 / Net I/σ(I): 15.6
反射シェル	解像度: 1.764→1.86 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 7634 / R_sym value: 0.312 / % possible all: 63.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SOLVE		位相決定
SCALA	5.0)	データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1VMF

1vmf

解像度: 1.764→16.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 5.534 / SU ML: 0.086 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.129
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. FOUR POTASSIUM IONS MODELLED TO FIT THE DENSITY NEAR HIS79/HIS89/ASN85. HOWEVER, THERE ARE STILL SOME UNEXPLAINED DENSITIES NEARBY. ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22173	3791	5 %	RANDOM
R_work	0.18914	-	-	-
obs	0.19082	72013	90.69 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.167 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.58 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.764→16.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6658	0	64	286	7008

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.021	6888
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	6238
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.607	1.934	9353
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.961	3	14411
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.46	5	833
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.54	24.082	343
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.27	15	1161
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.353	15	43
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	1066
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	7636
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1407
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.272	0.2	1305
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.202	0.2	6545
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.09	0.2	4176
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	305
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.165	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.267	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.15	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.599	3	4169
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.371	3	1725
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.714	5	6775
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.767	8	2731
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.712	11	2578
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	3261
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.128	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.479	0.2	19

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	788	tight positional	0.06	0.05
2	B	788	tight positional	0.07	0.05
3	C	788	tight positional	0.1	0.05
4	D	788	tight positional	0.08	0.05
5	E	788	tight positional	0.09	0.05
6	F	788	tight positional	0.09	0.05
1	A	1113	medium positional	0.38	0.5
2	B	1113	medium positional	0.35	0.5
3	C	1113	medium positional	0.52	0.5
4	D	1113	medium positional	0.44	0.5
5	E	1113	medium positional	0.43	0.5
6	F	1113	medium positional	0.58	0.5
1	A	30	loose positional	0.79	5
2	B	30	loose positional	0.6	5
3	C	30	loose positional	0.61	5
4	D	30	loose positional	0.4	5
5	E	30	loose positional	0.58	5
6	F	30	loose positional	0.38	5
1	A	788	tight thermal	0.27	0.5
2	B	788	tight thermal	0.29	0.5
3	C	788	tight thermal	0.28	0.5
4	D	788	tight thermal	0.29	0.5
5	E	788	tight thermal	0.27	0.5
6	F	788	tight thermal	0.29	0.5
1	A	1113	medium thermal	1.08	2
2	B	1113	medium thermal	1.11	2
3	C	1113	medium thermal	1.17	2
4	D	1113	medium thermal	1.16	2
5	E	1113	medium thermal	1.09	2
6	F	1113	medium thermal	1.19	2
1	A	30	loose thermal	3.44	10
2	B	30	loose thermal	4.42	10
3	C	30	loose thermal	2.13	10
4	D	30	loose thermal	2.86	10
5	E	30	loose thermal	3.95	10
6	F	30	loose thermal	2.53	10

LS精密化シェル

解像度: 1.764→1.81 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.312	156	4.42 %
R_work	0.239	3373	-
obs	-	-	57.56 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8637	-0.051	0.2429	1.713	-0.1368	0.3767	0.0414	0.0662	-0.0395	-0.2143	-0.0014	0.1982	0.1345	-0.0181	-0.0399	-0.0515	-0.0035	-0.014	-0.0401	0.0036	-0.0612	-9.2394	69.0975	1.3757
2	0.4482	-0.3247	-0.0575	1.5868	-0.0798	0.4675	0.031	-0.0612	0.0131	0.1615	-0.0653	-0.1956	0.0235	0.0841	0.0344	-0.0424	-0.0031	-0.0097	-0.0372	0.0169	-0.044	6.0723	72.3525	12.872
3	0.3461	0.327	0.1016	0.5962	0.1294	0.6157	-0.003	-0.0629	0.0318	0.2575	-0.0119	0.1457	-0.0206	-0.0678	0.0149	-0.0053	0.0033	0.0458	-0.0182	0.0126	-0.0297	-11.4845	72.4853	20.1369
4	0.8377	-0.4524	-0.0095	2.4118	-0.0379	0.367	-0.0022	-0.0499	-0.0221	0.2122	-0.0659	0.2076	-0.0903	-0.0463	0.0681	-0.0839	-0.0025	0.0111	-0.0341	-0.0051	-0.0456	-8.7594	115.81	-1.0963
5	0.5292	0.0533	0.0271	1.5042	-0.0621	0.5312	0.0504	0.1216	0.0388	-0.2442	-0.092	-0.2494	-0.0548	0.0495	0.0416	-0.0487	0.0123	0.027	-0.0129	0.0342	-0.0235	6.4674	113.1095	-12.8219
6	0.465	-0.2675	-0.09	1.0628	0.1221	0.5179	0.0032	0.0968	-0.0588	-0.307	-0.0758	0.1754	-0.0092	-0.0443	0.0726	0.0005	-0.002	-0.052	0.0159	-0.0171	-0.018	-11.1045	113.7308	-19.9545

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	0 - 137	12 - 149
2	2	B	B	1 - 137	13 - 149
3	3	C	C	-6 - 137	6 - 149
4	4	D	D	0 - 137	12 - 149
5	5	E	E	0 - 137	12 - 149
6	6	F	F	-5 - 137	7 - 149

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

-
非ポリマー , 5種, 303分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

-非ポリマー , 5種, 303分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

-
非ポリマー , 5種, 303分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)